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- PDB-3tpz: 2.1 Angstrom crystal structure of the L114P mutant of E. Coli KsgA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tpz
タイトル2.1 Angstrom crystal structure of the L114P mutant of E. Coli KsgA
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
キーワードTRANSFERASE / rRNA adenine dimethyltransferase / ribogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / double-stranded DNA binding ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / double-stranded DNA binding / response to antibiotic / mRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Scarsdale, J.N. / Musayev, F.N. / Rife, J.P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Control of Substrate Specificity by a Single Active Site Residue of the KsgA Methyltransferase.
著者: O'Farrell, H.C. / Musayev, F.N. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Binding of adenosine-based ligands to the MjDim1 rRNA methyltransferase: implications for reaction mechanism and drug design.
著者: O'Farrell, H.C. / Musayev, F.N. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional divergence within the Dim1/KsgA family of rRNA methyltransferases.
著者: Pulicherla, N. / Pogorzala, L.A. / Xu, Z. / O Farrell, H.C. / Musayev, F.N. / Scarsdale, J.N. / Sia, E.A. / Culver, G.M. / Rife, J.P.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of KsgA, a universally conserved rRNA adenine dimethyltransferase in Escherichia coli.
著者: O'Farrell, H.C. / Scarsdale, J.N. / Rife, J.P.
履歴
登録2011年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0385
ポリマ－60,8722
非ポリマー1663
水3,675204
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5073
ポリマ－30,4361
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5312
ポリマ－30,4361
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)239.007, 38.534, 64.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / ecksga / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA ...ecksga / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine transferase / 16S rRNA dimethylase / High level kasugamycin resistance protein ksgA / Kasugamycin dimethyltransferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase


分子量: 30436.049 Da / 分子数: 2 / 変異: L114P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0051, JW0050, ksgA, rsmA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P06992, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: protein solution: 10 mg/mL ecKsgA, 50 mM Tris, pH 7.4, 50 mM ammonium chloride, 6 mM BME, reservoir solution: 80 mM MES/sodium, pH 6.5, 25% PEG5000 MME, 0.15 M ammonium sulfate , VAPOR ...詳細: protein solution: 10 mg/mL ecKsgA, 50 mM Tris, pH 7.4, 50 mM ammonium chloride, 6 mM BME, reservoir solution: 80 mM MES/sodium, pH 6.5, 25% PEG5000 MME, 0.15 M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月28日 / 詳細: Rigaku Varimax Confocal Optics
放射モノクロメーター: Rigaku varimax confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.65 Å / Num. all: 34870 / Num. obs: 33415 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.95 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3446 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QYR

1qyr


解像度: 2.1→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 16.323 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27566 3339 10 %RANDOM
Rwork0.21145 ---
obs0.21787 30071 95.85 %-
all-34858 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å20.28 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3---1.42 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.348 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 0 7 204 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1061.9685578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.575523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13624.611180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.52915628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3611522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0223157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.71742624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.09284246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.053121458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.202151331
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 228 -
Rwork0.354 2169 -
obs--93.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5051-0.3886-0.6560.79020.10910.5256-0.0004-0.15480.05080.05480.1422-0.01620.04990.027-0.14180.16830.0369-0.00760.11560.04470.069776.90044.041416.2595
28.2276-1.2563-1.74970.3740.11130.5205-0.0417-0.84820.83580.00980.138-0.2488-0.03340.1566-0.09630.13620.0165-0.00780.1887-0.05950.2379101.12266.92637.8257
32.0661-0.01690.50791.1776-0.31881.39690.02340.3258-0.1130.0258-0.012-0.0192-0.04590.0787-0.01140.18850.00160.00870.0528-0.01640.008871.8451-1.5178-15.8099
47.68991.22261.09950.4240.04910.2807-0.04860.7165-0.48460.02360.0466-0.25610.03260.19320.0020.12440.0092-0.01450.1612-0.03630.198695.9433-5.0229-7.8682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2A150 - 267
3X-RAY DIFFRACTION3B15 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4B150 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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