PDB-3u35: Crystal structure of the general stress FMN/FAD binding protein f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u35

タイトル

Crystal structure of the general stress FMN/FAD binding protein from the phytopathogen Xanthomonas citri

要素

General stress protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Xanthomonas citri General stress protein FMN binding protein FAD binding protein / PNP-oxidase like fold / FMN/FAD

機能・相同性

General stress protein, FMN-binding split barrel domain / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase like / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / TRIETHYLENE GLYCOL / General stress protein

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hilario, E. / Li, Y. / Fan, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The structure of a Xanthomonas general stress protein involved in citrus canker reveals its flavin-binding property.
著者: Hilario, E. / Li, Y. / Niks, D. / Fan, L.

履歴

登録	2011年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u35.cif.gz	225.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u35.ent.gz	184.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3u35_validation.pdf.gz	472 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u35_full_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示
XML形式データ	3u35_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	3u35_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u35	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u34C 1flm 2i02 2ou5 3dmb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u34-d 4x2m-d 2f98-d 4wx0-d 4ccg-d 3zxu-2 1ici-3 3hl8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: General stress protein

B: General stress protein

C: General stress protein

D: General stress protein

ヘテロ分子

80.7 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: General stress protein

D: General stress protein

ヘテロ分子

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根拠: gel filtration
40.5 kDa, 2 ポリマー
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3

A: General stress protein

B: General stress protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.4 kDa, 2 ポリマー
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4

B: General stress protein

C: General stress protein

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根拠: gel filtration
40.2 kDa, 2 ポリマー
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5

C: General stress protein

D: General stress protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	120.204, 122.184, 57.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

BASED ON THE SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY RESULTS THE PURE RECOMBINANT PROTEIN EXIST AS AN EQUILIBRIUM OF DIMERS AND TETRAMERS IN SOLUTION. HOWEVER, THE AMOUNT OF DIMERIC FORM IS PREDOMINANT WHEN COMPARED WITH THE TETRAMERIC FORM

#1: タンパク質	General stress protein 分子量: 20108.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Gene was cloned into EcoRI and HindIII restriction sites of pET28a 由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 株: 306 遺伝子: General stress protein NCBI-GeneID 1156440, XAC2369 プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys-S / 参照: UniProt: Q8PK08
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein concentration at 25mg/mL in 0.1M Hepes, pH 7.5, 42% PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 30136 / Num. obs: 29232 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Crystal	Clear 2.0 r2	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→19.805 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2392	1511	5.08 %
R_work	0.2012	-	-
obs	0.2031	29232	96.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.343 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	23.6256 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-15.4536 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.172 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.805 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4263	0	20	46	4329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4377
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	5928
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.355	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	648
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4819-2.5619	0.3585	145	0.3069	2470	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5619-2.6532	0.3029	131	0.2786	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6532-2.7592	0.2922	135	0.2658	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7592-2.8844	0.2899	138	0.2524	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8844-3.036	0.2522	143	0.2264	2568	X-RAY DIFFRACTION	98
3.036-3.2254	0.2733	135	0.2268	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2254-3.4732	0.2689	132	0.2163	2548	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4732-3.8205	0.2321	135	0.1919	2587	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8205-4.3682	0.1978	117	0.169	2588	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3682-5.484	0.1977	146	0.162	2548	X-RAY DIFFRACTION	95
5.484-19.8055	0.2251	154	0.1855	2572	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0176	0.0103	-0.0184	-0.0134	0.0442	0.1074	-0.0698	0.1576	0.0622	-0.474	0.143	0.3004	0.1372	-0.1275	0	0.2859	0.0242	-0.0381	0.3608	0.0041	0.3619	-38.2503	8.6523	-7.2646
2	0.7008	0.4316	-0.1219	0.273	0.221	0.3418	-0.0036	-0.0207	-0.0362	0.0331	0.0917	-0.1952	-0.1474	0.2223	-0	0.3274	0.001	0.0366	0.3336	-0.01	0.317	-20.6213	3.0996	-1.3743
3	0.7263	-0.0989	-0.691	0.638	0.494	0.9985	0.0293	-0.0282	0.0613	-0.2254	0.005	-0.0904	0.0468	-0.0706	-0	0.361	-0.0169	0.0057	0.2561	0.023	0.2548	-23.5271	2.7655	-7.1259
4	0.5202	-0.9121	-0.0567	1.1786	-0.0892	1.0703	0.1329	0.2007	0.0845	-0.5188	-0.1142	-0.2198	-0.1024	0.0533	0	0.4954	-0.0295	0.0956	0.3765	0.0292	0.2469	-17.2771	5.7918	-16.1823
5	0.1014	-0.0891	-0.2043	0.1933	-0.4533	0.3985	0.0817	0.0332	0.0275	0.5745	-0.1311	0.3807	0.2144	-0.2027	0	0.2262	0.0398	0.018	0.3772	-0.019	0.3385	-37.4423	20.1542	11.4029
6	0.0475	0.0196	0.0295	-0.0103	0.0048	0.0768	-0.2186	-0.2531	0.2121	0.9148	0.4613	0.0423	0.4976	0.3103	-0	0.4571	0.0423	-0.0019	0.3229	-0.0516	0.2122	-15.3964	13.6324	15.4344
7	0.8462	0.2351	-0.2138	0.1455	-0.0682	0.1903	-0.0244	-0.1983	-0.0502	0.3306	0.0563	0.1268	0.3022	-0.0944	-0	0.4224	-0.0307	0.0231	0.27	0.0171	0.3331	-29.5416	1.3373	9.3882
8	0.2743	-0.6815	-0.2848	0.3435	-0.0602	0.0792	0.2397	-0.1623	0.1196	0.4161	-0.1666	-0.0457	-0.1528	-0.0956	-0	0.6082	0.0626	0.0363	0.49	0.0038	0.2525	-27.3397	5.4694	21.324
9	-0.027	-0.01	-0.0185	-0.0407	0.0076	-0.0028	-0.0892	1.0018	-0.7302	-0.9434	0.0125	0.3211	0.7347	-0.4523	0	1.2868	-0.0865	-0.0171	0.6273	0.0711	0.572	-34.0432	-9.5103	16.2287
10	0.5938	0.3303	0.2178	-0.1621	-0.048	0.5523	-0.1427	-0.0842	0.0122	0.1769	0.0663	-0.1178	0.3437	0.0953	-0	0.5622	0.0912	0.0715	0.2822	-0.003	0.23	-24.9308	2.5684	16.344
11	0.1149	-0.2157	0.0209	0.0359	0.1283	0.1413	-0.4722	0.0576	-0.0062	0.6735	0.4471	0.4581	-0.6477	-0.6942	0	0.5192	0.0083	0.1195	0.6545	0.0968	0.4187	-40.4479	4.2578	24.214
12	0.3966	0.0746	0.0915	0.09	0.3741	0.2046	-0.1877	-0.3247	0.1681	-0.2363	0.1701	0.029	0.9421	0.5017	-0	0.5036	0.1009	-0.0407	0.4526	0.0693	0.371	-18.8039	2.7874	13.8733
13	-0.0069	-0.1016	-0.077	0.067	0.1469	0.1762	0.071	0.2645	0.2891	-0.1335	-0.5583	-0.5398	0.3371	0.1626	-0	0.4891	0.033	0.1369	0.6254	0.0951	0.6056	-20.9066	32.2132	-5.9844
14	0.4614	-0.333	0.6496	0.6612	0.144	0.2566	0.1897	-0.0058	-0.4749	-0.389	-0.3358	-0.092	-0.6167	0.2143	-0	0.3002	0.023	-0.0056	0.2026	-0.0249	0.1933	-30.7549	27.801	-9.2828
15	0.4296	0.0613	-0.3934	0.0996	-0.2452	0.1155	-0.0211	0.0698	0.0422	0.0811	0.14	0.2359	-0.1982	-0.051	0	0.3348	-0.029	0.0124	0.3126	0.0136	0.359	-39.3212	35.9424	4.0254
16	1.236	0.1076	0.7287	0.6861	0.1486	0.6878	-0.0621	0.0693	0.1393	0.0474	0.002	0.1943	0.145	-0.0166	0	0.1595	-0.0406	0.0198	0.1736	0.0195	0.2412	-38.9269	36.3936	-0.9688
17	0.9243	0.2245	0.4392	0.5661	0.2697	0.8935	-0.0018	-0.0397	-0.0317	-0.1521	-0.026	0.1822	0.0555	-0.12	-0	0.3892	-0.05	-0.0648	0.4523	0.0081	0.575	-49.3246	31.7779	-3.3893
18	-0.8631	-0.8072	-0.0633	-0.2883	-0.4213	-0.402	0.9483	0.5078	-1.1481	0.4933	0.0451	-1.5162	0.2098	0.9082	0	0.1188	0.0906	0.3329	0.2955	0.1445	-0.3101	-15.6599	18.3405	2.1061
19	0.2896	-0.3243	0.2744	0.2548	-0.0464	0.0449	-0.0427	-0.0565	0.0476	0.0231	0.1193	-0.1067	0.191	-0.1503	-0	0.3821	0.0287	-0.0465	0.2471	0.0057	0.2975	-25.7339	27.1821	16.0931
20	0.4169	0.2171	-0.1431	0.2805	0.1052	0.1267	-0.2176	0.1332	0.3005	0.4563	-0.0457	-0.2361	-0.7983	0.3046	-0	0.3645	-0.0159	-0.0043	0.2554	-0.0039	0.3547	-22.1353	39.7678	6.6618
21	1.8753	-0.4021	-0.1224	0.3875	-0.1652	0.7546	0.0307	-0.2562	0.3002	0.2407	-0.0168	-0.0844	0.0949	-0.0118	0	0.149	0.034	-0.0213	0.2898	-0.0598	0.3465	-22.6403	38.2585	11.3917
22	0.8326	0.1142	0.0326	0.2332	-0.2233	0.4449	0.084	-0.1576	-0.1581	0.0908	0.0221	-0.2646	-0.0358	0.0527	-0	0.3653	0.0372	-0.1168	0.5979	-0.0148	0.7904	-6.8971	37.3782	11.4717
23	-0.0161	-1.0961	-1.1306	0.9122	-0.6832	0.0262	-0.039	-0.089	0.0895	0.2404	-0.0872	0.308	0.054	-0.0821	0	0.2853	-0.0189	0.0064	0.405	-0.0064	0.3344	-32.4573	23.7211	10.5851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:34)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 35:54)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 55:107)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 108:147)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 148:165)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 24:34)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 35:56)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 57:73)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 74:83)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 84:118)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 119:138)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 139:151)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 152:164)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 23:40)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 41:62)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 63:107)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 108:148)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 149:164)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 24:42)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 43:62)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 63:107)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 108:137)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 138:164)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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