ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | BUSTER-TNT | BUSTER 2.8.0精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | MD2 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | BUSTER | 1.6.0精密化 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→34.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9508 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9352 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2092 | 326 | 4.81 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1859 | - | - | - |
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obs | 0.187 | 6778 | - | - |
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原子変位パラメータ | Biso max: 82.89 Å2 / Biso mean: 26.2458 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.1219 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.1219 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.2437 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.166 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→34.19 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 452 | 0 | 24 | 19 | 495 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | 数 | Restraint function | Weight | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d163 | SINUSOIDAL2 | | X-RAY DIFFRACTION | t_trig_c_planes14 | HARMONIC2 | | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes61 | HARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_it479 | HARMONIC20 | | X-RAY DIFFRACTION | t_nbd16 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_improper_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_pseud_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion44 | SEMIHARMONIC5 | | X-RAY DIFFRACTION | t_sum_occupancies | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_distance | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact501 | SEMIHARMONIC4 | | X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d479 | HARMONIC2 | 0.009 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg651 | HARMONIC2 | 1.05 | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion | | | 2.03 | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion | | | 13.92 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.72 Å / Total num. of bins used: 5
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2044 | 98 | 5.02 % |
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Rwork | 0.1614 | 1856 | - |
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all | 0.1634 | 1954 | - |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.3315 | -0.836 | -0.4889 | 0.9185 | -0.8716 | 0.9746 | -0.0094 | -0.1425 | 0.1017 | -0.0692 | 0.0539 | 0.0688 | 0.0054 | -0.0238 | -0.0445 | -0.0225 | -0.0124 | 0.0081 | -0.0186 | -0.0431 | 0.0174 | 43.6299 | 18.8993 | -12.6212 | 2 | 1.5179 | -0.271 | 0.3901 | 1.9153 | -0.139 | 1.1642 | 0.0574 | -0.0473 | 0.0759 | -0.0321 | -0.0812 | -0.0743 | 0.0113 | -0.0133 | 0.0237 | -0.0206 | -0.0079 | -0.0035 | -0.0273 | -0.0109 | 0.0031 | 52.7478 | 17.8383 | -13.8461 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { A|1 - A|25 } | A1 - 25 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { B|1 - B|26 } | B1 - 26 | | |
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