PDB-3u22: Crystal structure of a putative HmuY_like heme binding protein (B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u22

タイトル

Crystal structure of a putative HmuY_like heme binding protein (BVU_2192) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 2.12 A resolution

要素

putative HmuY_like heme binding protein

キーワード

HEME BINDING PROTEIN / transport / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / HEME-BINDING PROTEIN

機能・相同性

HmuY protein / HmuY protein / Unknown ligand / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides vulgatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative HmuY_like heme binding protein (BVU_2192) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 2.12 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2011年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u22.cif.gz	167.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u22.ent.gz	137.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u22_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u22_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	3u22_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	3u22_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6i8g-d 6fax-d 1go7-1 2h43-1 3enh-2 1s5h-d 1flt-2 7jn5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 393117

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: putative HmuY_like heme binding protein

B: putative HmuY_like heme binding protein

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative HmuY_like heme binding protein

B: putative HmuY_like heme binding protein

ヘテロ分子

A: putative HmuY_like heme binding protein

B: putative HmuY_like heme binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.415, 128.415, 110.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	39 - 144
2	1	1	6	B	39 - 144
1	2	1	6	A	149 - 220
2	2	1	6	B	149 - 220

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	putative HmuY_like heme binding protein 分子量: 23125.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア) 株: ATCC 8482 / 遺伝子: BVU_2192 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6L2D9

-
非ポリマー , 5種, 293分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 20-220 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M bicine pH 9, 1.6M ammonium sulfate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97922,0.97889

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月20日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97922	1
3	0.97889	1

反射

解像度: 2.12→78.487 Å / Num. all: 60126 / Num. obs: 60126 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.01 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.12-2.23	5.8	0.7	49900	8674	1.019	100
2.23-2.37	5.8	0.8	47314	8224	0.672	100
2.37-2.53	5.8	1.5	44828	7774	0.476	100
2.53-2.74	5.8	1.6	41594	7210	0.317	100
2.74-3	5.8	3.9	38416	6658	0.183	100
3-3.35	5.8	6.1	34804	6039	0.109	100
3.35-3.87	5.7	8.6	30829	5362	0.067	100
3.87-4.74	5.7	9.4	26031	4556	0.05	100
4.74-6.7	5.6	12.2	20166	3574	0.046	100
6.7-78.487	5.3	12.8	10974	2055	0.039	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SOLVE		位相決定
SCALA	3.3.15	データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.12→78.487 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.417 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.09
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1724	3029	5 %	RANDOM
R_work	0.1647	-	-	-
obs	0.1651	60066	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.88 Å² / B_iso mean: 48.5786 Å² / B_iso min: 28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9 Å²	0.95 Å²	0 Å²
2-	-	1.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→78.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2893	0	104	275	3272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.958	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.343	3	4888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.408	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.671	24.286	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.171	15	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.484	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	652

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2307 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
LOOSE POSITIONAL	0.37	5
LOOSE THERMAL	3.05	10

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å /

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