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- PDB-3u9g: Crystal structure of the Zinc finger antiviral protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u9g
タイトルCrystal structure of the Zinc finger antiviral protein
要素Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / zinc finger protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA catabolic process / regulation of defense response to virus by host / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / response to virus / cellular response to virus / defense response to virus / innate immune response / RNA binding ...positive regulation of mRNA catabolic process / regulation of defense response to virus by host / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / response to virus / cellular response to virus / defense response to virus / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP12-like CCCH zinc finger tandem / ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / : / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain ...PARP12-like CCCH zinc finger tandem / ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / : / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Chen, S. / Xu, Y. / Zhang, K. / Wang, X. / Sun, J. / Gao, G. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of N-terminal domain of ZAP indicates how a zinc-finger protein recognizes complex RNA.
著者: Chen, S. / Xu, Y. / Zhang, K. / Wang, X. / Sun, J. / Gao, G. / Liu, Y.
履歴
登録2011年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2105
ポリマ－25,9481
非ポリマー2624
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子

A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,41910
ポリマ－51,8962
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.894, 52.894, 138.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-363-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1 / Zinc finger antiviral protein / ZAP / rZAP


分子量: 25948.029 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Zc3hav1, Zap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K3Y6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.06M magnesium formate dehydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.25 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 21576 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 30.4 / Num. unique all: 1079 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→32.491 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 2063 5.15 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.1929 21522 99.83 %-
all-21576 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.442 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1012 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1012 Å20 Å2
3----6.2023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→32.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 4 200 1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9382374
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.715676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004312
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8008-1.84270.29121480.21972539100
1.8427-1.88880.26351350.20612563100
1.8888-1.93980.2651450.20152462100
1.9398-1.99690.26451550.19632546100
1.9969-2.06130.2511660.18732487100
2.0613-2.1350.2271490.18692533100
2.135-2.22050.22611300.17782540100
2.2205-2.32150.25591310.1962531100
2.3215-2.44390.20121470.18522519100
2.4439-2.59690.25741170.20092569100
2.5969-2.79730.22711670.18832525100
2.7973-3.07860.21741280.18562518100
3.0786-3.52370.21811390.17752565100
3.5237-4.43760.19351010.1772553100
4.4376-32.49610.21491050.2002251598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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