PDB-3twf: Crystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3twf

タイトル

Crystal structure of the de novo designed fluorinated peptide alpha4F3a

要素

alpha4F3a

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / alpha helix / de novo designed / fluorinated protein

機能・相同性

ACETYL GROUP / TRIETHYLENE GLYCOL

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the enhanced stability of highly fluorinated proteins.
著者: Buer, B.C. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. / Marsh, E.N.

履歴

登録	2011年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.2	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3twf.cif.gz	35.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3twf.ent.gz	25.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3twf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/3twf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/3twf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tweC 3twgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vzr-2 1uxz-1 3fz9-d 2vzq-2 1uy0-1 1uyx-2 1eoe-d 5zvl-3 1yn3-1 4ipv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: alpha4F3a

B: alpha4F3a

ヘテロ分子

7.55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: alpha4F3a

B: alpha4F3a

ヘテロ分子

A: alpha4F3a

B: alpha4F3a

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.349, 48.349, 39.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質・ペプチド	alpha4F3a 分子量: 3590.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
#2: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP 分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 23.95 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 55% PEG400, 0.1M Tris pH 7.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→50 Å / Num. all: 6913 / Num. obs: 6830 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 17.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.54-1.57	6.5	0.276	358	0.644	1	100
1.57-1.6	7.5	0.216	338	0.711	1	100
1.6-1.63	7.4	0.174	332	0.693	1	100
1.63-1.66	7.5	0.163	347	0.738	1	100
1.66-1.69	7.4	0.143	347	0.82	1	100
1.69-1.73	7.5	0.136	337	0.848	1	100
1.73-1.78	7.5	0.117	340	0.824	1	100
1.78-1.83	7.4	0.106	340	0.906	1	100
1.83-1.88	7.4	0.092	350	0.955	1	100
1.88-1.94	7.3	0.083	341	1.168	1	100
1.94-2.01	7.4	0.072	343	1.15	1	100
2.01-2.09	7.2	0.061	355	1.16	1	100
2.09-2.19	7.1	0.057	337	1.116	1	100
2.19-2.3	7.1	0.051	346	1.136	1	100
2.3-2.44	7	0.051	346	1.058	1	100
2.44-2.63	6.8	0.051	355	1.128	1	100
2.63-2.9	6.4	0.051	326	1.162	1	100
2.9-3.32	6.3	0.049	360	1.084	1	99.4
3.32-4.18	6	0.041	338	1.051	1	97.7
4.18-50	5.5	0.044	294	1.115	1	80.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER-TNT	BUSTER 2.8.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MD2		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BUSTER	1.6.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→34.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9508 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9352 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2092	326	4.81 %	RANDOM
R_work	0.1859	-	-	-
obs	0.187	6778	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.89 Å² / B_iso mean: 26.2458 Å² / B_iso min: 12.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1219 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1219 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2437 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.166 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→34.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	452	0	24	19	495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	163	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	14	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	61	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	479	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	16	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	44	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	501	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	479	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	651	HARMONIC	2	1.05
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.03
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				13.92

LS精密化シェル

解像度: 1.54→1.72 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2044	98	5.02 %
R_work	0.1614	1856	-
all	0.1634	1954	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3315	-0.836	-0.4889	0.9185	-0.8716	0.9746	-0.0094	-0.1425	0.1017	-0.0692	0.0539	0.0688	0.0054	-0.0238	-0.0445	-0.0225	-0.0124	0.0081	-0.0186	-0.0431	0.0174	43.6299	18.8993	-12.6212
2	1.5179	-0.271	0.3901	1.9153	-0.139	1.1642	0.0574	-0.0473	0.0759	-0.0321	-0.0812	-0.0743	0.0113	-0.0133	0.0237	-0.0206	-0.0079	-0.0035	-0.0273	-0.0109	0.0031	52.7478	17.8383	-13.8461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|25 }	A	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1 - B\|26 }	B	1 - 26

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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