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- PDB-3tw4: Crystal Structure of Human Septin 7 GTPase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tw4
タイトルCrystal Structure of Human Septin 7 GTPase Domain
要素Septin-7
キーワードCELL CYCLE / GTPase / Septins
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / cleavage furrow / axoneme ...regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / cleavage furrow / axoneme / cilium assembly / stress fiber / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / intracellular protein localization / microtubule cytoskeleton / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Septin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Serrao, V.H.B. / Alessandro, F. / Pereira, H.M. / Thiemann, O.T. / Garratt, R.C.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2011
タイトル: Promiscuous interactions of human septins: The GTP binding domain of SEPT7 forms filaments within the crystal.
著者: Serrao, V.H. / Alessandro, F. / Caldas, V.E. / Marcal, R.L. / D'Muniz Pereira, H. / Thiemann, O.H. / Garratt, R.C.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Advisory / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-7
B: Septin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1644
ポリマ－62,2772
非ポリマー8862
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.510, 82.510, 210.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEPHEPHEchain A and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...AA30 - 522 - 24
12LEULEUPHEPHEchain A and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...AA88 - 9860 - 70
13ASNASNTHRTHRchain A and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...AA106 - 20978 - 181
14LEULEUGLYGLYchain A and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...AA217 - 231189 - 203
15ASNASNLEULEUchain A and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...AA257 - 270229 - 242
16METMETALAALAchain A and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...AA275 - 297247 - 269
21PHEPHEPHEPHEchain B and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...BB30 - 522 - 24
22LEULEUPHEPHEchain B and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...BB88 - 9860 - 70
23ASNASNTHRTHRchain B and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...BB106 - 20978 - 181
24LEULEUGLYGLYchain B and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...BB217 - 231189 - 203
25ASNASNLEULEUchain B and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...BB257 - 270229 - 242
26METMETALAALAchain B and (resseq 30:52 or resseq 88:98 or resseq...BB275 - 297247 - 269

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要素

#1: タンパク質 Septin-7 / CDC10 protein homolog


分子量: 31138.682 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT7, CDC10 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16181
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 100mM Tris pH 8.4; 16% Glycerol; 1.5M Amonium Sulphate; 500mM GDP; 12.5% Isopropanol and 7mg/mL SETPT7G, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月9日
放射モノクロメーター: Si(311) and Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→42.42 Å / Num. all: 11558 / Num. obs: 11558 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2.885 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.01 % / Biso Wilson estimate: 112 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.35-3.550.661.595443182597.8
3.55-3.790.373.125549177499.8
3.79-4.090.2085.274862163498.7
4.09-4.480.09410.874459148599.1
4.48-50.05317.864241137099.3
5-5.760.04619.333434118598.2
5.76-7.020.03925.643288103899.7
7.02-9.80.01846.69223877796.5
9.80.01266.17133247097.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QNR

2qnr


解像度: 3.35→42.42 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 1.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 41.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3652 577 5 %Random
Rwork0.2892 ---
all0.2927 11538 --
obs0.2927 11538 98.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 268.675 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 413.38 Å2 / Biso mean: 144.4312 Å2 / Biso min: 49.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6112 Å2-0 Å20 Å2
2---2.6112 Å20 Å2
3---5.2224 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2983 0 56 0 3039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5444234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086522
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7761003
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1285X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
12B1285X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.35-3.68410.44681430.35992713285698
3.6841-4.21680.38281440.32262748289299
4.2168-5.31110.34241450.25582753289899
5.3111-42.43040.3551450.28282747289298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4087-4.904-0.31683.3938-1.43617.713-0.4453-0.6856-0.02781.54711.54610.38030.1542-0.0764-0.52291.1998-0.20360.09720.58790.10890.8279-44.03756.0277-6.9468
23.58172.4082-0.74753.16380.20290.7559-0.31250.1603-0.41520.35470.0525-0.5563-0.3512-0.1733-0.48321.3984-1.2609-0.31640.7472-0.32640.907-35.4434-3.1058-10.0312
32.6406-1.9509-1.45567.9042-3.72794.3759-0.03-0.9147-1.00811.6099-0.41450.04511.36490.330.29151.7663-0.6983-0.23120.97250.3880.9635-41.2393-18.9428-7.887
42.3083-0.5036-0.90144.25480.11460.8391-0.65160.52741.1476-1.0230.54540.10770.0442-0.26550.05941.1215-1.0778-0.29611.2433-0.16561.006-38.822410.6286-24.0769
56.6709-0.57761.22430.6939-0.90241.2108-0.63471.0416-0.1677-0.8371-0.10790.6416-0.6714-1.18870.79171.6587-0.496-0.74211.7173-0.36981.3291-49.28760.5974-27.9347
61.7024-0.2397-1.26632.8419-1.76673.4875-0.29680.6852.0324-0.09830.36741.913-0.4892-0.48030.1231.3792-0.7048-0.46110.76710.24122.1402-52.756515.2928-17.8037
78.11188.8536-8.48879.8405-9.73041.999-0.74411.04672.3772-1.39811.79611.06920.20620.1398-0.74620.6808-0.34120.2732.172-0.03061.3834-55.36674.7306-15.9257
80.80330.16971.28525.04012.40052.97040.19470.2868-1.56920.2090.1106-0.61980.36590.307-0.48081.4175-0.8984-0.07081.0711-0.18711.584-40.1173-12.3666-20.0493
91.64030.3380.27120.06930.05160.05340.01410.44580.5517-1.08540.62110.8307-0.440.00830.57611.2351-0.6590.14260.67930.23170.9946-25.419636.4716-25.0852
102.1434-1.6184-1.84497.0428-3.36335.4752-0.52090.2971-0.0531-1.02980.7117-0.4905-0.9490.4601-0.59951.0658-0.2455-0.21451.6595-0.54850.6168-20.070518.8139-19.0975
112.34870.7478-0.3374.3533-1.08991.0746-0.13330.22310.1615-0.18-0.1542-1.1515-0.3470.28730.04241.6916-1.10350.2542-0.6127-0.14790.7423-14.485333.7547-16.9922
123.4281.3721-0.87144.2203-0.0144.11240.1093-0.8310.06361.9851-0.62781.3023-0.29970.0836-0.55211.823-0.2010.3340.4635-0.00911.1225-30.963429.7725-6.5598
137.01812.74790.22282.2822-0.25360.9322-0.0438-0.60620.58371.1128-0.22541.8499-0.7251-0.3131-0.18961.5952-0.26830.43750.567-0.19631.2423-29.137442.3924-10.75
142.52080.68911.17144.42551.77361.4131-0.07280.171-0.4381-0.02450.4379-2.06730.59780.1482-0.30211.9435-0.6752-0.06090.6629-0.1851.2419-3.323537.5685-10.8272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 30:78)A30 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 79:126)A79 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 127:140)A127 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 141:199)A141 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 200:220)A200 - 220
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 221:262)A221 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 263:273)A263 - 273
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 274:297)A274 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 30:94)B30 - 94
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 95:108)B95 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 109:164)B109 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 165:199)B165 - 199
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 200:284)B200 - 284
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 285:297)B285 - 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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