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- PDB-3ubb: The crystal structure of GlpG in complex with a phosphonofluorida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ubb
タイトルThe crystal structure of GlpG in complex with a phosphonofluoridate inhibitor
要素Rhomboid protease glpG
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HELIX BUNDLE / MEMBRANE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rhomboid protease / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhomboid-like fold / Rhomboid-like / Peptidase S54, GlpG peptidase, N-terminal / Rhomboid protease GlpG / GlpG peptidase, N-terminal domain superfamily / Cytoplasmic N-terminal domain of rhomboid serine protease / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain / Rhomboid-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UB / Rhomboid protease GlpG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Xue, Y. / Ha, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational Change in Rhomboid Protease GlpG Induced by Inhibitor Binding to Its S' Subsites.
著者: Xue, Y. / Chowdhury, S. / Liu, X. / Akiyama, Y. / Ellman, J. / Ha, Y.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhomboid protease glpG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8302
ポリマ－20,5281
非ポリマー3011
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Rhomboid protease glpG
ヘテロ分子

A: Rhomboid protease glpG
ヘテロ分子

A: Rhomboid protease glpG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4896
ポリマ－61,5853
非ポリマー9043
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.722, 111.722, 121.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Rhomboid protease glpG / Intramembrane serine protease


分子量: 20528.312 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 91-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: glpG, b3424, JW5687 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09391, rhomboid protease
#2: 化合物 ChemComp-3UB / propan-2-yl hydrogen (S)-[(1R)-1-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}ethyl]phosphonate


分子量: 301.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20NO5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 3M NaCl, pH 7, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月7日 / 詳細: Si111
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 10287 / Num. obs: 10287 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
REFMAC精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.601→44.961 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 444 4.85 %
Rwork0.2112 --
obs0.212 9147 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4091 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.4091 Å20 Å2
3---10.8181 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→44.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1398 0 19 30 1447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1152003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.803472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.601-2.97690.26591600.20062828X-RAY DIFFRACTION100
2.9769-3.75030.2031360.17752906X-RAY DIFFRACTION100
3.7503-44.96770.23071480.22892969X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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