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- PDB-3tzd: Crystal structure of the complex of Human Chromobox Homolog 3 (CBX3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tzd
タイトルCrystal structure of the complex of Human Chromobox Homolog 3 (CBX3)
要素
  • Chromobox protein homolog 3
  • Histone H1.4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA binding Protein / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / CHROMATIN REGULATOR / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-DNA binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin lock complex / histone methyltransferase binding / negative regulation of DNA recombination / condensed chromosome, centromeric region / Apoptosis induced DNA fragmentation / chromosome condensation / nuclear inner membrane / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage ...chromatin lock complex / histone methyltransferase binding / negative regulation of DNA recombination / condensed chromosome, centromeric region / Apoptosis induced DNA fragmentation / chromosome condensation / nuclear inner membrane / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / pericentric heterochromatin / heterochromatin formation / nucleosomal DNA binding / methylated histone binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription coregulator binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / euchromatin / chromatin DNA binding / histone deacetylase binding / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / structural constituent of chromatin / nucleosome / rhythmic process / nucleosome assembly / chromatin organization / nuclear envelope / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 ...Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / Chromo domain subgroup / Linker histone H1/H5 / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H1.4 / Chromobox protein homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. ...Amaya, M.F. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural basis of the chromodomain of Cbx3 bound to methylated peptides from histone h1 and G9a.
著者: Ruan, J. / Ouyang, H. / Amaya, M.F. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Min, J. / Zang, J.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 3
T: Histone H1.4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9862
ポリマ－8,9862
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.209, 92.209, 92.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 3 / HECH / Heterochromatin protein 1 homolog gamma / HP1 gamma / Modifier 2 protein


分子量: 6905.726 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-81 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX3 / 参照: UniProt: Q13185
#2: タンパク質・ペプチド Histone H1.4 / Histone H1b


分子量: 2080.543 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-36 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H1E, H1F4 / 参照: UniProt: P10412
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: peg, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月23日 / 詳細: si
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→40 Å / Num. all: 12066 / Num. obs: 12066 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 1.968 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23115 575 4.8 %RANDOM
Rwork0.1987 ---
all0.20029 11460 --
obs0.20029 11460 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.509 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数579 0 0 79 658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.964833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.798572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7482532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.11415110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.478153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2930.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3151.5380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7792583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9393286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2444.5250
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.856 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 45 -
Rwork0.276 820 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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