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- PDB-3u95: Crystal structure of a putative alpha-glucosidase from Thermotoga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u95
タイトルCrystal structure of a putative alpha-glucosidase from Thermotoga neapolitana
要素Glycoside hydrolase, family 4
キーワードHYDROLASE / Hydrolysis / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LDH C-terminal domain-like / AglA-like glucosidase / : / : / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily ...LDH C-terminal domain-like / AglA-like glucosidase / : / : / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycoside hydrolase, family 4
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Ha, N.C. / Jun, S.Y. / Yun, B.Y. / Yoon, B.Y. / Piao, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and thermostability of a putative alpha-glucosidase from Thermotoga neapolitana
著者: Yun, B.Y. / Jun, S.Y. / Kim, N.A. / Yoon, B.Y. / Piao, S. / Park, S.H. / Jeong, S.H. / Lee, H. / Ha, N.C.
履歴
登録2011年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase, family 4
B: Glycoside hydrolase, family 4
C: Glycoside hydrolase, family 4
D: Glycoside hydrolase, family 4
E: Glycoside hydrolase, family 4
F: Glycoside hydrolase, family 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,50212
ポリマ－338,1726
非ポリマー3306
水44,6952481
1
A: Glycoside hydrolase, family 4
B: Glycoside hydrolase, family 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8344
ポリマ－112,7242
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36650 Å2
手法PISA
2
C: Glycoside hydrolase, family 4
D: Glycoside hydrolase, family 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8344
ポリマ－112,7242
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36410 Å2
手法PISA
3
E: Glycoside hydrolase, family 4
F: Glycoside hydrolase, family 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8344
ポリマ－112,7242
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area36570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.532, 154.532, 139.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase, family 4


分子量: 56362.027 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (バクテリア)
株: ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E / 遺伝子: CTN_1830 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9KAM3
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1M ethanolamine, 2% 1,4-dioxane, 8% PEG 20000, 1mM DTT, 1mM MnCl2, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月1日
放射モノクロメーター: Double Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→50 Å / Num. all: 248951 / Num. obs: 246434 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 25.98
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / Num. unique all: 24470 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.998→40.904 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2215 1985 80 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1854 246434 98.85 %-
all-248951 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.664 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7556 Å20 Å2-0 Å2
2---0.7556 Å2-0 Å2
3---1.5112 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→40.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23329 0 6 2481 25816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0332390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2569082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0753404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.998-2.04790.28351460.26517040X-RAY DIFFRACTION96
2.0479-2.10330.28651430.23817507X-RAY DIFFRACTION98
2.1033-2.16520.24321390.220617525X-RAY DIFFRACTION98
2.1652-2.23510.281350.205217644X-RAY DIFFRACTION98
2.2351-2.31490.25721400.202117574X-RAY DIFFRACTION99
2.3149-2.40760.25891430.197717614X-RAY DIFFRACTION99
2.4076-2.51720.24491430.195717587X-RAY DIFFRACTION99
2.5172-2.64990.23321440.195817779X-RAY DIFFRACTION99
2.6499-2.81580.24841450.193517737X-RAY DIFFRACTION99
2.8158-3.03320.23471470.193317713X-RAY DIFFRACTION99
3.0332-3.33830.2531400.182917753X-RAY DIFFRACTION100
3.3383-3.82110.19311370.163717830X-RAY DIFFRACTION100
3.8211-4.81290.15561460.146217796X-RAY DIFFRACTION100
4.8129-40.91270.19861370.177717745X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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