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- PDB-3u61: Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u61
タイトルStructure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP
要素
  • (DNA polymerase accessory protein ...) x 2
  • DNA polymerase processivity component
  • Primer DNA strand
  • Template DNA strand
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / AAA+ / ATP hydrolase / clamp loader / sliding clamp / primer-template DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA clamp loader activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...DNA clamp loader activity / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / DNA replication / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage clamp loader A subunit, A domain / Bacteriophage clamp loader A subunit, A' domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1260 / Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain ...Bacteriophage clamp loader A subunit, A domain / Bacteriophage clamp loader A subunit, A' domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1260 / Sliding-clamp-loader small subunit gp62 / Sliding-clamp-loader large subunit / : / : / Bacteriophage clamp loader A subunit / Sliding-clamp-loader large subunit, AAA+ ATPase lid domain / Sliding-clamp-loader large subunit, C-terminal domain / Sliding clamp, C-terminal / Sliding clamp / gp45 sliding clamp, C terminal / DNA polymerase processivity factor / DNA polymerase processivity factor / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Special / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Sliding clamp / Sliding-clamp-loader large subunit / Sliding-clamp-loader small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kelch, B.A. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: How a DNA polymerase clamp loader opens a sliding clamp.
著者: Kelch, B.A. / Makino, D.L. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2011年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA polymerase accessory protein 44
C: DNA polymerase accessory protein 44
D: DNA polymerase accessory protein 44
E: DNA polymerase accessory protein 44
A: DNA polymerase accessory protein 62
G: DNA polymerase processivity component
H: DNA polymerase processivity component
F: DNA polymerase processivity component
I: Template DNA strand
J: Primer DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,80416
ポリマ－252,31910
非ポリマー1,4856
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28370 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area89760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.303, 137.272, 222.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
14
24
15
25
35
16
26
36
46

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain F and resid 1001:1101
211chain G and resid 2001:2101
311chain H and resid 3001:3101
112chain F and resid 1102:1220
212chain G and resid 2102:2220
312chain H and resid 3102:3220
113chain B and resid 6:159
213chain C and resid 6:159
114chain B and resid 160:208
214chain C and resid 160:208
115chain A and resid 209:218
215chain B and resid 209:218
315chain C and resid 209:218
116chain A and resid 234:316
216chain B and resid 234:316
316chain C and resid 234:316
416chain D and resid 234:316

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
DNA polymerase accessory protein ... , 2種, 5分子 BCDEA

#1: タンパク質
DNA polymerase accessory protein 44 / Clamp loader large subunit / Protein Gp44


分子量: 36189.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 44, gp44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04526
#2: タンパク質 DNA polymerase accessory protein 62 / Clamp loader small subunit / Protein Gp62


分子量: 22941.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 62, gp62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04527

-
タンパク質 , 1種, 3分子 GHF

#3: タンパク質 DNA polymerase processivity component / DNA polymerase accessory protein 45 / Gp45


分子量: 25162.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 45, gp45 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P04525

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#4: DNA鎖 Template DNA strand


分子量: 6117.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 Primer DNA strand


分子量: 3013.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14BeF3N5O10P2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 44596 / Num. obs: 44464 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 23.7 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.32 Å / 冗長度: 17.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: molecular replacementSAD / 解像度: 3.2→47.646 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1 / 位相誤差: 30.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3051 2913 7.13 %random
Rwork0.2392 ---
obs0.2439 40848 96.16 %-
all-42479 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.859 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.0351 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.4104 Å2-0 Å2
3----16.6247 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16331 325 92 0 16748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01117060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56823119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1466372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1012649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062894
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11F762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12G762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.067
13H762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.074
21F923X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22G923X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
23H923X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.088
31B1190X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C1190X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.094
41B395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42C395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
51A72X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52B72X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.088
53C72X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.162
61A668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62B668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
63C668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
64D660X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.25250.38021300.31141618X-RAY DIFFRACTION88
3.2525-3.30850.36861370.3171704X-RAY DIFFRACTION92
3.3085-3.36870.3751490.31111674X-RAY DIFFRACTION93
3.3687-3.43350.35331300.30411766X-RAY DIFFRACTION93
3.4335-3.50350.34151140.28761722X-RAY DIFFRACTION94
3.5035-3.57970.36271490.29031770X-RAY DIFFRACTION96
3.5797-3.66290.33411410.28521749X-RAY DIFFRACTION96
3.6629-3.75450.29751260.27251796X-RAY DIFFRACTION95
3.7545-3.8560.31571400.25831759X-RAY DIFFRACTION96
3.856-3.96940.31831470.24451797X-RAY DIFFRACTION96
3.9694-4.09740.2781370.24381807X-RAY DIFFRACTION97
4.0974-4.24380.31561400.22861783X-RAY DIFFRACTION96
4.2438-4.41360.31291300.20721838X-RAY DIFFRACTION98
4.4136-4.61430.26561600.20351822X-RAY DIFFRACTION98
4.6143-4.85730.26521380.19291867X-RAY DIFFRACTION98
4.8573-5.16130.30421310.22011845X-RAY DIFFRACTION98
5.1613-5.55930.34391440.26181855X-RAY DIFFRACTION99
5.5593-6.11770.37351500.2631875X-RAY DIFFRACTION99
6.1177-7.00060.32941350.24211912X-RAY DIFFRACTION99
7.0006-8.81090.25641350.17921948X-RAY DIFFRACTION100
8.8109-47.65150.25551500.22862028X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.05030.04720.91415.8956-1.27022.6659-0.1870.11890.3595-0.1622-0.13060.39240.1140.119-0.00010.83850.08290.270.93560.1181.28523.17351.90964.0109
21.27261.76170.48442.9175-0.95472.5283-0.2655-0.86450.03760.1650.40690.0407-0.1658-0.8490.00011.2458-0.0976-0.0831.33720.1581.47344.616127.80341.1236
32.5018-0.13780.8483.30181.99793.7706-0.20060.27270.2564-0.11610.0401-0.35070.22840.032-0.00011.05070.118-0.05261.1303-0.13581.1715-3.540623.156635.3209
42.9563-0.289-0.34185.42840.24963.9628-0.07370.2360.1479-0.57430.1555-0.5014-0.120.2830.00030.70520.10710.10890.72750.03930.8059-26.799120.660613.3292
52.91490.29110.34492.72611.17582.55650.4468-0.67290.35290.0464-0.3669-0.0945-0.8361-0.2865-0.00021.19560.1415-0.08950.8273-0.09831.0854-36.263137.454233.1165
62.7712-0.36431.02812.5224-1.40642.4964-0.5124-0.40710.70110.32320.53560.11860.0844-0.2628-0.00011.04660.3308-0.11371.6006-0.4221.3122-14.217634.123852.0998
71.65450.787-2.47714.3497-0.48017.13450.16440.02550.07130.05620.05870.21640.0256-0.5725-0.00090.51320.13730.02250.84860.00890.7251-39.54212.304439.5827
83.3377-0.6024-0.93892.33082.60854.4970.1486-0.6868-0.68861.05280.1577-0.51450.0339-0.4601.10260.1537-0.03451.1053-0.05760.9429-40.583113.250467.0077
90.8470.05270.20240.68070.34981.4974-0.2857-0.34380.37240.6604-0.1806-0.0101-0.0636-0.7160.00041.82230.3829-0.08242.1104-0.22751.2297-9.618521.705770.8237
100.7405-2.30880.38796.2425-2.00275.0170.2082-0.1721-0.2470.1059-0.4836-0.32430.4533-0.00210.00010.9686-0.0895-0.12370.90210.040.884-28.3084-8.048458.511
110.5388-1.3132-0.00391.00460.01360.32940.1632-0.2873-0.08341.24550.153-0.5476-0.1366-0.246-0.00021.7224-0.0982-0.37281.2272-0.08871.3484-14.9961-18.154778.4353
121.8329-1.4678-0.94741.7787-0.5011.6627-0.7239-1.0258-0.34910.75140.64750.15850.9890.34180.00012.14660.58820.00251.90990.03351.33713.63.857463.6497
133.0389-0.13470.03851.6258-1.47971.29470.39680.1772-0.3092-0.05780.08780.0016-0.39340.06540.00011.05260.03740.15130.87990.2231.14691.0711-20.857112.83
141.1987-0.4137-0.38471.45250.68130.7616-0.21510.1247-0.47220.39380.1722-0.71280.0792-0.005601.45410.23050.1211.3169-0.08581.2327.79513.278439.395
151.7768-0.3428-0.3293-0.11820.14921.03960.2390.5413-0.4264-0.56720.462-0.16540.06410.4099-0.00051.5899-0.0002-0.27251.3473-0.00711.7177-10.9409-23.47348.5746
162.2892-1.027-2.39430.4870.20734.56640.0567-0.03220.3290.1039-0.03660.5344-0.2842-0.8795-0.00010.74220.1157-0.00441.09770.05590.8754-50.9392-1.389811.4926
174.285-1.4065-0.10295.22560.0973.88430.0890.33940.1497-0.6272-0.1235-0.5427-0.0232-0.0289-0.00011.00780.08780.25590.79160.09970.8053-31.4764-0.1629-10.6216
184.2003-1.8084-0.66564.5519-0.29212.1056-0.3129-0.5242-0.22021.101-0.1747-0.17810.85560.3429-0.00011.1652-0.20230.02981.12550.17930.9-31.5843-37.682635.2973
194.4737-0.77071.14055.1729-0.41693.5003-0.1854-0.0653-0.1650.83390.07650.62450.0629-0.0836-0.00040.8858-0.22040.1491.09960.05330.9033-52.2695-17.085437.4079
202.2058-1.5125-0.07085.5417-0.94052.81781.07250.51090.3198-0.9373-0.5927-0.690.17410.45440.00031.04490.14110.1650.8749-0.03411.0558-14.0341-25.4949-7.6031
214.3667-0.63680.59152.13250.10924.90620.2304-0.2691-0.6914-0.0748-0.1576-0.01050.74240.52270.00041.13070.12670.02730.970.20881.1806-10.9648-44.145114.4007
220.8459-0.4614-0.16340.18040.1920.71420.1464-2.6795-0.73290.5984-0.27690.20671.39890.70790.0021.24220.13670.28251.6347-0.11391.6172-13.4035-1.084828.9066
230.7589-0.3836-0.07170.8588-0.33410.0933-0.0861-0.07410.08840.0544-0.0502-0.59222.28020.60960.00151.09270.3546-0.10511.3749-0.04190.9968-17.6616-1.054229.8358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 2:159 )B2 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 160:187 )B160 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 234:318 )B234 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 2:159 )C2 - 159
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 160:221 )C160 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 234:318 )C234 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 1:159 )D - C1 - 159
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 160:232 )D - C160 - 232
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 233:318 )D - C233 - 318
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 3:159 )E3 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 160:213 )E160 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 233:315 )E233 - 315
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 3:37 )A3 - 37
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 38:108 )A38 - 108
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 117:187 )A117 - 187
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN G AND RESID 1001:1106 )G1001 - 1106
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN G AND RESID 1107:1228 )G1107 - 1228
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN H AND RESID 2001:2106 )H2001 - 2106
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN H AND RESID 2107:2228 )H2107 - 2228
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN F AND RESID 3001:3106 )F3001 - 3106
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN F AND RESID 3107:3222 )F3107 - 3222
22X-RAY DIFFRACTION22chain I
23X-RAY DIFFRACTION23chain J

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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