PDB-3u5z: Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u5z

タイトル

Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog

要素

(DNA polymerase accessory protein ...) x 2
DNA polymerase processivity component
Primer DNA strand
Template DNA strand

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / AAA+ / ATP hydrolase / clamp loader / sliding clamp / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Rad17 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Kelch, B.A. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: How a DNA polymerase clamp loader opens a sliding clamp.
著者: Kelch, B.A. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.

履歴

登録	2011年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u5z.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u5z.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u5z	HTTPS FTP

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関連構造データ

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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: DNA polymerase accessory protein 44

C: DNA polymerase accessory protein 44

D: DNA polymerase accessory protein 44

E: DNA polymerase accessory protein 44

A: DNA polymerase accessory protein 62

G: DNA polymerase processivity component

H: DNA polymerase processivity component

F: DNA polymerase processivity component

I: Template DNA strand

J: Primer DNA strand

L: DNA polymerase accessory protein 44

M: DNA polymerase accessory protein 44

N: DNA polymerase accessory protein 44

O: DNA polymerase accessory protein 44

K: DNA polymerase accessory protein 62

Q: DNA polymerase processivity component

R: DNA polymerase processivity component

P: DNA polymerase processivity component

S: Template DNA strand

T: Primer DNA strand

ヘテロ分子

521 kDa, 20 ポリマー
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1

B: DNA polymerase accessory protein 44

C: DNA polymerase accessory protein 44

D: DNA polymerase accessory protein 44

E: DNA polymerase accessory protein 44

A: DNA polymerase accessory protein 62

G: DNA polymerase processivity component

H: DNA polymerase processivity component

F: DNA polymerase processivity component

I: Template DNA strand

J: Primer DNA strand

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
260 kDa, 10 ポリマー
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2

L: DNA polymerase accessory protein 44

M: DNA polymerase accessory protein 44

N: DNA polymerase accessory protein 44

O: DNA polymerase accessory protein 44

K: DNA polymerase accessory protein 62

Q: DNA polymerase processivity component

R: DNA polymerase processivity component

P: DNA polymerase processivity component

S: Template DNA strand

T: Primer DNA strand

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
260 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.702, 239.177, 247.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
DNA polymerase accessory protein ... , 2種, 10分子 BCDELMNOAK

#1: タンパク質	DNA polymerase accessory protein 44 / Clamp loader large subunit / Protein Gp44 分子量: 36189.602 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: 44, gp44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04526
#2: タンパク質	DNA polymerase accessory protein 62 / Clamp loader small subunit / Protein Gp62 分子量: 22941.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: 62, gp62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04527

-
タンパク質 , 1種, 6分子 GHFQRP

#3: タンパク質	DNA polymerase processivity component / DNA polymerase accessory protein 45 / Gp45 分子量: 25162.592 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: 45, gp45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04525

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ISJT

#4: DNA鎖	Template DNA strand 分子量: 9172.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖	Primer DNA strand 分子量: 6136.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 16分子

#6: 化合物	ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium 分子量: 492.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄BeF₃N₅O₁₀P₂
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月19日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 138392 / Num. obs: 137285 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.646 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AutoSol		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: molecular replacementSAD / 解像度: 3.5→49.193 Å / SU ML: 1.08 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2787	1982	2.75 %	Random
R_work	0.2309	-	-	-
obs	0.2322	72001	99.26 %	-
all	-	72537	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.127 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.2438 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	14.4152 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.8286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33376	1800	248	0	35424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	36231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.678	49352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.046	13639
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	5633
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	5976

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	D	133	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	N	133	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
2	1	A	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
2	3	C	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
2	4	K	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.103
2	5	L	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
2	6	M	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1
3	1	A	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	K	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
4	1	B	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	C	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
4	3	L	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
4	4	M	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
5	1	D	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	N	1084	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
6	1	A	560	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	K	560	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.123
7	1	B	560	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	C	560	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083
7	3	L	560	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063
7	4	M	560	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
8	1	D	491	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	N	491	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
9	1	A	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	B	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083
9	3	C	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
9	4	D	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
9	5	K	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063
9	6	L	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
9	7	M	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
9	8	N	668	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
10	1	E	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	O	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.076
11	1	E	592	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	O	592	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
12	1	E	614	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	O	614	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.588	0.3477	129	0.307	4609	X-RAY DIFFRACTION	92
3.588-3.6849	0.317	147	0.296	4939	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6849-3.7933	0.2784	135	0.2779	4932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7933-3.9157	0.3805	140	0.2739	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9157-4.0556	0.3104	142	0.2597	4992	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0556-4.2179	0.2978	140	0.2452	4972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2179-4.4098	0.2702	138	0.2273	4999	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4098-4.6421	0.259	140	0.2074	5002	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6421-4.9327	0.2628	147	0.2045	5005	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9327-5.3131	0.323	142	0.23	5061	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3131-5.847	0.3167	143	0.2546	5029	X-RAY DIFFRACTION	100
5.847-6.6913	0.3269	147	0.2391	5076	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6913-8.4235	0.2522	144	0.1923	5134	X-RAY DIFFRACTION	100
8.4235-49.1979	0.1837	148	0.186	5338	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -36.0451 Å / Origin y: -18.6946 Å / Origin z: 25.2519 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.7844 Å²	-0.0806 Å²	0.047 Å²	-	0.7499 Å²	-0.0452 Å²	-	-	0.6758 Å²
L	0.7558 °²	-0.251 °²	0.1586 °²	-	0.292 °²	-0.1239 °²	-	-	0.2283 °²
S	0.0081 Å °	-0.0188 Å °	-0.0325 Å °	-0.0495 Å °	0.0195 Å °	-0.0083 Å °	0.0277 Å °	-0.0279 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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