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- PDB-3tyc: Dihydropteroate Synthase in complex with DHP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tyc
タイトルDihydropteroate Synthase in complex with DHP+
要素Dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE / anthracis / folate biosynthesis / dihydropteroate / pterine / tim barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XHP / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Yun, M.-K. / White, S.W.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Catalysis and sulfa drug resistance in dihydropteroate synthase.
著者: Yun, M.K. / Wu, Y. / Li, Z. / Zhao, Y. / Waddell, M.B. / Ferreira, A.M. / Lee, R.E. / Bashford, D. / White, S.W.
履歴
登録2011年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,27516
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,50714
水1,15364
1
A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,27516
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,50714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_475-x-1,-y+2,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
2
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,27516
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,50714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465-x-1,-y+1,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.757, 97.757, 263.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: タンパク質 Dihydropteroate synthase


分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 断片: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: A2012 / 遺伝子: folP, BAS0071, BA_0071, GBAA_0071 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81VW8, dihydropteroate synthase
#2: 化合物 ChemComp-XHP / 2-amino-6-methylidene-6,7-dihydropteridin-4(3H)-one


分子量: 177.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: LITHIUM SULFATE, Bis-Tris propane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 33598 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.3 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 50
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2324 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TWS

1tws


解像度: 2.303→45.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 23.758 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1700 5.1 %RANDOM
Rwork0.2343 ---
obs0.2365 33549 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 205.92 Å2 / Biso mean: 83.1742 Å2 / Biso min: 11.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.56 Å22.28 Å20 Å2
2--4.56 Å20 Å2
3----6.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4108 0 86 64 4258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9925787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0725536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08525.158190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.96715786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3611525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4551.52641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.17924252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.91631639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3634.51530
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 109 -
Rwork0.407 2295 -
all-2404 -
obs-2404 98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2254-0.13110.80010.260.19582.3218-0.14260.0272-0.01750.0908-0.04270.18210.24990.65190.18530.65810.28480.0070.48830.08540.2655-78.631280.118491.4204
20.1180.198-0.1360.9218-0.35762.8567-0.0989-0.0392-0.1103-0.1373-0.21280.0615-0.92770.25420.31180.80990.1218-0.08870.49350.04930.2534-67.71460.9853138.6185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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