PDB-3u59: N-terminal 98-aa fragment of smooth muscle tropomyosin beta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u59

タイトル

N-terminal 98-aa fragment of smooth muscle tropomyosin beta

要素

Tropomyosin beta chain

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / Muscle contraction / Actin

機能・相同性

機能・相同性情報

muscle contraction / actin filament / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jampani, N. / Dominguez, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of smooth muscle tropomyosin alpha and beta isoforms.
著者: Rao, J.N. / Rivera-Santiago, R. / Li, X.E. / Lehman, W. / Dominguez, R.

履歴

登録	2011年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u59.cif.gz	89.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u59.ent.gz	71.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u59_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u59_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
XML形式データ	3u59_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	3u59_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u59	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u1aC 3u1cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u1c-2 3u1c-1 6ys4-1 4rfx-2 2a2t-d 4xa6-2 4rfx-1 3uf1-1 6jfv-2 6bl7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tropomyosin beta chain

B: Tropomyosin beta chain

C: Tropomyosin beta chain

D: Tropomyosin beta chain

46.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tropomyosin beta chain

B: Tropomyosin beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Tropomyosin beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Tropomyosin beta chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.121, 75.711, 137.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Tropomyosin beta chain / Beta-tropomyosin / Tropomyosin-2 分子量: 11571.923 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TPM2 / プラスミド: PRSF-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19352
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M HEPES, 5 mM CaCl2, 28-31 % 2- methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月25日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29 Å / Num. all: 20821 / Num. obs: 20734 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.0706 / Net I/σ(I): 15.82
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 7.63 % / R_merge(I) obs: 0.5048 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / Num. unique all: 2445 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JDirector	(Rigaku)	データ収集
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 13.696 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 4.699 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33667	14902	95 %	RANDOM
R_work	0.29453	-	-	-
obs	0.33465	15687	100 %	-
all	-	2880	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3178	0	0	122	3300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.996	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.228	5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.083	27.931	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	27.787	15	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.548	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.795	1.5	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.062	2	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.657	3	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.32	4.5	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	976	-
R_work	0.43	52	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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