PDB-3ubq: Influenza hemagglutinin from the 2009 pandemic in complex with li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ubq

タイトル

Influenza hemagglutinin from the 2009 pandemic in complex with ligand 3SLN

要素

(hemagglutinin ...) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral envelope protein / hemagglutinin / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Xu, R. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of the Hemagglutinin Receptor Specificity from the 2009 H1N1 Influenza Pandemic.
著者: Xu, R. / McBride, R. / Nycholat, C.M. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2011年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb3ubq.ent.gz	498.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ubq_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ubq_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
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CIF形式データ	3ubq_validation.cif.gz	156.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ubq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/3ubq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ubeC 3ubjC 3ubnC 3lzgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lxv-2 3ubn-2 3ubj-2 3m6s-2 3s12-1 5bny-d 2fk0-2 6n4f-1 5w6r-1 5thc-d 4kw1-2 3m6s-1 5bqy-d 5br0-1 1rd8-d 5vmc-d 4qy1-1 4wa2-1 4lxv-1 3ube-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
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#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: hemagglutinin HA1

B: hemagglutinin HA2

C: hemagglutinin HA1

D: hemagglutinin HA2

E: hemagglutinin HA1

F: hemagglutinin HA2

G: hemagglutinin HA1

H: hemagglutinin HA2

I: hemagglutinin HA1

J: hemagglutinin HA2

K: hemagglutinin HA1

L: hemagglutinin HA2

ヘテロ分子

346 kDa, 12 ポリマー
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1

A: hemagglutinin HA1

B: hemagglutinin HA2

C: hemagglutinin HA1

D: hemagglutinin HA2

E: hemagglutinin HA1

F: hemagglutinin HA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: hemagglutinin HA1

H: hemagglutinin HA2

I: hemagglutinin HA1

J: hemagglutinin HA2

K: hemagglutinin HA1

L: hemagglutinin HA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.876, 116.258, 118.366
Angle α, β, γ (deg.)	60.96, 77.13, 80.40
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
Hemagglutinin ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質	hemagglutinin HA1 分子量: 36535.281 Da / 分子数: 6 / 断片: Ectodomain HA1, residues 18-344 / 変異: G205C, R220C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: SW1 A/CALIFORNIA/04/2009 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: タンパク質	hemagglutinin HA2 分子量: 20278.383 Da / 分子数: 6 / 断片: Ectodomain HA2, residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza a virus (A型インフルエンザウイルス) 株: SW1 A/CALIFORNIA/04/2009 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C3W5S1

#1: タンパク質

hemagglutinin HA1

分子量: 36535.281 Da / 分子数: 6 / 断片: Ectodomain HA1, residues 18-344 / 変異: G205C, R220C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: SW1 A/CALIFORNIA/04/2009 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C3W5S1

#2: タンパク質

hemagglutinin HA2

分子量: 20278.383 Da / 分子数: 6 / 断片: Ectodomain HA2, residues 345-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza a virus (A型インフルエンザウイルス)
株: SW1 A/CALIFORNIA/04/2009 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C3W5S1

-
糖 , 4種, 18分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 1051分子

#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化	温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 27% PEG-MME 2000, 0.1M Tris pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月6日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2 % / Av σ(I) over netI: 10.69 / 数: 348771 / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.04 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 172551 / % possible obs: 84.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	50	99.1	1	0.036	1.052	2.2
3.42	4.31	98.9	1	0.044	1.074	2.2
2.99	3.42	98.3	1	0.072	0.963	2.1
2.71	2.99	95.9	1	0.118	1.047	2
2.52	2.71	92.8	1	0.18	1.082	2
2.37	2.52	87.5	1	0.238	1.076	2
2.25	2.37	81.1	1	0.289	1.038	1.9
2.15	2.25	73	1	0.347	1.057	1.9
2.07	2.15	64.2	1	0.404	1.006	1.9
2	2.07	53.7	1	0.459	0.949	1.8

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 172551 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	1.8	0.459	1	53.7
2.07-2.15	1.9	0.404	1	64.2
2.15-2.25	1.9	0.347	1	73
2.25-2.37	1.9	0.289	1	81.1
2.37-2.52	2	0.238	1	87.5
2.52-2.71	2	0.18	1	92.8
2.71-2.99	2	0.118	1	95.9
2.99-3.42	2.1	0.072	1	98.3
3.42-4.31	2.2	0.044	1	98.9
4.31-50	2.2	0.036	1	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 42.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	49.24 Å
Translation	2.5 Å	49.24 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LZG

3lzg

解像度: 2→49.238 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2495	8648	5.01 %
R_work	0.1993	-	-
obs	0.2019	172491	84.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.254 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.5911 Å²	2.7195 Å²	5.305 Å²
2-	-	4.3579 Å²	18.1828 Å²
3-	-	-	0.2332 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.238 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23264	0	360	1051	24675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	24237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	32808
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.127	8905
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	3595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0228	0.3474	143	0.3014	3042	X-RAY DIFFRACTION	47
2.0228-2.0466	0.3324	175	0.2844	3422	X-RAY DIFFRACTION	53
2.0466-2.0715	0.3285	195	0.2693	3772	X-RAY DIFFRACTION	58
2.0715-2.0977	0.3319	222	0.2712	3904	X-RAY DIFFRACTION	61
2.0977-2.1253	0.2947	193	0.2644	4114	X-RAY DIFFRACTION	63
2.1253-2.1545	0.3239	238	0.2667	4400	X-RAY DIFFRACTION	67
2.1545-2.1852	0.3135	245	0.2614	4488	X-RAY DIFFRACTION	70
2.1852-2.2179	0.3166	259	0.2625	4760	X-RAY DIFFRACTION	73
2.2179-2.2525	0.3179	244	0.2638	4932	X-RAY DIFFRACTION	76
2.2525-2.2894	0.3393	268	0.2414	5012	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2894-2.3289	0.3091	281	0.2466	5227	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3289-2.3713	0.3163	285	0.2429	5460	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3713-2.4169	0.2978	319	0.2475	5511	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4169-2.4662	0.3081	304	0.2434	5715	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4662-2.5198	0.3048	314	0.2405	5729	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5198-2.5784	0.3113	314	0.2356	5964	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5784-2.6429	0.3293	311	0.2237	5982	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6429-2.7144	0.2856	291	0.2168	6125	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7144-2.7942	0.2763	330	0.2199	6179	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7942-2.8844	0.2702	314	0.22	6221	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8844-2.9875	0.2615	317	0.2121	6299	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9875-3.1071	0.2623	373	0.2096	6278	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1071-3.2485	0.2587	363	0.1991	6343	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2485-3.4197	0.2357	360	0.196	6400	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4197-3.6339	0.2255	316	0.1832	6415	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6339-3.9144	0.23	332	0.1618	6438	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9144-4.3081	0.2002	342	0.1593	6395	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3081-4.931	0.1872	315	0.1493	6455	X-RAY DIFFRACTION	99
4.931-6.2105	0.2147	337	0.176	6439	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2105-49.2528	0.2042	348	0.1846	6422	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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