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万見
- PDB-3tyr: Crystal structure of transcriptional regulator VanUg, Form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tyr
タイトルCrystal structure of transcriptional regulator VanUg, Form I
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION REGULATOR / VANCOMYCIN RESISTANCE / VANG PHENOTYPE / DNA / cytoplasmic
機能・相同性Cro/C1-type HTH DNA-binding domain / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Predicted transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Dong, A. / Depardieu, F. / Courvalin, P. / Shabalin, I. / Chruszcz, M. / Minor, W. / Savchenko, A. ...Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Dong, A. / Depardieu, F. / Courvalin, P. / Shabalin, I. / Chruszcz, M. / Minor, W. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of transcriptional regulator VanUg, Form I
著者: Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Dong, A. / Depardieu, F. / Courvalin, P. / Shabalin, I. / Chruszcz, M. / Minor, W. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural ...著者: Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Dong, A. / Depardieu, F. / Courvalin, P. / Shabalin, I. / Chruszcz, M. / Minor, W. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2011年10月19日ID: 3T75
改定 1.12011年10月19日Group: Other / Structure summary
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3462
ポリマ－20,3462
非ポリマー00
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.246, 53.022, 55.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator / VanU


分子量: 10173.168 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-67 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: BM4518 / 遺伝子: vanU, vanUG / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WRY9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.025 M MGCL2, 0.1 M KCL, 50 MM NA CACODYLATE PH 6, 15% ISOPROPANOL, 1 MM RHAMNOSE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT22.29
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年10月27日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2010年9月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1C(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
22.291
反射解像度: 1.699→50 Å / Num. all: 17618 / Num. obs: 17248 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.699→1.73 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_842)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.699→38.365 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1981 1643 5.11 %random
Rwork0.1574 ---
obs0.1595 17221 97.89 %-
all-17618 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.476 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9506 Å20 Å20 Å2
2--5.9386 Å2-0 Å2
3---0.6233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→38.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 0 0 221 1405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.471689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.183492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.699-1.76020.27881520.23743003X-RAY DIFFRACTION95
1.7602-1.83060.24591690.21172983X-RAY DIFFRACTION97
1.8306-1.91390.22041620.17163022X-RAY DIFFRACTION97
1.9139-2.01480.22551680.15393022X-RAY DIFFRACTION97
2.0148-2.14110.22191630.14343059X-RAY DIFFRACTION99
2.1411-2.30640.22271530.15133103X-RAY DIFFRACTION99
2.3064-2.53840.21581580.14943089X-RAY DIFFRACTION99
2.5384-2.90560.21781710.16873086X-RAY DIFFRACTION99
2.9056-3.66030.18261660.14693096X-RAY DIFFRACTION99
3.6603-38.37440.15311810.14693059X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4454-0.308-0.01131.84180.35192.0139-0.0212-0.12390.12720.1646-0.06430.0434-0.05520.09120.0330.0298-0.001-0.00010.05930.00750.051818.690216.134936.2714
22.2089-0.24720.09621.88490.41642.30540.0152-0.01030.16490.0885-0.0498-0.1343-0.01990.06340.03640.0445-0.0086-0.00120.02830.00830.087515.710916.131437.4616
32.67430.0185-0.12042.1424-0.43451.44550.02720.0197-0.22220.0441-0.14090.15950.1699-0.1252-0.00330.011-0.00830.02950.00950.02460.05773.95114.724532.6578
41.8956-0.07620.25662.62590.20212.02560.03030.0182-0.1175-0.0923-0.0604-0.03870.0492-0.0510.0260.0429-0.0097-0.00230.03530.01080.075810.68246.524530.9428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 14:50
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 51:88
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resi 15:62
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 63:88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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