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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mja | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast Esa1 histone acetyltransferase domain complexed with acetyl coenzyme A | ||||||
![]() | Esa1 protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Esa1 / Histone acetyltransferase / HAT / MYST | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / DNA-templated transcription elongation / histone H4 acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / DNA-templated transcription elongation / histone H4 acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / protein-lysine-acetyltransferase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome / regulation of cell cycle / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, Y. / Harper, S. / Speicher, D. / Marmorstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The catalytic mechanism of the ESA1 histone acetyltransferase involves a self-acetylated intermediate. 著者: Yan, Y. / Harper, S. / Speicher, D.W. / Marmorstein, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer, which is also the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33414.453 Da / 分子数: 1 / 断片: Histone acetyltransferase domain (Residues 160-445) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: YOR244W / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→20 Å / Num. all: 23988 / Num. obs: 23988 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 72.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 30.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 2338 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 24067 / Num. measured all: 1744021 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.355 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1FY7 解像度: 2.26→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.28 Å /
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.224 / Rfactor Rwork: 0.212 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.236 |