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万見
- PDB-3tuy: Phosphorylated Light Chain Domain of Scallop smooth Muscle Myosin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tuy
タイトルPhosphorylated Light Chain Domain of Scallop smooth Muscle Myosin
要素
  • Myosin essential light chain
  • Myosin heavy chain
  • Myosin regulatory light chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Alpha helical / Protein binding / regulation / Muscle contraction / Smooth Muscle
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / myosin heavy chain binding / muscle contraction / actin filament binding / calcium ion binding ...muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / myosin heavy chain binding / muscle contraction / actin filament binding / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : ...Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Few Secondary Structures / Irregular / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin essential light chain / Myosin regulatory light chain / Myosin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Placopecten magellanicus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Kumar, V.S.S. / O'Neall-hennessey, E. / Reshetnikova, L. / Brown, J.H. / Robinson, H. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a phosphorylated light chain domain of scallop smooth-muscle Myosin.
著者: Senthil Kumar, V.S. / O'Neall-Hennessey, E. / Reshetnikova, L. / Brown, J.H. / Robinson, H. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
履歴
登録2011年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain
B: Myosin regulatory light chain
C: Myosin essential light chain
D: Myosin heavy chain
E: Myosin regulatory light chain
F: Myosin essential light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,65210
ポリマ－89,5236
非ポリマー1294
水2,234124
1
A: Myosin heavy chain
B: Myosin regulatory light chain
C: Myosin essential light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8265
ポリマ－44,7623
非ポリマー642
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
2
D: Myosin heavy chain
E: Myosin regulatory light chain
F: Myosin essential light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8265
ポリマ－44,7623
非ポリマー642
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.946, 69.232, 79.503
Angle α, β, γ (deg.)77.20, 85.99, 73.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Myosin heavy chain


分子量: 8598.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Placopecten magellanicus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q26080
#2: タンパク質 Myosin regulatory light chain


分子量: 18482.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Placopecten magellanicus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q26069
#3: タンパク質 Myosin essential light chain


分子量: 17680.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Placopecten magellanicus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q26066

-
非ポリマー , 3種, 128分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 5mM Hepes-buffer, 10mM NaCl, 1mM MgCl2, 1mM CaCl2, 0.5mM TCEP, 1mM NaN3 7.5% (w/v) of MME PEG 2K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.498→50 Å / Num. all: 32893 / Num. obs: 32893 / % possible obs: 93.37 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.498-2.59196.9
2.59-2.69197.7
2.96-3.15198.4
3.73-4.27198.9
4.27-5.38199.1
5.38-50199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3PN7

3pn7


解像度: 2.498→48.831 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 1909 5.8 %random
Rwork0.1998 ---
obs0.2005 32893 93.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.669 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6297 Å25.1662 Å2-2.3175 Å2
2--6.4327 Å2-0.8082 Å2
3----3.803 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→48.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5931 0 4 124 6059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2198089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8082315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.498-2.56060.33511120.26651969X-RAY DIFFRACTION81
2.5606-2.62990.34791250.2712013X-RAY DIFFRACTION86
2.6299-2.70730.34141350.2632108X-RAY DIFFRACTION89
2.7073-2.79460.31621320.24962089X-RAY DIFFRACTION90
2.7946-2.89450.30581330.23152150X-RAY DIFFRACTION91
2.8945-3.01040.27741370.2342195X-RAY DIFFRACTION92
3.0104-3.14740.31271370.22832242X-RAY DIFFRACTION94
3.1474-3.31330.32321380.23942257X-RAY DIFFRACTION96
3.3133-3.52080.27171420.20942305X-RAY DIFFRACTION97
3.5208-3.79250.23861430.18752311X-RAY DIFFRACTION98
3.7925-4.1740.20891440.16832329X-RAY DIFFRACTION98
4.174-4.77760.2081420.15012322X-RAY DIFFRACTION99
4.7776-6.01750.231440.19082343X-RAY DIFFRACTION99
6.0175-48.84060.19991450.16382351X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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