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- PDB-3ty9: Crystal Structure of C. Thermocellum PNKP Ligase Domain AMP-Adenylate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ty9
タイトルCrystal Structure of C. Thermocellum PNKP Ligase Domain AMP-Adenylate
要素Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
キーワードTRANSFERASE / DNA ligase/mRNA capping enzyme / RNA Ligase / Adenylyltransferase / HEN1
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Polynucleotide kinase-phosphatase, bacterial / PrpE-like, metallophosphatase domain / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / : / AAA domain / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type ...: / Polynucleotide kinase-phosphatase, bacterial / PrpE-like, metallophosphatase domain / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / : / AAA domain / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Metallophosphoesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Smith, P. / Wang, L. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: The adenylyltransferase domain of bacterial Pnkp defines a unique RNA ligase family.
著者: Smith, P. / Wang, L.K. / Nair, P.A. / Shuman, S.
履歴
登録2011年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
B: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
C: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
D: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,87229
ポリマ－180,4034
非ポリマー3,46925
水93752
1
A: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
ヘテロ分子

C: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,98215
ポリマ－90,2012
非ポリマー1,78113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
Buried area7000 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area31890 Å2
手法PISA
2
A: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
B: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,10016
ポリマ－90,2012
非ポリマー1,89914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area32380 Å2
手法PISA
3
B: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
ヘテロ分子

D: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,89014
ポリマ－90,2012
非ポリマー1,68812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area6720 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area31820 Å2
手法PISA
4
C: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
D: Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,77213
ポリマ－90,2012
非ポリマー1,57011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area33480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.500, 132.760, 162.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細PROTEIN IS KNOWN TO FORM A DIMER WHICH INTERACTS WITH A DIMER OF HEN1 TO GIVE A HETEREOTETRAMER (2-PNKP/2-HEN1). THE OLIGOMERIC ORGANIZATIONS PRESENT IN THE CRYSTAL ARE ENUMERATED BELOW BUT MAY NOT CORRESPOND TO ANY OLIGOMER PRESENT IN THE HEN1/PNKP HETERODIMER

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Polynucleotide 2',3'-cyclic phosphate phosphodiesterase / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / polynucleotide 3'-phosphatase


分子量: 45100.680 Da / 分子数: 4 / 断片: Nucleotide Ligase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_2768 / プラスミド: pET28b-smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3DJ38, RNA ligase (ATP)

-
非ポリマー , 6種, 77分子

#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: HEPES buffer 20% (v/v) Hexylene Glycol, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月15日 / 詳細: See Beamline Documentation
放射モノクロメーター: See Beamline Documentation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→50 Å / Num. all: 37602 / Num. obs: 37527 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3TY5

3ty5


解像度: 3.12→41.185 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2663 1669 4.46 %random
Rwork0.2189 ---
obs0.221 37457 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.301 Å2 / ksol: 0.263 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-51.8235 Å2-0 Å2-0 Å2
2---22.0948 Å2-0 Å2
3----21.6232 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→41.185 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12022 0 226 52 12300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85116886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1744651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.21180.41491360.37592941X-RAY DIFFRACTION100
3.2118-3.31540.3731380.34432948X-RAY DIFFRACTION100
3.3154-3.43390.36651380.3052940X-RAY DIFFRACTION100
3.4339-3.57130.33151380.27112945X-RAY DIFFRACTION100
3.5713-3.73370.30131360.24322933X-RAY DIFFRACTION100
3.7337-3.93040.27371390.23062962X-RAY DIFFRACTION100
3.9304-4.17640.27851390.20732985X-RAY DIFFRACTION100
4.1764-4.49850.25771370.17052965X-RAY DIFFRACTION100
4.4985-4.95060.18661390.15312989X-RAY DIFFRACTION100
4.9506-5.66530.22091400.17692995X-RAY DIFFRACTION100
5.6653-7.13170.28371420.2263034X-RAY DIFFRACTION100
7.1317-41.18820.22111470.19863151X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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