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万見
- PDB-7bz6: Mycobacterium bovis AhpC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bz6
タイトルMycobacterium bovis AhpC
要素Alkyl hydroperoxide reductase C peptide
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALKYL HYDROPEROXIDASE C
機能・相同性
機能・相同性情報


antioxidant activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Chong, S.M.S. / Neelagandan, K. / Gruber, G.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Residues of helix alpha2 are critical for catalytic efficiency of mycobacterial alkylhydroperoxide reductase subunit C.
著者: Chong, S.M.S. / Kamariah, N. / Gruber, G.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase C peptide
B: Alkyl hydroperoxide reductase C peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8862
ポリマ－44,8862
非ポリマー00
水00
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase C peptide
B: Alkyl hydroperoxide reductase C peptide
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,31612
ポリマ－269,31612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z1
crystal symmetry operation6_655x-y+1,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.554, 137.554, 96.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...
21(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPRO(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...AA28
12LEULEULEULEU(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...AA4 - 2310 - 29
13SERSERGLNGLN(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...AA24 - 3030 - 36
14METMETSERSER(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...AA1 - 1707 - 176
15METMETSERSER(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...AA1 - 1707 - 176
16METMETSERSER(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...AA1 - 1707 - 176
17METMETSERSER(chain A and (resid 2 or resid 4 through 23...AA1 - 1707 - 176
21PROPROPROPRO(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...BB28
22LEULEULEULEU(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...BB4 - 2310 - 29
23SERSERGLNGLN(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...BB24 - 3030 - 36
24METMETARGARG(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...BB1 - 1797 - 185
25METMETARGARG(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...BB1 - 1797 - 185
26METMETARGARG(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...BB1 - 1797 - 185
27METMETARGARG(chain B and (resid 2 or resid 4 through 23...BB1 - 1797 - 185

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要素

#1: タンパク質 Alkyl hydroperoxide reductase C peptide


分子量: 22443.010 Da / 分子数: 2 / 変異: A67D, C176S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (結核菌) / 遺伝子: ahpC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q79CV0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 16% ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 8387 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.823 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Num. unique obs: 727 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.211 / Rrim(I) all: 0.63 / Χ2: 0.712 / % possible all: 88.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BMX

2bmx


解像度: 3.302→33.039 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 391 4.79 %
Rwork0.309 --
obs0.311 8164 95.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 529.94 Å2 / Biso min: 73.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.302→33.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2753 0 0 0 2753
残基数----349
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1405X-RAY DIFFRACTION16.784TORSIONAL
12B1405X-RAY DIFFRACTION16.784TORSIONAL
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.385-0.2345-0.76762.78780.111.9934-0.1687-0.0290.3675-0.3191-0.53780.1819-1.55750.00330.03022.7242-0.022-1.39830.91130.00831.944270.1613170.957715.5444
22.9114-0.3907-1.98512.3822-0.87621.52690.0874-0.5498-0.0620.5505-0.236-0.5236-0.93260.41610.262.0563-0.7351-1.25131.4310.5592.043294.2995164.209432.2004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' )
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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