[日本語] English
万見
- PDB-3tue: The structure of tryparedoxin peroxidase I from Leishmania major -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tue
タイトルThe structure of tryparedoxin peroxidase I from Leishmania major
要素Tryparedoxin peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin fold / peroxidase / peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cilium / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
thioredoxin-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fiorillo, A. / Ilari, A. / Colotti, G.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2012
タイトル: The crystal structures of the tryparedoxin-tryparedoxin peroxidase couple unveil the structural determinants of leishmania detoxification pathway.
著者: Fiorillo, A. / Colotti, G. / Boffi, A. / Baiocco, P. / Ilari, A.
履歴
登録2011年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryparedoxin peroxidase
B: Tryparedoxin peroxidase
C: Tryparedoxin peroxidase
D: Tryparedoxin peroxidase
E: Tryparedoxin peroxidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,6645
ポリマ－121,6645
非ポリマー00
水1,13563
1
A: Tryparedoxin peroxidase
B: Tryparedoxin peroxidase
C: Tryparedoxin peroxidase
D: Tryparedoxin peroxidase
E: Tryparedoxin peroxidase

A: Tryparedoxin peroxidase
B: Tryparedoxin peroxidase
C: Tryparedoxin peroxidase
D: Tryparedoxin peroxidase
E: Tryparedoxin peroxidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,32810
ポリマ－243,32810
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area16700 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area65000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.977, 212.385, 90.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.42762, -0.870841, 0.24244), (-0.874509, 0.330633, -0.354845), (0.228855, -0.363755, -0.902944)29.50735, 21.79847, 9.414
3given(0.416503, 0.870742, -0.261407), (-0.867662, 0.294863, -0.400272), (-0.271454, 0.393528, 0.878321)84.07513, 20.51351, 37.9337
4given(0.519284, -0.523267, 0.675675), (-0.537358, -0.814704, -0.217954), (0.664523, -0.2499, -0.704244)-14.7012, -59.35347, -12.51783
5given(-0.511381, 0.537284, -0.670683), (-0.527323, -0.812432, -0.248767), (-0.678543, 0.226452, 0.698784)128.63203, -59.1803, 56.25545

-
要素

#1: タンパク質
Tryparedoxin peroxidase


分子量: 24332.775 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: TRYP3, LMJF_15_1080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QF76, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, 0.2 M KSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月18日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→106 Å / Num. obs: 21162 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E2Y

1e2y


解像度: 3→106 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 14.645 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23342 1143 5.1 %RANDOM
Rwork0.19709 ---
obs0.19889 21162 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2---1.29 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 0 63 6547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0196638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.021.9658982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3795819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11524.144292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.668151153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6651535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 93 -
Rwork0.296 1420 -
obs--99.08 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る