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- PDB-3udu: Crystal structure of putative 3-isopropylmalate dehydrogenase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3udu
タイトルCrystal structure of putative 3-isopropylmalate dehydrogenase from Campylobacter jejuni
要素3-isopropylmalate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / putative isopropylmalate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Grimshaw, S. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative 3-isopropylmalate dehydrogenase from Campylobacter jejuni
著者: Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Grimshaw, S. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22020年1月29日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
B: 3-isopropylmalate dehydrogenase
C: 3-isopropylmalate dehydrogenase
D: 3-isopropylmalate dehydrogenase
E: 3-isopropylmalate dehydrogenase
F: 3-isopropylmalate dehydrogenase
G: 3-isopropylmalate dehydrogenase
H: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,60315
ポリマ－317,1968
非ポリマー4087
水32,7151816
1
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
B: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4234
ポリマ－79,2992
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
2
C: 3-isopropylmalate dehydrogenase
D: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3964
ポリマ－79,2992
非ポリマー982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28110 Å2
手法PISA
3
E: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子

G: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4234
ポリマ－79,2992
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28480 Å2
手法PISA
4
F: 3-isopropylmalate dehydrogenase
ヘテロ分子

H: 3-isopropylmalate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3613
ポリマ－79,2992
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.717, 83.170, 111.204
Angle α, β, γ (deg.)94.19, 90.07, 89.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-IPM-DH / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH


分子量: 39649.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: leuB, Cj1718c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9PLW0, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25%PEG3350, 0.2M Na Chloride, 0.1MHEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 213853 / Num. obs: 213853 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 10781 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
直接法モデル構築
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
CCP4モデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CM7

1cm7


解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23639 10935 5.1 %RANDOM
Rwork0.19749 ---
all0.19951 205131 --
obs0.19951 205131 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.991 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20.18 Å20.25 Å2
2---2.97 Å2-0.13 Å2
3---3.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21851 0 25 1816 23692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01922222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0214952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.98230004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.332336850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.00452831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25225.781948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.133154048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.411576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.23445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0224632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.024104
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 824 -
Rwork0.286 15194 -
obs--94.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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