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万見
- PDB-3tu3: 1.92 Angstrom resolution crystal structure of the full-length Spc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tu3
タイトル1.92 Angstrom resolution crystal structure of the full-length SpcU in complex with full-length ExoU from the type III secretion system of Pseudomonas aeruginosa
要素
  • ExoU
  • ExoU chaperone
キーワードTOXIN/TOXIN CHAPERONE / type III secretion system / Pseudomonas aeruginosa / ExoU / SpcU / Infectious Diseases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / SpcU- chaperone / ExoU - phospholipase A2 / TOXIN-TOXIN CHAPERONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid catabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #80 / : / : / ExoU toxin, middle helical domain / ExoU toxin, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #100 / : / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #80 / : / : / ExoU toxin, middle helical domain / ExoU toxin, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #100 / : / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Minasov, G. / Veesenmeyer, J.L. / Tyson, G. / Shuvalova, L. / Hauser, A.R. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure of the Type III Secretion Effector Protein ExoU in Complex with Its Chaperone SpcU.
著者: Halavaty, A.S. / Borek, D. / Tyson, G.H. / Veesenmeyer, J.L. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Otwinowski, Z. / Hauser, A.R. / Anderson, W.F.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ExoU chaperone
B: ExoU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4392
ポリマ－94,4392
非ポリマー00
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area31370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.140, 52.583, 119.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ExoU chaperone / SpcU


分子量: 17675.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: EXA77, EXC3, RS15, spcU / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic / 参照: UniProt: O66100
#2: タンパク質 ExoU / PepA / Type III effector protein / Type three secretion effector protein


分子量: 76763.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: EXC2, exoU, pepA, RS14 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic / 参照: UniProt: O34208
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The Classics H6 condition. ExoU - 87 uM; SpcU - 174 uM. , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D11.06899
シンクロトロンAPS 19-ID20.97721
シンクロトロンAPS 21-ID-F30.97872
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2011年3月31日Mirror
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年7月11日mirror
MARMOSAIC 225 mm CCD3CCD2011年4月14日Be-Lenses/Diamond Laue Mono
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)ChannelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Diamond[111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.068991
20.977211
30.978721
反射解像度: 1.92→30 Å / Num. all: 59644 / Num. obs: 59644 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16.87
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique all: 3000 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
BUCCANEERモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.92→29.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.554 / SU ML: 0.088 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22459 2975 5 %RANDOM
Rwork0.19124 ---
obs0.19297 56018 99.8 %-
all-56018 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.087 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20.06 Å2
2--0.25 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4937 0 0 490 5427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225276
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.9787189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85138810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.45692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.02924.174242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.315918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.811550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8951.53377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2281.51351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62725448
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46731899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0844.51741
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 212 -
Rwork0.225 4088 -
obs-4088 99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8444-0.37770.33631.2492-1.41242.1778-0.03580.0384-0.1548-0.1232-0.0728-0.05230.26460.09450.10860.22790.01320.0730.1972-0.00630.151981.520234.431911.4118
21.8255-0.1561-0.05921.52470.03570.88670.04540.1883-0.0346-0.0795-0.04530.15530.0557-0.0976-0.00010.11150.0076-0.00560.03350.01320.10270.809129.631738.1634
31.5894-0.43070.09190.7585-0.17360.85010.14890.3468-0.1554-0.1081-0.09670.0940.0049-0.0624-0.05230.11840.0229-0.00860.1616-0.02930.161540.205146.771326.3006
40.8897-0.053-0.27922.78590.2660.8189-0.002-0.02150.01550.1085-0.00660.143-0.0317-0.03760.00870.07470.00310.01020.003-0.00430.064670.127355.297348.5154
50.56660.13631.03320.31840.23456.2508-0.03510.24530.014-0.0506-0.008-0.0107-0.1349-0.22860.04320.17470.0249-0.00110.2482-0.00340.11164.777856.84916.9281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2B55 - 101
3X-RAY DIFFRACTION2B472 - 502
4X-RAY DIFFRACTION3B102 - 471
5X-RAY DIFFRACTION4B503 - 588
6X-RAY DIFFRACTION5B589 - 683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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