[日本語] English
万見
- PDB-3tyy: Crystal Structure of Human Lamin-B1 Coil 2 Segment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tyy
タイトルCrystal Structure of Human Lamin-B1 Coil 2 Segment
要素Lamin-B1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Lamin-B1 / LMNB1 / B-type lamins / intermediate filament (IF) / membrane / nucleus / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear lamina / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation ...structural constituent of nuclear lamina / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / nuclear migration / nuclear inner membrane / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / phospholipase binding / Meiotic synapsis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / heterochromatin formation / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / sequence-specific double-stranded DNA binding / nuclear envelope / nuclear membrane / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein ...Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Lam, R. / Xu, C. / Bian, C.B. / Mackenzie, F. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Lam, R. / Xu, C. / Bian, C.B. / Mackenzie, F. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the coil 2B fragment and the globular tail domain of human lamin B1.
著者: Ruan, J. / Xu, C. / Bian, C. / Lam, R. / Wang, J.P. / Kania, J. / Min, J. / Zang, J.
履歴
登録2011年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年10月5日ID: 3MOV
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lamin-B1
B: Lamin-B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1422
ポリマ－23,1422
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.982, 45.982, 203.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Lamin-B1


分子量: 11570.989 Da / 分子数: 2 / 断片: Coil 2 (UNP RESIDUES: 311-388) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMN2, LMNB, LMNB1 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P20700
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M LISO4, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 0.1M CrCl3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月13日 / 詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.399→50 Å / Num. obs: 10417 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.399-2.4911.40.5079890.904198.4
2.49-2.5912.20.37910020.952198.6
2.59-2.712.10.30510390.991199.1
2.7-2.85120.24110161.028198.8
2.85-3.0212.20.14710001.025198.8
3.02-3.26120.10510251198.8
3.26-3.5811.80.07210400.994199.4
3.58-4.111.70.04510550.998199.3
4.1-5.1711.50.03510831.038199.1
5.17-5010.40.0311681.034198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 59.78 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.08 Å
Translation2.5 Å37.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Locallymodified Blu-Ice GUI interface to EPICS controlデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X8Y

1x8y


解像度: 2.399→37.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.253 / WRfactor Rwork: 0.235 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.406 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 484 4.7 %RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.2365 10400 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.73 Å2 / Biso mean: 59.9235 Å2 / Biso min: 35.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→37.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1212 0 0 18 1230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4732.0091639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1745148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3325.40574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.88215280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0681515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02911
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.399-2.4610.385330.31858162797.927
2.461-2.5280.339310.30659663798.43
2.528-2.6010.342450.30155961198.854
2.601-2.6810.365240.27256058999.151
2.681-2.7680.273210.26754657299.126
2.768-2.8650.225240.29852755898.746
2.865-2.9720.379170.29749952199.04
2.972-3.0930.339320.28746950898.622
3.093-3.2290.288130.25946448199.168
3.229-3.3860.282320.243423455100
3.386-3.5670.265130.23743344999.332
3.567-3.7810.3170.21638940799.754
3.781-4.0390.232160.19534936699.727
4.039-4.3590.204170.18633935799.72
4.359-4.7680.193190.17429231299.679
4.768-5.320.226150.19526928699.301
5.32-6.1220.30390.28523824899.597
6.122-7.4470.42350.239195200100
7.447-10.3260.21150.191135140100
10.326-37.0760.11230.199667295.833
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01680.0477-0.03740.5002-2.079911.10440.0119-0.0015-0.00820.0415-0.0049-0.0116-0.16460.029-0.0070.0430.0152-0.02680.11750.03460.100511.11-17.6361.004
20.1143-0.28761.23140.82-3.067713.5289-0.03280.02920.01750.098-0.1339-0.0536-0.43480.34770.16670.0645-0.0447-0.04690.06560.01420.114215.862-12.4531.966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A311 - 385
2X-RAY DIFFRACTION2B313 - 383

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る