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- PDB-3tx7: Crystal structure of LRH-1/beta-catenin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tx7
タイトルCrystal structure of LRH-1/beta-catenin complex
要素
  • Catenin beta-1
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードPROTEIN BINDING / LRH-1 / beta-catenin / Armadillo repeat / Nuclear Receptor Ligand Binding Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis ...positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / primary ovarian follicle growth / pancreas morphogenesis / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / inner cell mass cell differentiation / lens morphogenesis in camera-type eye / Scrib-APC-beta-catenin complex / regulation of fibroblast proliferation / beta-catenin-TCF complex / tissue development / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / endodermal cell fate commitment / synaptic vesicle clustering / neuron fate determination / proximal/distal pattern formation / Formation of the nephric duct / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / sympathetic ganglion development / dorsal/ventral axis specification / layer formation in cerebral cortex / fungiform papilla formation / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of endothelial cell differentiation / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / Sertoli cell development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of T cell anergy / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of stem cell differentiation / hair cell differentiation / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / detection of muscle stretch / cellular response to indole-3-methanol / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / positive regulation of myoblast proliferation / alpha-catenin binding / histone methyltransferase binding / regulation of calcium ion import / regulation of epithelial to mesenchymal transition / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / cranial skeletal system development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / male genitalia development / regulation of smooth muscle cell proliferation / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / Formation of definitive endoderm / catenin complex / embryonic brain development
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor ...Nuclear hormone receptor family 5 / Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P6L / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Yumoto, F. / Fletterick, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis of coactivation of liver receptor homolog-1 by beta-catenin.
著者: Yumoto, F. / Nguyen, P. / Sablin, E.P. / Baxter, J.D. / Webb, P. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2011年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
B: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2723
ポリマ－97,5252
非ポリマー7471
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.824, 151.602, 76.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 57517.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / プラスミド: pCDF-2 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 40007.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / プラスミド: pET32 Xa-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: O00482
#3: 化合物 ChemComp-P6L / (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE


分子量: 746.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H75O10P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 mM Tris-HCl, 40% PEG200, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→49.457 Å / Num. all: 28975 / Num. obs: 28946 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10.19
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER(ccp4)位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2Z6H, 1YOK

2z6h

1yok


解像度: 2.76→47.018 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 1467 5.08 %
Rwork0.1988 --
obs0.2012 28882 99.76 %
all-27523 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.993 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6533 Å20 Å24.2748 Å2
2--10.8845 Å20 Å2
3----5.2312 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→47.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5593 0 51 0 5644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1557748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4212146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004981
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.85350.33081470.24992658X-RAY DIFFRACTION98
2.8535-2.96780.30881580.24092741X-RAY DIFFRACTION100
2.9678-3.10280.3461360.23952756X-RAY DIFFRACTION100
3.1028-3.26640.28851170.24312743X-RAY DIFFRACTION100
3.2664-3.4710.27911540.22542746X-RAY DIFFRACTION100
3.471-3.73890.28591290.2082749X-RAY DIFFRACTION100
3.7389-4.1150.24491610.17392734X-RAY DIFFRACTION100
4.115-4.710.19681500.16062757X-RAY DIFFRACTION100
4.71-5.93250.22151540.20082749X-RAY DIFFRACTION100
5.9325-49.46510.20321610.17482782X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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