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- PDB-3u1n: Structure of the catalytic core of human SAMHD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u1n
タイトルStructure of the catalytic core of human SAMHD1
要素SAM domain and HD domain-containing protein 1
キーワードHYDROLASE / HD-domain / deoxynucleotide triphosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process ...Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / triphosphoric monoester hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / tetraspanin-enriched microdomain / DNA strand resection involved in replication fork processing / deoxyribonucleotide catabolic process / dGTP catabolic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / RNA nuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / Interferon alpha/beta signaling / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / defense response to virus / nucleic acid binding / immune response / innate immune response / DNA damage response / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2760 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / Sterile alpha motif. ...Alpha-Beta Plaits - #2760 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / Sterile alpha motif. / HD/PDEase domain / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Goldstone, D.C. / Ennis-Adeniran, V. / Walker, P.A. / Haire, L.F. / Webb, M. / Taylor, I.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: HIV-1 restriction factor SAMHD1 is a deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase
著者: Goldstone, D.C. / Ennis-Adeniran, V. / Hedden, J.J. / Groom, H.C. / Rice, G.I. / Christodoulou, E. / Walker, P.A. / Kelly, G. / Haire, L.F. / Yap, M.W. / de Carvalho, L.P. / Stoye, J.P. / ...著者: Goldstone, D.C. / Ennis-Adeniran, V. / Hedden, J.J. / Groom, H.C. / Rice, G.I. / Christodoulou, E. / Walker, P.A. / Kelly, G. / Haire, L.F. / Yap, M.W. / de Carvalho, L.P. / Stoye, J.P. / Crow, Y.J. / Taylor, I.A. / Webb, M.
履歴
登録2011年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM domain and HD domain-containing protein 1
B: SAM domain and HD domain-containing protein 1
C: SAM domain and HD domain-containing protein 1
D: SAM domain and HD domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,72812
ポリマ－246,0864
非ポリマー6428
水50428
1
A: SAM domain and HD domain-containing protein 1
D: SAM domain and HD domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3646
ポリマ－123,0432
非ポリマー3214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area34750 Å2
手法PISA
2
B: SAM domain and HD domain-containing protein 1
C: SAM domain and HD domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3646
ポリマ－123,0432
非ポリマー3214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area34620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.5160, 95.8180, 96.6610
Angle α, β, γ (deg.)91.1840, 109.2380, 115.2010
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A118 - 276
121chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A284 - 287
131chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A289 - 311
141chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A313 - 460
151chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A468 - 486
161chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A491 - 504
171chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A516 - 530
181chain A and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...A548 - 583
211chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B118 - 276
221chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B284 - 287
231chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B289 - 311
241chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B313 - 460
251chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B468 - 486
261chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B491 - 504
271chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B517 - 531
281chain B and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...B548 - 583
311chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C118 - 276
321chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C284 - 287
331chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C289 - 311
341chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C313 - 460
351chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C468 - 486
361chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C491 - 504
371chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C517 - 523
381chain C and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...C548 - 583
411chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D118 - 276
421chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D284 - 287
431chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D289 - 311
441chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D313 - 460
451chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D468 - 486
461chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D491 - 504
471chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D516 - 523
481chain D and (resseq 118:276 or resseq 284:287 or resseq...D548 - 583

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999999, 0.000651, -0.001344), (0.000645, -0.999988, -0.004929), (-0.001347, 0.004928, -0.999987)0.05058, 45.090302, 57.124001
2given(-0.982077, -0.072405, -0.174019), (0.09062, 0.628172, -0.77278), (0.165267, -0.774699, -0.610351)-6.16191, 19.2439, 70.285896
3given(-0.981869, 0.07351, 0.174729), (0.091406, -0.623911, 0.776131), (0.166069, 0.77803, 0.60588)-19.403999, 3.00954, 0.56273

-
要素

#1: タンパク質
SAM domain and HD domain-containing protein 1 / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5


分子量: 61521.613 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 120-626 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MOP5, SAMHD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 11.63 / 数: 330195 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.05 / D res high: 3.1 Å / D res low: 35 Å / Num. obs: 89495 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.083598.410.0640.9873.8
5.637.0899.410.0891.093.8
4.925.6399.310.0881.1073.8
4.474.9299.210.0881.1723.8
4.154.479910.0961.1353.8
3.94.1599.110.1161.1593.8
3.713.998.910.1481.073.8
3.553.7198.810.1931.0143.8
3.413.5598.710.2660.9843.8
3.293.4198.610.3570.9413.6
3.193.2998.210.4720.9453.4
3.13.1996.810.5810.8712.9
反射解像度: 3.1→35 Å / Num. obs: 89495 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.192.90.58172920.871196.8
3.19-3.293.40.47274670.945198.2
3.29-3.413.60.35774440.941198.6
3.41-3.553.80.26674470.984198.7
3.55-3.713.80.19375361.014198.8
3.71-3.93.80.14874481.07198.9
3.9-4.153.80.11673901.159199.1
4.15-4.473.80.09675051.135199
4.47-4.923.80.08874911.172199.2
4.92-5.633.80.08875351.107199.3
5.63-7.083.80.08974801.09199.4
7.08-353.80.06474600.987198.4

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→34.556 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 3760 4.47 %
Rwork0.1959 --
obs0.1973 84061 94.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.807 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 191.7 Å2 / Biso mean: 63.9185 Å2 / Biso min: 20.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6253 Å20.8885 Å2-1.2906 Å2
2--0.2978 Å2-5.5467 Å2
3----3.9231 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13543 0 24 28 13595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20318822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.515006
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3268X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
12B3268X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
13C3200X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
14D3221X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.13920.33451320.33282480261280
3.1392-3.18050.39911060.32242653275984
3.1805-3.2240.30911310.28482717284886
3.224-3.27010.32451330.27312791292488
3.2701-3.31880.2571240.25542821294591
3.3188-3.37070.29211400.23572822296290
3.3707-3.42590.24071370.23372929306691
3.4259-3.48490.2881270.22462911303893
3.4849-3.54820.27361480.20623064321294
3.5482-3.61640.26631550.20512820297595
3.6164-3.69010.27521400.19933080322095
3.6901-3.77020.20631350.18782926306196
3.7702-3.85780.20571380.17873101323996
3.8578-3.95420.21541480.17642997314597
3.9542-4.06090.17821280.16643137326598
4.0609-4.18020.20541600.17293086324698
4.1802-4.31490.20371370.15683062319998
4.3149-4.46880.18751350.15413058319398
4.4688-4.64740.18451560.15693052320898
4.6474-4.85830.17051440.15413161330598
4.8583-5.11370.21351350.16823085322098
5.1137-5.43290.22891540.1783106326098
5.4329-5.85060.2341450.21613096324199
5.8506-6.43590.20521490.2393102325198
6.4359-7.35940.25091360.22453115325199
7.3594-9.24250.22551440.17463076322099
9.2425-34.55860.21071430.20673053319697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48011.47130.43770.9252-0.07153.0441-0.05360.05890.2574-0.0263-0.02040.3767-0.3551-0.1679-0.0120.40780.0519-0.04160.26690.07570.343-3.541320.16694.9281
20.9834-0.5581-0.33992.00350.18111.82150.01880.19790.2531-0.2358-0.0196-0.1359-0.43110.1580.00050.371-0.04390.00830.36270.02250.365.522212.86992.0608
30.98010.33880.14630.2301-0.03490.44620.27070.16250.1679-0.1953-0.1988-0.56350.27650.320200.4580.10910.06750.530.04030.456521.4925-9.45460.4648
40.5366-0.07790.19950.0163-0.0560.15640.13391.22150.0836-0.5782-0.1081-0.3964-0.1532-0.0055-0.04311.1265-0.4398-0.10180.6095-0.10250.764416.591632.822618.4189
50.703-0.03980.1430.4274-0.00871.06550.0886-0.3088-0.0957-0.10190.1039-0.36290.28420.519300.26540.07550.00910.56870.02380.481922.1233-9.82438.2224
62.4328-1.1024-0.16530.9325-0.05012.7459-0.0598-0.1285-0.3101-0.0260.04240.44370.4095-0.1838-0.00240.3908-0.05220.03130.25860.03640.3145-3.425324.705852.3422
71.01770.79070.14242.07590.20681.84270.0336-0.1914-0.21170.1986-0.0583-0.09150.40610.19770.00070.32310.045-0.02480.3167-0.00750.33015.494131.985255.161
80.8963-0.2543-0.01340.2806-0.08530.59220.1162-0.1695-0.1066-0.1534-0.0199-0.5634-0.38970.05240.00020.4705-0.1103-0.03480.50250.05830.42421.298154.453956.9623
91.03350.43830.350.66480.09080.13850.2804-0.7406-0.57170.2026-0.0345-0.2078-0.812-0.04670.02431.24890.23620.08560.82360.01190.618316.569912.148338.423
100.46530.3433-0.06570.5948-0.1250.70890.10930.0667-0.0387-0.0760.1099-0.042-0.4350.48580.0070.1775-0.07440.00060.5670.0020.448522.190854.88548.9098
112.0843-0.72091.4091.45570.37072.1123-0.16550.07850.1244-0.073-0.0128-0.0317-0.21610.01410.00010.31430.0309-0.04160.2616-0.02340.3037-13.255451.071238.4663
121.2490.54580.05251.7766-1.61871.8207-0.0124-0.03170.21470.07920.17240.2752-0.4477-0.37310.00040.50880.1432-0.04560.5071-0.03750.5658-21.804254.660637.3496
131.65250.7285-0.21391.516-0.55581.49770.0249-0.25560.11390.07910.03770.50760.0466-0.4842-0.00440.23620.08110.01610.5285-0.00540.4492-27.691540.34453.5172
140.2913-0.28170.01490.23860.00280.0212-0.6237-0.5861-0.2583-0.16430.37290.08430.05740.21570.00091.1987-0.0422-0.20691.1157-0.11160.9061-29.076644.557820.7024
150.40510.0593-0.19940.47130.30180.79810.364-0.2524-0.68080.175-0.06850.12380.8925-0.32040.010.448-0.18060.03480.98980.07880.9099-40.719827.614455.7534
162.16020.5645-1.32081.39280.34951.9013-0.1326-0.07-0.01390.1693-0.0611-0.01440.04290.022-0.00050.2995-0.03450.04060.2434-0.02290.2786-13.3064-6.13918.8642
171.4506-0.75360.30381.9468-1.83352.33570.0052-0.1158-0.09630.18790.19480.33140.3116-0.53420.00380.4286-0.12580.0920.4747-0.0450.4897-22.5283-8.006222.7959
182.1032-0.4690.29591.3256-0.03731.4474-0.03330.43510.0296-0.258-0.01650.40580.0051-0.42060.00010.2716-0.0743-0.05680.56880.02110.4355-27.47194.656-1.0746
190.22750.0617-0.0870.16780.02750.047-0.1320.81370.2359-0.08470.2761-0.1693-0.085-0.2808-0.00051.32310.16070.38221.22640.03910.8776-29.850.813635.7951
200.2624-0.16460.07940.62940.44570.66650.16580.3130.6264-0.65010.11840.1345-1.0263-0.08280.01850.33270.2332-0.16790.89530.01850.8316-40.722817.37181.5853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 118:216)A118 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 217:470)A217 - 470
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 471:504)A471 - 504
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 505:530)A505 - 530
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 546:583)A546 - 583
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 118:216)B118 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 217:470)B217 - 470
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 471:504)B471 - 504
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 505:531)B505 - 531
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 546:583)B546 - 583
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 117:216)C117 - 216
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 217:340)C217 - 340
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 341:504)C341 - 504
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 505:523)C505 - 523
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 547:583)C547 - 583
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 117:216)D117 - 216
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 217:364)D217 - 364
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 365:504)D365 - 504
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 505:523)D505 - 523
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 547:583)D547 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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