PDB-3tzk: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tzk

タイトル

Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG)(G92A) from Vibrio cholerae

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Vibrio cholerae / 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / FabG / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Grabowski, M. / Domagalski, M. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Dissecting the Structural Elements for the Activation of beta-Ketoacyl-(Acyl Carrier Protein) Reductase from Vibrio cholerae.
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Shumilin, I.A. / Osinski, T. / Demas, M. / Grimshaw, S. / Minor, W.

履歴

登録	2011年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tzk.cif.gz	197.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tzk.ent.gz	157.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3op4C 3rroC 3rshC 3tzcC 3u09C 4i08C 4wjzC 4wk6C 5endC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tzh-1 3tzh-3 3rro-1 3u09-1 3tzh-2 3rsh-1 6t7m-d 5vrn-7 5h5x-2 5zi0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90557

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.290, 63.290, 190.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-313- HOH
2	1	A-314- HOH
3	1	B-326- HOH
4	1	B-340- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase 分子量: 26372.139 Da / 分子数: 2 / 変異: G92A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: MJ-1236 / 遺伝子: VC2021, VCD_002346 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: C3NP04, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 0.1M Tris, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, vapor diffusion

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 9.2 % / Av σ(I) over netI: 43.96 / 数: 366074 / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 0.9 / D res high: 1.8 Å / D res low: 27 Å / Num. obs: 39838 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.88	27	99.4	1	0.033	1.67	9.2
3.87	4.88	99.8	1	0.025	1.058	9.6
3.39	3.87	99.9	1	0.028	1.045	9.6
3.08	3.39	100	1	0.034	1.001	9.6
2.86	3.08	99.9	1	0.041	0.947	9.6
2.69	2.86	100	1	0.053	0.951	9.6
2.55	2.69	100	1	0.066	0.922	9.6
2.44	2.55	100	1	0.076	0.911	9.6
2.35	2.44	100	1	0.094	0.884	9.6
2.27	2.35	100	1	0.106	0.888	9.6
2.2	2.27	100	1	0.122	0.881	9.6
2.13	2.2	100	1	0.138	0.849	9.6
2.08	2.13	100	1	0.168	0.845	9.6
2.03	2.08	100	1	0.199	0.815	9.6
1.98	2.03	100	1	0.246	0.776	9.5
1.94	1.98	100	1	0.313	0.722	9.4
1.9	1.94	100	1	0.35	0.69	8.6
1.86	1.9	100	1	0.429	0.636	8
1.83	1.86	100	1	0.486	0.62	7.5
1.8	1.83	100	1	0.519	0.579	6.7

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 39838 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 0.896 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	6.7	0.519	1945	0.579	1	100
1.83-1.86	7.5	0.486	2033	0.62	1	100
1.86-1.9	8	0.429	1936	0.636	1	100
1.9-1.94	8.6	0.35	1986	0.69	1	100
1.94-1.98	9.4	0.313	2026	0.722	1	100
1.98-2.03	9.5	0.246	1995	0.776	1	100
2.03-2.08	9.6	0.199	1962	0.815	1	100
2.08-2.13	9.6	0.168	2006	0.845	1	100
2.13-2.2	9.6	0.138	1999	0.849	1	100
2.2-2.27	9.6	0.122	1986	0.881	1	100
2.27-2.35	9.6	0.106	1986	0.888	1	100
2.35-2.44	9.6	0.094	1996	0.884	1	100
2.44-2.55	9.6	0.076	1978	0.911	1	100
2.55-2.69	9.6	0.066	1988	0.922	1	100
2.69-2.86	9.6	0.053	1994	0.951	1	100
2.86-3.08	9.6	0.041	1978	0.947	1	99.9
3.08-3.39	9.6	0.034	2009	1.001	1	100
3.39-3.87	9.6	0.028	1996	1.045	1	99.9
3.87-4.88	9.6	0.025	2028	1.058	1	99.8
4.88-27	9.2	0.033	2011	1.67	1	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.345 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2107	1997	5 %	RANDOM
R_work	0.1648	-	-	-
obs	0.1671	39785	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.15 Å² / B_iso mean: 30.8079 Å² / B_iso min: 16.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3603	0	47	319	3969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.975	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.898	3	5960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.474	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.167	24.71	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.431	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.302	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	695

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	130	-
R_work	0.219	2746	-
all	-	2876	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.39 Å / Origin y: 7.635 Å / Origin z: 0.046 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1774 Å²	0.0136 Å²	-0.0012 Å²	-	0.2164 Å²	0.0328 Å²	-	-	0.0127 Å²
L	0.901 °²	0.2644 °²	-0.0043 °²	-	0.3275 °²	-0.0728 °²	-	-	0.7249 °²
S	0.0981 Å °	0.1674 Å °	0.0501 Å °	0.0739 Å °	-0.0685 Å °	-0.0274 Å °	-0.044 Å °	0.092 Å °	-0.0296 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 248

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