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万見
- PDB-3tw8: GEF domain of DENND 1B in complex with Rab GTPase Rab35 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tw8
タイトルGEF domain of DENND 1B in complex with Rab GTPase Rab35
要素
  • DENN domain-containing protein 1B
  • Ras-related protein Rab-35
キーワードPROTEIN TRANSPORT / longin domain / Rab GTPase / guanine exchange factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Rab protein signal transduction / plasma membrane to endosome transport / phosphatidylinositol phosphate binding / protein localization to endosome / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / clathrin-coated endocytic vesicle / cell projection membrane / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling ...Rab protein signal transduction / plasma membrane to endosome transport / phosphatidylinositol phosphate binding / protein localization to endosome / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / clathrin-coated endocytic vesicle / cell projection membrane / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / TBC/RABGAPs / clathrin-coated vesicle / endosomal transport / antigen processing and presentation / mitotic cytokinesis / regulation of immune response / intercellular bridge / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cellular response to nerve growth factor stimulus / small GTPase binding / recycling endosome membrane / endocytosis / neuron projection development / GDP binding / melanosome / intracellular protein localization / protein transport / T cell receptor signaling pathway / endosome membrane / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DENN domain, C-terminal lobe / Helix Hairpins - #1000 / Longin module / DENN domain-containing protein 1A/1B/1C / Rab35 / dDENN domain / uDENN domain / uDENN domain / Domain always found upstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / cDENN domain ...DENN domain, C-terminal lobe / Helix Hairpins - #1000 / Longin module / DENN domain-containing protein 1A/1B/1C / Rab35 / dDENN domain / uDENN domain / uDENN domain / Domain always found upstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / cDENN domain / dDENN domain / DENN domain, C-terminal lobe / DENN (AEX-3) domain / Domain found in a variety of signalling proteins, always encircled by uDENN and dDENN / Domain always found downstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / Tripartite DENN domain / Tripartite DENN domain profile. / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Helix Hairpins / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Beta-Lactamase / Helix non-globular / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Special / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Rab-35 / DENN domain-containing protein 1B / Isoform 2 of DENN domain-containing protein 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wu, X.D. / Kummel, D. / Reinisch, K.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Insights regarding guanine nucleotide exchange from the structure of a DENN-domain protein complexed with its Rab GTPase substrate.
著者: Wu, X. / Bradley, M.J. / Cai, Y. / Kummel, D. / De La Cruz, E.M. / Barr, F.A. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DENN domain-containing protein 1B
B: Ras-related protein Rab-35
C: DENN domain-containing protein 1B
D: Ras-related protein Rab-35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,8064
ポリマ－129,8064
非ポリマー00
水3,369187
1
A: DENN domain-containing protein 1B
B: Ras-related protein Rab-35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9032
ポリマ－64,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
2
C: DENN domain-containing protein 1B
D: Ras-related protein Rab-35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9032
ポリマ－64,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.588, 56.563, 175.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13A
23C
14A
24C
15A
25C
16A
26C
17A
27C
18B
28D
19B
29D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPVALVAL2AA3 - 203 - 20
211ASPASPVALVAL2CC3 - 203 - 20
112PROPROPHEPHE2AA30 - 5630 - 56
212PROPROPHEPHE2CC30 - 5630 - 56
113THRTHRCYSCYS2AA71 - 8671 - 86
213THRTHRCYSCYS2CC71 - 8671 - 86
114CYSCYSTYRTYR2AA97 - 10897 - 108
214CYSCYSTYRTYR2CC97 - 10897 - 108
124LYSLYSVALVAL2AA110 - 139110 - 139
224LYSLYSVALVAL2CC110 - 139110 - 139
116VALVALTYRTYR1AA265 - 322265 - 322
216VALVALTYRTYR1CC265 - 322265 - 322
118ASPASPPHEPHE2BB6 - 97 - 10
218ASPASPPHEPHE2DD6 - 97 - 10
128LEULEUASPASP2BB11 - 3012 - 31
228LEULEUASPASP2DD11 - 3012 - 31
119TYRTYRLEULEU2BB37 - 17638 - 177
219TYRTYRLEULEU2DD37 - 17638 - 177

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質 DENN domain-containing protein 1B / Connecdenn 2 / Protein FAM31B


分子量: 44279.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-391 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DENND1B, C1orf218, FAM31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P3S1-2, UniProt: Q6P3S1*PLUS
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-35 / GTP-binding protein RAY / Ras-related protein Rab-1C


分子量: 20623.334 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB35, RAB1C, RAY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15286
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Magnesium Formate, 19% PEG 3350, 0.1 M HEPES (pH 7.4), 4mM n-Nonyl-beta-D-glucoside, 289K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 70529 / Num. obs: 66297 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.3 %
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→24.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 16.653 / SU ML: 0.192 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26871 4502 7 %RANDOM
Rwork0.22667 ---
all0.22957 64040 --
obs0.22957 59538 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å25.39 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8386 0 0 187 8573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.95711178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.099313255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12551036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32124.331344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.325151313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5731534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.59425216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.68922097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.31238397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6154.52998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6262781
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A107TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A144MEDIUM POSITIONAL0.060.5
1A107TIGHT THERMAL0.30.5
1A144MEDIUM THERMAL0.282
2A157TIGHT POSITIONAL0.050.05
2A235MEDIUM POSITIONAL0.050.5
2A157TIGHT THERMAL0.270.5
2A235MEDIUM THERMAL0.222
3A95TIGHT POSITIONAL0.050.05
3A133MEDIUM POSITIONAL0.050.5
3A95TIGHT THERMAL0.460.5
3A133MEDIUM THERMAL0.252
4A250TIGHT POSITIONAL0.070.05
4A298MEDIUM POSITIONAL0.070.5
4A250TIGHT THERMAL0.340.5
4A298MEDIUM THERMAL0.252
5A1243TIGHT POSITIONAL0.10.05
5A1243TIGHT THERMAL0.330.5
6A668TIGHT POSITIONAL0.050.05
6A668TIGHT THERMAL0.250.5
7A467TIGHT POSITIONAL0.050.05
7A467TIGHT THERMAL0.170.5
8B141TIGHT POSITIONAL0.050.05
8B165MEDIUM POSITIONAL0.050.5
8B141TIGHT THERMAL0.240.5
8B165MEDIUM THERMAL0.192
9B831TIGHT POSITIONAL0.040.05
9B936MEDIUM POSITIONAL0.050.5
9B831TIGHT THERMAL0.220.5
9B936MEDIUM THERMAL0.182
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 335 -
Rwork0.312 4359 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1280.2766-0.72074.41270.06221.667-0.0865-0.0746-0.11270.63730.1080.23340.05710.0594-0.02150.19660.0505-0.04560.20020.03480.1148105.674610.261859.8758
22.4893-0.0401-0.61422.47460.38332.66960.1385-0.16760.20920.4420.02780.7415-0.1756-0.5814-0.16630.39640.09170.20990.38850.09930.531278.882514.045271.1846
33.28351.2064-1.17853.6227-0.2162.86390.16860.15690.3491-0.24350.0078-0.0043-0.2432-0.1251-0.17640.17320.0738-0.06350.22720.00460.1232123.71129.721726.061
43.7857-0.8111-1.08233.179-0.05532.77640.11790.1992-0.0576-0.4984-0.1453-0.53310.19490.37720.02740.23780.1078-0.03720.38320.04590.2382147.483718.054813.4475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 374
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 374
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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