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- PDB-1fy7: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fy7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN COMPLEXED WITH COENZYME A
要素ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / HISTONE ACETYLTRANSFERASE / coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / DNA-templated transcription elongation / histone H4 acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / DNA-templated transcription elongation / histone H4 acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / protein-lysine-acetyltransferase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome / regulation of cell cycle / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-acetyl transferase-like / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...N-acetyl transferase-like / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Histone acetyltransferase ESA1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yan, Y. / Barlev, N.A. / Haley, R.H. / Berger, S.L. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of yeast Esa1 suggests a unified mechanism for catalysis and substrate binding by histone acetyltransferases.
著者: Yan, Y. / Barlev, N.A. / Haley, R.H. / Berger, S.L. / Marmorstein, R.
履歴
登録2000年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1633
ポリマ－33,3721
非ポリマー7912
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4899
ポリマ－100,1173
非ポリマー2,3726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area8760 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area39680 Å2
手法PISA
3
A: ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,97818
ポリマ－200,2346
非ポリマー4,74312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
crystal symmetry operation37_544y+1/4,x-1/4,-z-1/41
crystal symmetry operation42_554-x+3/4,z+1/4,y-1/41
crystal symmetry operation48_555-z+1/4,-y+1/4,-x+1/41
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)181.500, 181.500, 181.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI4132
詳細The biological assembly is a monomer of yeast Esa1 HAT domain bound to coenzyme-A.

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要素

#1: タンパク質 ESA1 HISTONE ACETYLTRANSFERASE / ESA1 HAT / ESA1 PROTEIN / ESA1P


分子量: 33372.414 Da / 分子数: 1 / 断片: ACETYLTRANSFERASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08649
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: amonium phosphate, cacodylate,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
20.5 mMCoA1drop
3100 mMsodium cacodylate1reservoir
41.7 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 34558 / Num. obs: 34558 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 35.9 % / Biso Wilson estimate: 29.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 48.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Num. unique all: 3413 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 1241495
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS Library / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 3397 9.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.217 34558 --
obs0.216 34295 99.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2311 0 49 178 2538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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