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- PDB-3u56: Crystal structure of mutant ribosomal protein T217V TthL1 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u56
タイトルCrystal structure of mutant ribosomal protein T217V TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus
要素
  • 50S ribosomal protein L1
  • RNA (80-MER)
キーワードRNA/RNA BINDING PROTEIN / Rossmann Fold / RIBOSOMAL PROTEIN / rRNA / RIBOSOME / L1 protuberance in the ribosome / RNA-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / regulation of translation / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein ...Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribosomal protein L1/L10, domain II / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Nevskaya, N.A. / NIkonov, S.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ribosomal protein tthl1 in complex with 80nt 23s rna from thermus thermophilus
著者: Tishchenko, S.V. / Nikonova, E.Y. / Kostareva, O.S. / Gabdulkhakov, A.G. / Sarskikh, A.V. / Piendl, W. / Nikonov, S.V. / Garber, M.B. / Nevskaya, N.A.
履歴
登録2011年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L1
B: RNA (80-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,21014
ポリマ－50,8402
非ポリマー36912
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.690, 75.410, 85.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24865.727 Da / 分子数: 1 / 変異: V218R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: rplA, rpl1 / プラスミド: pET11a-PL/TthL1 T217V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL11(DE3) / 参照: UniProt: P27150
#2: RNA鎖 RNA (80-MER)


分子量: 25974.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment of 23S rRNA
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pUC18/rRNATth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL11(DE3)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 295 K / pH: 5.6
詳細: 50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月18日
放射モノクロメーター: MONTEL 200 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.3 Å / Num. obs: 28142 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 12.57
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4.01 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AD2, 1MZP

1ad2

1mzp


解像度: 2.1→28.3 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 1407 5 %
Rwork0.191 --
obs0.194 28129 99.1 %
all-28129 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.72 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9157 Å20 Å2-0 Å2
2--4.4921 Å2-0 Å2
3----2.5764 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1742 1723 18 147 3630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9355432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.521646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1047-2.17990.29761300.27632461X-RAY DIFFRACTION94
2.1799-2.26710.30241400.24472664X-RAY DIFFRACTION100
2.2671-2.37030.30091390.24512642X-RAY DIFFRACTION100
2.3703-2.49520.30411400.24182647X-RAY DIFFRACTION100
2.4952-2.65140.34011410.24262678X-RAY DIFFRACTION100
2.6514-2.85590.27521400.22272677X-RAY DIFFRACTION100
2.8559-3.1430.251420.19572685X-RAY DIFFRACTION100
3.143-3.5970.221420.16892709X-RAY DIFFRACTION100
3.597-4.52890.16491440.13652730X-RAY DIFFRACTION100
4.5289-28.33510.18821490.15762829X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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