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- PDB-3u73: Crystal structure of stabilized human uPAR mutant in complex with ATF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u73
タイトルCrystal structure of stabilized human uPAR mutant in complex with ATF
要素
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor
  • Urokinase-type plasminogen activator
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE RECEPTOR / glycosylation / HYDROLASE-HYDROLASE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / smooth muscle cell migration / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / plasminogen activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / tertiary granule membrane / regulation of proteolysis / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / cell projection / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Laminin / Laminin / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase-type plasminogen activator / Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Huang, M.D. / Xu, X. / Yuan, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the urokinase receptor in a ligand-free form.
著者: Xu, X. / Gardsvoll, H. / Yuan, C. / Lin, L. / Ploug, M. / Huang, M.
履歴
登録2011年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
A: Urokinase-type plasminogen activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8915
ポリマ－46,4552
非ポリマー1,4353
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.896, 130.896, 105.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / U-PAR / uPAR / Monocyte activation antigen Mo3


分子量: 31455.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MO3, PLAUR, UPAR / プラスミド: PMT/BIP / 細胞株 (発現宿主): S2 CELLS
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q03405
#2: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator / U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type ...U-plasminogen activator / uPA / Urokinase-type plasminogen activator long chain A / Urokinase-type plasminogen activator short chain A / Urokinase-type plasminogen activator chain B


分子量: 14999.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAU / プラスミド: PMT/BIP / 細胞株 (発現宿主): S2 CELLS
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M NaCl, 100mM HEPES, pH7.4, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→99 Å / Num. all: 17148 / Num. obs: 16246 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.19-3.314.60.977183.1
3.31-3.456.40.71189
3.45-3.67.40.455194.3
3.6-3.798.20.299197.9
3.79-4.038.90.215199.9
4.03-4.349.10.1431100
4.34-4.7890.0981100
4.78-5.478.90.0921100
5.47-6.898.60.0871100
6.89-9980.049198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.19→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 37.026 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.656 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 877 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 16246 96.2 %-
all-17123 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 102.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3038 0 95 0 3133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.023225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1761.9744365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1135389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23624.351154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.30915531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3721522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 53 -
Rwork0.507 943 -
obs--79.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.90570.96964.14540.2603-1.051831.0127-0.8601-0.88270.18-0.3087-0.03510.0797-0.6924-0.01040.89520.7831-0.0918-0.2220.24160.20950.924133.2901-36.26441.2635
223.545412.2198-7.08477.7177-2.35613.4372-0.3966-0.68270.2574-0.03950.12340.30360.33660.63890.27310.6645-0.08330.01650.2330.06360.893443.3305-30.168242.1557
314.77829.84992.82239.11337.36212.3523-0.3730.7632-0.4334-0.30130.6197-0.3625-0.26340.2943-0.24670.56380.09560.04140.36220.10670.835451.6846-32.546839.6108
424.6249-3.5224-4.670112.55032.27511.10830.62560.40690.3904-0.1443-0.4244-0.9606-0.1071-0.1854-0.20110.5035-0.13-0.01450.44220.05920.770440.9124-34.624445.2019
52.1371-1.17674.60990.6492-2.5369.9553-0.0819-0.1782-0.07110.04120.1470.0419-0.3134-0.3581-0.06510.5529-0.2386-0.05350.24210.05480.97333.6532-38.240650.6441
69.20883.5312.0769.051-8.653912.07570.43260.2052-0.12020.59830.14920.3862-0.4813-0.0451-0.58180.5713-0.1050.01340.3090.05610.908332.187-42.501251.4625
725.3944.78272.274220.692412.72467.9467-0.2473-0.0892-0.91570.25250.30190.4679-0.01640.0389-0.05460.67620.04140.32220.73260.66361.324823.1142-48.097556.2863
864.155822.201-48.975728.7423-4.832144.37171.12780.55620.9222-0.01560.6187-1.4631-1.1172-0.2584-1.74650.2726-0.0916-0.33970.65750.26510.823920.533-50.60746.8958
916.349-14.49565.559814.9447-7.57645.24140.78380.34670.0313-0.6368-0.39260.27770.23120.2079-0.39120.5672-0.3432-0.12390.3751-0.02350.88328.7631-49.024652.5909
104.004-0.28266.880837.18390.613211.8837-0.53060.4825-0.16880.91070.7189-1.345-0.8530.797-0.18830.4266-0.28560.00220.5117-0.08460.965330.1983-61.66258.813
111.0752-0.66221.13771.28771.00734.53240.0953-0.0401-0.1391-0.20120.04710.0624-0.1673-0.0753-0.14240.4707-0.2314-0.06470.34810.03770.793537.9401-59.584649.8362
1220.85812.2403-16.00750.2484-1.693212.37592.08813.03373.20770.36480.36350.3291-1.0728-2.3195-2.45163.05020.29630.29430.6070.20370.910337.7576-61.958140.7971
133.2132-1.8648-1.764513.0713-2.39561.94450.02650.4550.097-1.7895-0.1279-0.57150.4922-0.29330.10150.6168-0.359-0.16810.41210.15010.798335.0499-54.335338.3195
142.4119-5.5253-5.351624.146815.334412.7058-0.0906-0.1667-0.257-0.5343-0.48310.23560.0680.10490.57370.5801-0.3052-0.14040.36760.07030.864131.44-48.99741.1211
159.27238.2457-9.20837.3338-8.18899.1467-0.1083-0.2926-0.415-0.1154-0.2565-0.37750.1150.28740.36480.6838-0.2189-0.01920.3250.02930.972136.8753-51.689650.5102
1622.73546.000624.53316.793717.164948.61750.2524-0.7478-0.7960.0096-0.05460.0390.2768-0.8738-0.19790.2911-0.3065-0.23110.5270.07630.82925.7965-55.413645.4477
179.2157-7.089813.19386.7507-6.292831.5705-0.2405-0.4301-0.72680.26410.17060.5709-0.1505-1.60850.06990.4025-0.3251-0.10240.5177-0.0571.130521.2241-60.191848.6509
181.45272.748-1.356714.2524-0.60981.6907-0.39740.0204-0.0584-0.49510.33660.17480.37990.05380.06080.5852-0.3479-0.01830.27270.12710.868332.671-62.350349.1976
196.8411-5.8470.31416.5058-0.39441.3136-0.75220.2497-0.6043-0.20220.54540.14040.2812-0.55090.20690.5044-0.34810.0060.37240.01830.831132.8656-67.324550.4137
208.0524-15.5231-8.055430.086415.52778.059-0.5248-0.48160.50460.67761.0867-0.67690.47350.466-0.56190.4648-0.4314-0.28090.67970.22620.776719.8393-53.870958.6864
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260.84161.4093-0.6372.3653-1.06940.48390.0385-0.04370.01570.016-0.07-0.0184-0.01560.03850.03160.5704-0.1325-0.01860.27170.05340.890553.6255-34.025347.6924
2722.725-3.2328-20.79552.25638.007833.2289-0.8434-0.0724-0.6092-0.09120.16120.11210.15770.5580.68220.6656-0.00980.00820.03380.1381.065361.0322-50.263936.4272
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291.9862-0.33513.06362.7625-0.9074.84920.10110.244-0.36990.24580.34540.3696-0.07890.3718-0.44650.5843-0.1193-0.06720.34780.07560.961753.7051-22.852944.8956
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311.3789-0.66871.30090.5217-0.70571.3329-0.1233-0.10990.0678-0.0081-0.1578-0.1958-0.0364-0.06520.28110.6319-0.097-0.00390.28780.10980.849554.319-24.306344.9351
320.38831.36010.09024.8804-0.00311.2347-0.0384-0.08740.02180.0866-0.3254-0.015-0.3683-0.24940.36390.5325-0.0271-0.04570.31790.06540.778653.073-16.208337.0157
3311.0117-3.926-2.02761.90691.71062.62630.2145-0.20790.4763-0.1494-0.0355-0.3987-0.6434-0.1823-0.17910.8022-0.1916-0.19560.2194-0.02020.912160.8279-20.134655.9102
344.6915-9.826713.467220.6895-28.297138.7345-0.1984-0.3108-0.08790.65220.56160.3528-0.8109-0.8115-0.36320.6451-0.1225-0.03740.2893-0.05280.896649.5494-11.171646.4009
350.6687-0.02850.18760.6090.0850.0850.07850.08660.074-0.0938-0.20620.0179-0.053-0.00760.12770.6211-0.0059-0.05340.26410.05860.820751.9442-11.18325.6668
361.34880.17451.12743.02730.65361.0337-0.04050.02040.1614-0.0689-0.1463-0.0766-0.0558-0.01510.18680.6339-0.03770.02780.28580.09620.771758.7772-9.974833.2922
3714.79936.27694.51972.77042.933111.54920.18780.002-0.47720.10580.0013-0.20981.01480.0068-0.18920.8455-0.03260.0350.0372-0.00980.904652.0857-29.961223.9637
383.05111.03561.69213.42124.66636.41690.1317-0.25840.09030.0396-0.1314-0.08350.1532-0.1815-0.00030.6245-0.00220.04140.21420.11290.798759.908-18.824630.5976
391.90860.3032.12365.0442-1.64793.17530.3413-0.24360.0572-0.192-0.5174-0.22620.517-0.02230.1760.60020.04540.08050.22070.07710.855659.5102-24.460829.7615
403.06730.316-1.12742.25611.0641.07260.02080.1154-0.4623-0.3213-0.3088-0.11-0.2399-0.18660.2880.56230.0513-0.00180.22330.14490.935762.2112-12.947819.5567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3A24 - 28
4X-RAY DIFFRACTION4A29 - 33
5X-RAY DIFFRACTION5A34 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6A42 - 46
7X-RAY DIFFRACTION7A47 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8A52 - 57
9X-RAY DIFFRACTION9A58 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10A63 - 68
11X-RAY DIFFRACTION11A69 - 78
12X-RAY DIFFRACTION12A79 - 83
13X-RAY DIFFRACTION13A84 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14A91 - 96
15X-RAY DIFFRACTION15A97 - 101
16X-RAY DIFFRACTION16A102 - 107
17X-RAY DIFFRACTION17A108 - 111
18X-RAY DIFFRACTION18A112 - 116
19X-RAY DIFFRACTION19A117 - 126
20X-RAY DIFFRACTION20A127 - 132
21X-RAY DIFFRACTION21U1 - 12
22X-RAY DIFFRACTION22U13 - 23
23X-RAY DIFFRACTION23U24 - 30
24X-RAY DIFFRACTION24U31 - 40
25X-RAY DIFFRACTION25U41 - 49
26X-RAY DIFFRACTION26U50 - 72
27X-RAY DIFFRACTION27U73 - 79
28X-RAY DIFFRACTION28U80 - 118
29X-RAY DIFFRACTION29U119 - 130
30X-RAY DIFFRACTION30U131 - 137
31X-RAY DIFFRACTION31U138 - 157
32X-RAY DIFFRACTION32U158 - 169
33X-RAY DIFFRACTION33U170 - 178
34X-RAY DIFFRACTION34U179 - 185
35X-RAY DIFFRACTION35U186 - 213
36X-RAY DIFFRACTION36U214 - 224
37X-RAY DIFFRACTION37U225 - 235
38X-RAY DIFFRACTION38U236 - 249
39X-RAY DIFFRACTION39U250 - 266
40X-RAY DIFFRACTION40U267 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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