PDB-3twk: Crystal structure of arabidopsis thaliana FPG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3twk

タイトル

Crystal structure of arabidopsis thaliana FPG

要素

Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1

キーワード

HYDROLASE / HELIX TWO TURNS HELIX / ZINC-LESS FINGER / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / DNA-BINDING / GLYCOSIDASE / LYASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-formamidopyrimidine glycosylase / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / response to oxidative stress / damaged DNA binding / DNA repair / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Duclos, S. / Aller, P. / Wallace, S.S. / Doublie, S.

引用

ジャーナル: Dna Repair / 年: 2012
タイトル: Structural and biochemical studies of a plant formamidopyrimidine-DNA glycosylase reveal why eukaryotic Fpg glycosylases do not excise 8-oxoguanine.
著者: Duclos, S. / Aller, P. / Jaruga, P. / Dizdaroglu, M. / Wallace, S.S. / Doublie, S.

履歴

登録	2011年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月29日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3twk.cif.gz	126.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3twk.ent.gz	104 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3twk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3twk_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3twk_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	3twk_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	3twk_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/3twk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/3twk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3twlC 3twmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k6u-d 5uth-d 6z1t-2 4ig9-2 5wax-2 6h4g-1 5x9y-2 3v0g-4 5sv3-2 5dqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1

B: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1

ヘテロ分子

66.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1

登録者が定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.054, 93.054, 157.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1 分子量: 33372.824 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-281 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: fpg1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS 参照: UniProt: Q9SBB4, UniProt: O80358*PLUS, DNA-formamidopyrimidine glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 24% (w/v) PEG 3350, 175 mM MgCl2, and 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	0.9793
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	0.9792
シンクロトロン	NSLS	X29A	3	0.95

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2007年10月26日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2007年10月26日
ADSC QUANTUM 315	3	CCD	2007年10月26日

放射

モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9792	1
3	0.95	1

Reflection

冗長度: 13.6 % / 数: 412989 / R_merge(I) obs: 0.112 / Χ²: 1.01 / D res high: 2.33 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30428 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.02	50	99.7	1	0.047	0.567	12.4
3.98	5.02	100	1	0.055	0.636	13.6
3.48	3.98	100	1	0.076	0.834	11
3.16	3.48	100	1	0.106	0.93	13.9
2.94	3.16	100	1	0.157	1.026	14.3
2.76	2.94	100	1	0.235	1.113	14.4
2.62	2.76	100	1	0.335	1.261	14.3
2.51	2.62	100	1	0.432	1.221	14.4
2.41	2.51	100	1	0.53	1.238	14.4
2.33	2.41	94.9	1	0.63	1.229	13.1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 31529 / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8062 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2732	3166	10 %	RANDOM
R_work	0.2223	-	-	-
obs	-	31529	100 %	-

溶媒の処理

B_sol: 33.0966 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.75 Å² / B_iso mean: 41.485 Å² / B_iso min: 8.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.027 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.027 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.055 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4560	0	12	271	4843

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.303
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.402	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.205	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.304	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.303	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3-2.32	0.3609	67	0.2432	562	629
2.32-2.33	0.3123	44	0.2461	574	618
2.33-2.35	0.354	54	0.2571	556	610
2.35-2.36	0.2964	73	0.2481	533	606
2.36-2.38	0.3016	55	0.2586	573	628
2.38-2.4	0.3327	70	0.2603	539	609
2.4-2.42	0.2892	76	0.2441	550	626
2.42-2.44	0.2854	64	0.2555	573	637
2.44-2.46	0.264	67	0.2168	545	612
2.46-2.48	0.2946	72	0.2557	543	615
2.48-2.5	0.429	47	0.2703	556	603
2.5-2.52	0.3203	69	0.2764	558	627
2.52-2.54	0.3329	48	0.2552	579	627
2.54-2.57	0.3643	60	0.2541	545	605
2.57-2.59	0.293	71	0.2449	573	644
2.59-2.62	0.3282	62	0.2689	539	601
2.62-2.64	0.3402	64	0.2814	563	627
2.64-2.67	0.3131	61	0.2528	561	622
2.67-2.7	0.3063	67	0.2623	548	615
2.7-2.73	0.3792	69	0.2836	550	619
2.73-2.76	0.3128	67	0.2602	551	618
2.76-2.79	0.3192	69	0.234	551	620
2.79-2.82	0.2564	71	0.2439	572	643
2.82-2.86	0.2978	58	0.2425	564	622
2.86-2.9	0.3382	57	0.2521	556	613
2.9-2.94	0.2949	70	0.2449	550	620
2.94-2.98	0.2928	61	0.2531	570	631
2.98-3.02	0.3459	62	0.2459	562	624
3.02-3.07	0.2733	58	0.2377	572	630
3.07-3.12	0.2706	52	0.241	573	625
3.12-3.18	0.2984	72	0.2378	542	614
3.18-3.23	0.2898	61	0.2442	568	629
3.23-3.3	0.3268	59	0.2446	586	645
3.3-3.36	0.2322	55	0.2148	561	616
3.36-3.44	0.3203	81	0.229	560	641
3.44-3.52	0.2427	64	0.2313	560	624
3.52-3.6	0.3076	59	0.2207	584	643
3.6-3.7	0.3116	70	0.2472	555	625
3.7-3.81	0.2203	55	0.2071	577	632
3.81-3.93	0.2365	62	0.2133	577	639
3.93-4.07	0.2258	77	0.1825	572	649
4.07-4.24	0.2169	71	0.1774	562	633
4.24-4.43	0.2289	62	0.1774	587	649
4.43-4.66	0.2708	49	0.182	586	635
4.66-4.95	0.181	61	0.1697	589	650
4.95-5.34	0.1817	70	0.1613	572	642
5.34-5.87	0.3038	52	0.2157	608	660
5.87-6.72	0.2196	58	0.2044	610	668
6.72-8.46	0.2397	74	0.1846	608	682
8.46-50	0.2622	69	0.2256	658	727

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	hetero_cpds.par	hetero_cpds.top

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