[日本語] English
万見
- PDB-3u3u: Crystal structure of the tablysin-15-leukotriene E4 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u3u
タイトルCrystal structure of the tablysin-15-leukotriene E4 complex
要素Tablysin 15
キーワードPROTEIN BINDING / CAP domain / binding protein / integrin alphaVbeta3 and leukotriene E4
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Venom allergen 3, insect / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-EAH / PRASEODYMIUM ION / Tablysin 15
類似検索 - 構成要素
生物種Tabanus yao (昆虫)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Andersen, J.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of protein having inhibitory disintegrin and leukotriene scavenging functions contained in single domain.
著者: Xu, X. / Francischetti, I.M. / Lai, R. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.
履歴
登録2011年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32015年1月28日Group: Other
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Tablysin 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9225
ポリマ－26,0771
非ポリマー8464
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.774, 69.774, 85.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-322-

HOH

21C-324-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tablysin 15


分子量: 26076.619 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 24-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tabanus yao (昆虫) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: F8QQG5
#2: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-EAH / (5S,7E,9E,11Z,14Z)-5-hydroxyicosa-7,9,11,14-tetraenoic acid


分子量: 320.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10 % PEG 6000, 100 mM citrate, 13 mM praseodymium (III) acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月7日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→18.22 Å / Num. all: 8629 / Num. obs: 8629 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 14.5 / Scaling rejects: 242
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.593.670.1438.131388451.2499.8
2.59-2.693.680.1179.231978591.299.8
2.69-2.813.720.110.731288291.2599.9
2.81-2.963.740.08811.332638661.0899.9
2.96-3.153.750.0661432408590.89100
3.15-3.393.740.05615.731578410.8199.8
3.39-3.733.750.06114.932648690.86100
3.73-4.263.770.04420.832848680.73100
4.26-5.343.680.04519.732888900.6999.6
5.34-18.223.550.04820.132439030.8796.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIデータスケーリング
d*TREK9.7 W8RSSIデータ削減
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.5→17.446 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU ML: 0.78 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 410 4.76 %
Rwork0.2021 --
obs0.2044 8622 99.49 %
all-8622 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.494 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.77 Å2 / Biso mean: 44.4724 Å2 / Biso min: 18.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5793 Å2-0 Å20 Å2
2---0.5793 Å20 Å2
3---1.1586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→17.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 50 94 1960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2522569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.349732
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5101-1.234-0.16852.15040.36021.9015-0.1029-0.3930.05180.25190.1684-0.15910.0060.0003-0.05930.1797-0.0038-0.03990.2474-0.03420.214321.74723.0463.4161
21.1649-0.673-0.23392.50110.72351.6024-0.2409-1.16-0.64210.7124-0.09131.03370.547-0.9802-0.03540.5-0.0783-0.02980.55420.15490.637715.2457-11.40298.6427
31.9264-1.04930.12161.9846-0.16052.19970.0101-0.1248-0.17890.0757-0.0064-0.17310.27360.1674-0.05590.1967-0.0123-0.0560.24810.04620.210725.4163-7.74812.8641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resseq 3:119)C3 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resseq 120:155)C120 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 156:234)C156 - 234

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る