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- PDB-1w8i: The Structure of gene product af1683 from Archaeoglobus fulgidus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w8i
タイトルThe Structure of gene product af1683 from Archaeoglobus fulgidus.
要素PUTATIVE VAPC RIBONUCLEASE AF_1683
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS / HYPOTHETICAL PROTEIN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease VapC20 / PIN domain / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VapC ribonuclease AF_1683
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Cuff, M.E. / Zhang, R. / Ginell, S.L. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Gene Product Af1683 from Archaeoglobus Fulgidus
著者: Cuff, M.E. / Zhang, R. / Ginell, S.L. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2004年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 1.32017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE VAPC RIBONUCLEASE AF_1683


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9601
ポリマ－17,9601
非ポリマー00
水2,558142
1
A: PUTATIVE VAPC RIBONUCLEASE AF_1683

A: PUTATIVE VAPC RIBONUCLEASE AF_1683


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9212
ポリマ－35,9212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area2400 Å2
ΔGint-12.9 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.730, 66.730, 181.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2047-

HOH

21A-2077-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE VAPC RIBONUCLEASE AF_1683 / HYPOTHETICAL PROTEIN AF1683 / PUTATIVE TOXIN AF_1683 / PUTATIVE RNASE AF_1683


分子量: 17960.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GENE PRODUCT AF1683 FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: DSM 4304 / プラスミド: P11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O28590, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: SODIUM CITRATE, PEG 3350, GLYCEROL, pH 5.50

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97967, 0.97954
検出器タイプ: CUSTOM- SBC2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月19日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979671
20.979541
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26396 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→57.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.013 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.152
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 742 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 13960 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.17 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→57.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1257 0 0 142 1399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1361.9671727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.8623.44858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67315239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.894158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7961.5793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37921238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3283561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4634.5489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 54 -
Rwork0.229 1010 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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