PDB-3u3y: Mouse TREX1 D200H mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u3y

タイトル

Mouse TREX1 D200H mutant

要素

5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
Three prime repair exonuclease 1

キーワード

HYDROLASE/DNA / Rnase H fold / 3' exonuclease / homodimer / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / MutSalpha complex binding / T cell antigen processing and presentation / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / regulation of fatty acid metabolic process / heart process / regulation of protein complex stability / MutLalpha complex binding / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of immunoglobulin production / 3'-5'-DNA exonuclease activity / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of T cell activation / DNA catabolic process / regulation of cellular respiration / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / inflammatory response to antigenic stimulus / apoptotic cell clearance / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / DNA metabolic process / DNA duplex unwinding / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / response to UV / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / kidney development / DNA damage checkpoint signaling / protein-DNA complex / determination of adult lifespan / generation of precursor metabolites and energy / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Bailey, S.L. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.

引用

ジャーナル: Dna Repair / 年: 2012
タイトル: Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
著者: Bailey, S.L. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.

履歴

登録	2011年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u3y.cif.gz	270.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u3y.ent.gz	223 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3u3y_validation.pdf.gz	470 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u3y_full_validation.pdf.gz	483.7 KB	表示
XML形式データ	3u3y_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	3u3y_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u6fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u6f-d 1mzn-2 4zo1-d 6llz-2 3lyp-d 8gch-3 3mdw-2 3io3-2 6llg-1 6ep6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Three prime repair exonuclease 1

A: Three prime repair exonuclease 1

C: 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'

D: 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'

ヘテロ分子

70.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.066, 57.861, 68.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 分子量: 33733.453 Da / 分子数: 2 / 変異: D200H / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expressed as N-term MBP fusion protein / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖	5'-D(GPAPCPG)-3' 分子量: 1215.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized DNA oligonucleotide
#3: 化合物	ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 16% PEG 4000, 0.1 M MES pH 6.0, 2% 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月6日 / 詳細: osmic
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→40 Å / Num. obs: 21089 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→22.724 Å / SU ML: 0.74 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2753	1136	5.16 %	random
R_work	0.2131	-	-	-
obs	0.2162	22013	99.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.133 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.9029 Å²	0 Å²	-2.5951 Å²
2-	-	4.2174 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.6855 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→22.724 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3370	162	8	183	3723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3655
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	5011
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.269	1372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	567
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.3837	0.3276	159	0.2702	2544	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3837-2.5092	0.3536	157	0.2393	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5092-2.6662	0.2973	131	0.2287	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6662-2.8717	0.2914	148	0.2109	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8717-3.16	0.2881	126	0.2053	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.6156	0.3042	134	0.2198	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6156-4.5493	0.2536	135	0.2069	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5493-22.7247	0.2249	146	0.1965	2623	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1109	0.9881	0.1874	4.2769	0.6496	1.9352	0.267	-0.0161	-0.7955	-0.3465	-0.2817	-0.1388	0.0651	-0.1676	0.0165	0.1977	-0.007	-0.0634	0.2263	0.0249	0.356	-6.6582	-19.8561	12.2934
2	3.0415	-0.461	0.1147	3.9776	-0.7292	1.6868	0.0388	-0.2918	-0.4587	-0.227	-0.0263	0.3244	0.1321	-0.1538	-0.0357	0.1885	-0.038	-0.0383	0.208	-0.0229	0.1132	-7.5011	-7.6182	12.127
3	6.9754	-1.0297	-6.4957	0.243	0.496	8.3443	-0.3804	-0.5709	-0.5748	0.1679	-0.3802	0.7378	0.7507	-0.3102	0.7472	0.3797	-0.1351	0.0753	0.5421	0.1405	1.2128	-0.2224	-29.1945	24.108
4	4.9463	-1.5495	2.9601	5.9313	-1.8494	2.8358	0.4392	0.2019	-0.3192	0.2928	-0.4921	-0.3834	0.3637	0.1978	-0.0851	0.456	-0.0256	-0.1106	0.6543	0.2392	0.4456	-1.164	-21.4248	34.0004
5	0.4419	0.1066	-1.1835	0.2803	-0.3736	3.2002	0.2405	-0.9075	-0.3546	0.3715	-0.0627	-0.0739	-0.0431	-0.3032	-0.0759	0.2322	-0.106	-0.0464	0.4195	0.0794	0.2004	6.9576	-18.7531	18.3358
6	3.1863	-1.737	-0.2435	3.7914	0.4264	1.6094	-0.1964	-0.3159	0.2039	0.3182	0.0011	0.0267	-0.0225	-0.21	0.2016	0.2732	0.0016	-0.0346	0.1819	-0.018	0.1696	-5.7539	2.8089	12.803
7	2.9306	-2.8171	2.1045	7.2051	-1.026	3.9421	-0.4579	-0.2316	0.4317	0.4728	0.4165	0.3365	0.3597	-0.6536	-0.0806	0.2061	-0.0066	-0.0102	0.3118	-0.0402	0.2276	-4.4877	5.7038	15.6246
8	6.5628	-0.2956	-3.3978	6.0641	4.1376	4.5742	0.2157	0.6098	0.8937	0.3852	0.0283	-0.1202	-0.1953	-0.4331	-0.0853	0.3891	-0.0319	-0.031	0.2666	0.0818	0.2848	1.9061	6.0552	7.6238
9	0.2363	-0.2015	0.1186	0.1978	-0.1776	0.2672	0.1178	0.2413	-0.1589	-0.1036	0.0233	-0.023	0.0829	0.058	0.1926	0.3001	0.155	-0.1509	0.4841	-0.1396	0.1398	0.7004	-9.7666	1.3743
10	3.1458	-0.0962	0.5227	3.1956	0.9975	1.5772	-0.0328	-0.0643	-0.5481	-0.169	0.0943	0.3289	0.0129	0.1229	-0.016	0.2612	-0.0387	-0.0833	0.1655	0.0012	0.3266	-8.1542	-15.8062	10.3664
11	3.6449	-3.1443	1.4359	4.1987	1.623	7.2025	0.3985	0.4054	0.4251	-1.1012	-0.2625	0.4406	-0.0385	0.2546	0.16	0.3936	0.0613	-0.1279	0.3826	-0.1315	0.399	-9.9075	-5.9315	-0.2104
12	5.4597	1.2447	-3.8093	3.9686	0.379	5.2451	-0.3935	-0.2751	-0.2565	-0.5717	0.0112	0.1544	-0.1672	0.3784	0.3705	0.231	-0.0589	-0.0819	0.3716	0.043	0.5288	-7.9445	-17.1896	2.2253
13	0.1927	0.6993	-0.7681	5.4022	-0.7292	4.544	-0.1	-0.0394	-0.38	0.1641	-0.1723	0.4487	0.1107	-0.125	0.2427	0.2566	-0.0787	0.0332	0.4973	0.1937	0.5098	-15.7392	-19.7831	21.5721
14	2.2559	2.0276	-1.4264	2.1709	-0.5131	2.5937	-0.1373	0.0147	-0.7233	0.1107	-0.1789	-0.2923	0.476	-0.2041	0.2813	0.4955	-0.1811	0.2228	0.6969	0.1715	1.1553	-17.269	-23.4724	29.0479
15	0.314	-0.2522	0.025	1.7795	0.8183	0.4484	0.0878	-0.1296	-0.0634	0.4188	-0.1223	0.5985	0.12	-0.2418	-0.1716	0.2713	-0.0907	0.0638	0.607	0.2345	0.4626	-11.6608	-14.9223	31.306
16	3.8084	1.6453	0.1896	1.8874	2.2565	4.0278	-0.6994	-0.4226	0.0559	-0.0071	-0.2081	-0.2314	-0.1633	0.375	0.73	0.4716	-0.0961	-0.089	0.7274	0.2188	0.3691	-3.2234	-7.961	29.9944
17	6.9197	2.253	0.1667	3.2355	-2.4087	2.8824	-0.0761	-0.4495	-0.06	0.4063	0.1874	0.1683	-0.4603	-0.0214	-0.1461	0.2503	-0.0108	0.0228	0.3436	0.0082	0.0965	-2.7314	-8.5701	21.7094
18	2.0469	1.6417	-2.4254	1.4016	-1.7804	3.1915	-0.0075	-0.3889	-0.4559	0.4116	-0.0203	0.3835	0.0751	0.2149	0.0989	0.3287	-0.0175	0.0873	0.5371	0.1919	0.4219	-5.3046	-20.5354	25.9116
19	4.8412	0.1787	2.0384	0.5067	1.5622	5.2744	0.1271	0.0894	-1.5775	0.1561	0.013	-0.0653	0.7158	-0.1751	-0.5105	0.281	-0.0571	-0.1148	0.3404	0.0633	0.9105	-10.5874	-28.2102	18.9041
20	0.006	-0.0588	-0.0968	0.5723	0.8889	1.3943	-0.1749	0.0823	-0.2852	-0.4399	-0.0161	0.6524	-0.2206	-0.2928	0.2996	0.3162	-0.0668	-0.1947	0.3003	-0.0238	0.5616	-16.2368	-13.677	4.7846
21	2.7827	-0.5025	-0.9676	0.0914	0.1751	0.3356	-0.0943	0.1001	-0.0396	-0.3188	0.038	-0.2937	-0.3082	0.4766	-0.1285	0.5942	-0.2368	0.2892	0.5871	0.304	0.724	22.3918	8.9163	4.0834
22	7.4954	-5.475	0.6876	7.4817	-0.4113	3.1169	0.3674	-0.1015	0.4792	-0.3411	-0.3065	0.1523	-0.0762	-0.0519	-0.1109	0.1726	-0.0504	0.0178	0.3301	-0.0242	0.1907	19.7196	-9.6488	13.307
23	3.4362	1.0401	-0.3204	0.9844	0.8047	1.5839	0.1973	0.4105	-0.1913	-0.4241	-0.3714	-0.2226	0.3237	0.2445	0.1078	0.2375	0.0814	0.0267	0.2441	0.0359	0.1029	18.7294	-13.3414	11.5296
24	2.1703	0.9369	0.4368	1.5839	0.0528	0.8537	-0.153	-0.0683	0.5439	-0.0639	-0.0134	0.0354	-0.2752	0.0744	0.3603	0.4717	-0.1478	-0.3843	0.4417	0.0613	0.9813	12.4031	9.5235	14.1595
25	3.5509	1.2664	2.2626	0.457	0.6749	4.0332	-0.278	-0.2796	0.4639	-0.1246	0.0579	0.1964	-0.321	-0.6689	0.6617	0.4341	0.1092	-0.2277	0.6481	-0.2513	0.5235	14.0064	7.1764	31.6897
26	4.8304	2.092	1.0345	3.3687	-3.0625	5.2245	0.1209	-0.7983	0.2918	0.4721	0.0465	0.0732	-0.7935	0.1654	-0.2747	0.3026	0.1003	-0.0197	0.5514	-0.0535	0.2623	5.5208	1.964	19.9324
27	3.9945	-2.0837	1.4121	2.935	-1.8477	2.6629	0.1809	-0.0908	-0.6228	-0.0064	-0.187	-0.0678	0.5333	0.2292	-0.1324	0.286	-0.0272	-0.0751	0.2289	0.0436	0.2254	16.9503	-21.6571	15.7439
28	3.3039	-0.4796	1.3761	7.3523	-1.4303	0.7811	0.4606	0.079	-1.3375	-0.459	-0.0426	0.3784	0.311	0.0066	-0.1838	0.397	0.0659	-0.1443	0.256	-0.0206	0.5589	11.2536	-26.3559	10.515
29	1.9765	0.0428	-0.1475	1.7777	0.7696	1.8264	0.2123	0.4744	0.1185	-0.7486	0.1633	0.0787	-0.0478	0.2033	-0.0525	0.4052	0.1148	0.0341	0.4072	0.0492	0.1537	10.204	-8.1895	1.738
30	5.5118	0.3538	1.5741	4.5678	-1.7043	4.9501	0.3464	0.4173	0.2837	0.1351	0.0889	-0.1263	-0.4137	0.1164	-0.1867	0.1761	-0.0348	0.1278	0.3529	0.037	0.3247	22.7001	-3.067	11.0907
31	1.7235	-0.9645	-3.7093	6.8659	-0.2916	8.8936	0.2416	0.3393	0.1615	-0.098	-0.4746	-0.1788	-0.0722	0.9566	0.0826	0.3337	0.1028	0.0538	0.4538	0.0782	0.1907	25.2336	-13.0077	7.0213
32	0.1829	0.0083	-0.2524	1.9307	-0.9668	0.8192	0.0189	0.2116	-0.1375	-0.6738	-0.2415	-0.2448	0.4456	0.1255	0.1416	0.5777	0.2702	0.1014	0.8282	-0.0786	0.3284	18.9177	-16.5261	-3.6273
33	5.5307	1.1071	1.1717	2.8581	-1.3281	2.2524	0.0318	0.654	0.6541	-0.4677	-0.1159	-0.4519	0.1678	0.4959	-0.2931	0.1896	0.0734	0.0889	0.5462	0.133	0.4545	23.2567	-2.5979	6.9194
34	6.5176	1.2396	2.4446	0.2518	0.6545	3.1427	-0.1318	-0.0819	0.7187	0.072	0.1372	-0.1956	-0.1604	0.2136	0.1555	0.3495	-0.0296	-0.264	0.488	0.0526	1.3879	30.4868	4.6939	24.1183
35	0.1874	0.0098	0.2546	0.0059	0.0168	0.3445	-0.0206	-0.067	0.0978	0.0682	0.0272	-0.0633	-0.032	0.0921	0.2375	0.1653	0.1019	-0.3778	0.6136	-0.2344	0.4063	24.5159	-2.7169	28.1841
36	0.3221	-0.7497	0.1982	3.5995	0.9442	1.1922	0.1584	-0.3571	0.4729	0.2013	-0.1794	0.0847	-0.3815	-0.074	0.2315	0.6122	0.0147	-0.017	0.4125	-0.2126	0.3621	18.9235	-3.814	34.2798
37	4.7553	-2.191	-0.3652	2.3367	-0.5599	4.1666	-0.012	-0.5461	0.3834	0.4057	0.2311	-0.2428	0.2845	-0.0698	-0.1481	0.2189	-0.0571	-0.0617	0.374	-0.0254	0.1544	15.9297	-7.9615	22.4308
38	1.3248	1.4685	-0.6055	1.6477	-0.5754	0.6907	-0.2242	-0.104	0.6881	0.1354	-0.0588	-0.2011	-0.3188	0.1124	0.3214	0.3004	0.0254	-0.2536	0.2797	-0.1659	0.8543	19.806	8.0339	22.3534
39	0.1286	0.1397	-0.2068	0.1517	-0.2263	0.3357	0.0655	-0.0584	0.4202	0.078	-0.1382	0.1531	-0.2103	0.1043	-0.4754	0.3798	-0.1556	0.1226	0.3103	0.1717	1.0664	25.1553	6.5284	11.0519
40	2.0124	-0.0582	-0.7945	0.6982	-0.8297	1.3522	0.2829	0.6828	0.5602	-0.2899	-0.0884	-0.1473	-0.3242	-0.3717	0.0552	0.3675	0.2287	0.1774	0.688	0.2198	0.3164	28.6297	-10.5387	2.8528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:41)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 42:52)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 53:59)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 60:66)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 67:83)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 84:90)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 91:99)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 100:112)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 113:134)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 135:142)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 143:153)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 154:161)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 162:174)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 175:188)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 189:194)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 195:204)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 205:210)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 211:222)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 223:234)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 6:11)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 12:25)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 26:40)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 41:45)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 46:58)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 59:64)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 65:90)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 91:100)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 101:117)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 118:127)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 128:139)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 140:145)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 146:157)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 158:175)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 176:187)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 188:191)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 192:208)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 209:214)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 215:224)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 225:234)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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