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- PDB-3twm: Crystal structure of Arabidopsis thaliana FPG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3twm
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana FPG
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
  • Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1
キーワードHYDROLASE/DNA / HELIX TWO TURNS HELIX / ZINC-LESS FINGER / HYDROLASE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / DNA-BINDING / GLYCOSIDASE / LYASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / DNA containing stable analog of abasic site / Tetrahydro Furan / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / response to oxidative stress / damaged DNA binding / DNA repair / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase-like, C-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain ...: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase-like, C-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Duclos, S. / Aller, P. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Dna Repair / 年: 2012
タイトル: Structural and biochemical studies of a plant formamidopyrimidine-DNA glycosylase reveal why eukaryotic Fpg glycosylases do not excise 8-oxoguanine.
著者: Duclos, S. / Aller, P. / Jaruga, P. / Dizdaroglu, M. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2011年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1
B: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1
C: 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7526
ポリマ－88,7526
非ポリマー00
水2,576143
1
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1
C: 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3763
ポリマ－44,3763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
2
B: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1
E: 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'
F: 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3763
ポリマ－44,3763
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.400, 98.570, 181.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Formamidopyrimidine-DNA glycosylase 1


分子量: 34686.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: fpg1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q9SBB4, UniProt: O80358*PLUS, DNA-formamidopyrimidine glycosylase
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4710.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purchased from Operon Technology
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4979.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purchased from Operon Technology
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% (v/v) PEG 2000 MME, 100 mM KBr, and 100 mM sodium acetate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月31日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.958 Å / Num. all: 21150 / Num. obs: 21150 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.8-2.955.90.5381.41770529770.53897.6
2.95-3.1360.3072.51724928580.30799
3.13-3.356.20.17941689227220.17999.9
3.35-3.616.50.1315.11645625500.131100
3.61-3.966.60.16.11564423570.1100
3.96-4.436.70.08271435121370.082100
4.43-5.116.60.0767.21269419180.076100
5.11-6.266.30.086.91025516310.0899.8
6.26-8.856.10.0687.3793112960.06899.5
8.85-19.9586.20.0598.643947040.05991.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.12データスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TWL

3twl


解像度: 2.8→19.958 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2869 2078 9.8 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs-21101 99.3 %-
溶媒の処理Bsol: 56.1448 Å2
原子変位パラメータBiso max: 144.36 Å2 / Biso mean: 69.2341 Å2 / Biso min: 34.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.087 Å20 Å20 Å2
2--5.55 Å20 Å2
3----15.637 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4113 1246 0 143 5502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.295
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9242
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1292.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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