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- PDB-3ua8: Crystal Structure Analysis of a 6-Amino Quinazolinedione Sulfonam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ua8
タイトルCrystal Structure Analysis of a 6-Amino Quinazolinedione Sulfonamide bound to human GluR2
要素Glutamate receptor 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN/ANTAGONIST / ion channel / ionic channel / postsynaptic membrane / transmembrane / TRANSPORT PROTEIN-ANTAGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of AMPA receptors / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / asymmetric synapse / excitatory synapse ...Activation of AMPA receptors / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / postsynaptic endocytic zone / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / AMPA glutamate receptor complex / Long-term potentiation / asymmetric synapse / excitatory synapse / glutamate-gated receptor activity / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / endocytic vesicle membrane / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynapse / postsynaptic density / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08W / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kallen, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: 6-Amino quinazolinedione sulfonamides as orally active competitive AMPA receptor antagonists.
著者: Orain, D. / Ofner, S. / Koller, M. / Carcache, D.A. / Froestl, W. / Allgeier, H. / Rasetti, V. / Nozulak, J. / Mattes, H. / Soldermann, N. / Floersheim, P. / Desrayaud, S. / Kallen, J. / ...著者: Orain, D. / Ofner, S. / Koller, M. / Carcache, D.A. / Froestl, W. / Allgeier, H. / Rasetti, V. / Nozulak, J. / Mattes, H. / Soldermann, N. / Floersheim, P. / Desrayaud, S. / Kallen, J. / Lingenhoehl, K. / Urwyler, S.
履歴
登録2011年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7942
ポリマ－29,3481
非ポリマー4461
水4,396244
1
A: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子

A: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5884
ポリマ－58,6962
非ポリマー8932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.181, 104.548, 49.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 29347.865 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIA2, GLUR2 / プラスミド: pXI472d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P42262
#2: 化合物 ChemComp-08W / N-methyl-1-{3-[(methylsulfonyl)amino]-2,4-dioxo-7-(trifluoromethyl)-1,2,3,4-tetrahydroquinazolin-6-yl}-1H-imidazole-4-carboxamide


分子量: 446.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13F3N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN FRAGMENT CONSISTS OF UNP RESIDUES 413-527 CONNECTED TO UNP RESIDUES 653-796 VIA AN ...PROTEIN FRAGMENT CONSISTS OF UNP RESIDUES 413-527 CONNECTED TO UNP RESIDUES 653-796 VIA AN ENGINEERED GT LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% w/v 2-propanol, 10% w/v PEG4000, 100 mM HEPES, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 21361 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.974.10.14121060.504199.5
1.97-2.057.30.12521100.61100
2.05-2.1411.50.11621340.7391100
2.14-2.2512.20.10221200.8791100
2.25-2.3912.60.08721280.891100
2.39-2.58130.07721650.9761100
2.58-2.8413.10.06721571.1011100
2.841-3.2512.90.05721741.2291100
3.252-4.08120.04921781.468199.2
4.082-209.80.04220891.609189.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
RemDAqデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R7X

3r7x


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2382 / WRfactor Rwork: 0.2039 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8762 / SU B: 2.815 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1625 / SU Rfree: 0.1408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 1094 5.1 %RANDOM
Rwork0.1838 ---
obs0.1854 21296 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.37 Å2 / Biso mean: 20.6273 Å2 / Biso min: 9.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2016 0 30 244 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222085
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.9862812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8113.0013512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5435256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60324.14682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41115392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3781511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.591.51269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1221.5528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14622041
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9053816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2244.5771
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 84 -
Rwork0.187 1432 -
all-1516 -
obs--99.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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