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- PDB-3ua5: Crystal Structure of P450 2B6 (Y226H/K262R) in complex with two m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ua5
タイトルCrystal Structure of P450 2B6 (Y226H/K262R) in complex with two molecules of Amlodipine
要素Cytochrome P450 2B6
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / human cytochrome P450 2B6 / monooxygenase / membrane protein / CYP 2B6
機能・相同性
機能・相同性情報


testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Fatty acids / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / cellular ketone metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / estrogen 2-hydroxylase activity / anandamide 8,9 epoxidase activity ...testosterone 16-alpha-hydroxylase activity / testosterone 16-beta-hydroxylase activity / Fatty acids / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / cellular ketone metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / estrogen 2-hydroxylase activity / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / Phase I - Functionalization of compounds / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2B-like / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Amlodipine / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2B6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shah, M.B. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational Adaptation of Human Cytochrome P450 2B6 and Rabbit Cytochrome P450 2B4 Revealed upon Binding Multiple Amlodipine Molecules.
著者: Shah, M.B. / Wilderman, P.R. / Pascual, J. / Zhang, Q. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.
履歴
登録2011年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2B6
B: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1608
ポリマ－109,2922
非ポリマー2,8686
水1,40578
1
A: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0804
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0804
ポリマ－54,6461
非ポリマー1,4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子

B: Cytochrome P450 2B6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1608
ポリマ－109,2922
非ポリマー2,8686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area38620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.000, 78.300, 247.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A28 - 492
2111B28 - 492

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2B6 / CYPIIB6 / Cytochrome P450 IIB1


分子量: 54646.004 Da / 分子数: 2 / 変異: Y226H, K262R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2B6 / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P20813, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-06X / Amlodipine / O3-ethyl O5-methyl 2-(2-azanylethoxymethyl)-4-(2-chlorophenyl)-6-methyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate / (R)-アムロジピン


分子量: 408.876 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25ClN2O5 / コメント: 薬剤, チャネルブロッカー*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUES 3-21 (LSVLLFLALLTGLLLLLVQ) OF CORRESPONDING DATABASE REFERENCE SEQUENCE (UNP P20813) ...THE RESIDUES 3-21 (LSVLLFLALLTGLLLLLVQ) OF CORRESPONDING DATABASE REFERENCE SEQUENCE (UNP P20813) IS DELETED IN THIS STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1M TRIS Hcl pH 8.5 and 30% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日
放射モノクロメーター: Si(111), side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→247.34 Å / Num. all: 28739 / Num. obs: 25912 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 11293 / Rsym value: 0.603 / % possible all: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IBD

3ibd


解像度: 2.8→82.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 21.595 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.482 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29414 1305 5 %RANDOM
Rwork0.24214 ---
all0.24481 27295 --
obs0.24481 24667 90.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.88 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.28 Å20 Å2
3----3.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→82.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7379 0 198 78 7655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.432.01610563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6015924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05322.934351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.398151246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3441556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5161.54630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00727483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32633145
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3664.53080
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3611 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.060.05
TIGHT THERMAL0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 92 -
Rwork0.317 1627 -
obs--82.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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