PDB-3tng: The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl tran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tng

タイトル

The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl transferase from Listeria monocytogenes EGD-e.

要素

Lmo1369 protein

キーワード

TRANSFERASE / phosphate acetyl/butaryl transferase / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible phosphate acetyl/butaryl transferase from Listeria monocytogenes EGD-e.
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tng.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tng.ent.gz	100.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3uf6-d 4u6r-d 4mvx-1 6zxt-d 6bg3-d 2i4t-d 6jhi-d 4bzy-2 5e6z-2 6p5w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP05684

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lmo1369 protein

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lmo1369 protein

ヘテロ分子

A: Lmo1369 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.488, 66.488, 125.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that the chain A and its symmetry-related molecule ( y+1,x-1,-z) form a dimer.

#1: タンパク質	Lmo1369 protein / putative phosphate acetyl/butaryl transferase 分子量: 31270.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 株: EGD-e / 遺伝子: lmo1369 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) majic / 参照: UniProt: Q8Y7B7
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.005M Co chloride, 0.005M Ni chloride, 0.005M Cd chloride, 0.005M Mg chloride, 0.1M HEPES, 12% w/v PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月27日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→38 Å / Num. all: 15547 / Num. obs: 15547 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 53.2
反射シェル	解像度: 2.16→2.18 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.696 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 756 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.16→37.586 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2423	775	5 %	random
R_work	0.1953	-	-	-
all	0.1978	15489	-	-
obs	0.1978	15489	98.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.316 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6318 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6318 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.2636 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→37.586 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2158	0	37	35	2230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	3008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.689	825
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	377

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1579-2.2931	0.3509	123	0.2798	2312	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2931-2.4701	0.3084	138	0.247	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4701-2.7186	0.2517	125	0.2183	2443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7186-3.1118	0.2491	123	0.2083	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1118-3.9199	0.2409	145	0.1918	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9199-37.5912	0.2203	121	0.1758	2535	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6545	-3.2474	3.0496	7.2393	-6.9392	8.602	-0.4412	-0.305	-1.3937	-0.4312	1.1844	1.0375	0.6951	-1.3383	-0.893	0.4787	-0.074	0.0832	0.5789	0.179	0.9519	2.0111	-34.044	-0.1035
2	4.8849	-1.3824	2.0799	6.9735	-3.2625	6.3202	0.6338	1.2759	-0.6372	-1.7384	-0.4021	0.4406	-0.0192	-0.4287	-0.337	0.8696	0.2049	-0.1261	0.6576	-0.0113	0.4592	4.4556	-24.7152	-20.3826
3	4.5498	0.6066	2.55	5.0683	-2.7951	4.7291	0.7315	1.2428	1.3148	-0.7475	-0.5246	-0.5437	-0.8629	-0.379	-0.3823	0.6044	0.068	0.1423	0.4109	0.2011	0.5529	11.7061	-15.6682	-15.2243
4	9.4184	-1.9023	4.2692	7.7867	-4.697	8.0278	-0.7209	-0.1139	2.0316	0.7383	0.4034	-1.2456	-2.2185	-0.4561	0.3472	0.754	0.0014	0.0467	0.4365	0.1358	0.968	20.1585	-12.8347	-8.6751
5	5.3626	-2.0434	0.9116	7.0124	0.0586	4.3672	-0.2683	-0.324	0.1425	0.643	0.144	-0.2403	-0.3433	0.0333	0.1436	0.3502	0.0276	-0.0582	0.3066	0.0763	0.332	19.4255	-27.8917	3.6709
6	4.758	-0.2242	2.6974	4.3265	1.7608	4.1767	-0.9283	-1.2368	1.5626	0.8843	0.8141	-0.8131	-0.2478	0.228	0.2171	0.6478	-0.0044	-0.243	0.4199	0.0115	0.502	29.4889	-28.6795	12.4799
7	8.8706	-2.3976	-1.7961	3.8874	3.6113	6.4192	-1.0951	-1.2868	0.0363	2.0731	1.4037	-0.3849	-0.5921	-0.5749	-0.1901	0.8482	0.3152	-0.1083	0.7636	-0.0078	0.3145	24.4911	-36.5345	15.9749
8	3.8422	-2.4151	3.3621	6.2785	-0.9148	3.0865	-0.3563	-1.3304	-0.2215	0.9729	0.3988	0.5395	0.3658	0.1031	-0.1034	0.5711	0.1076	-0.0531	0.5499	0.0871	0.4601	22.3818	-34.6898	13.4551
9	5.1284	-0.1024	2.8511	4.41	-0.7297	5.4831	0.3177	0.3967	-0.0068	-0.3592	-0.3621	-0.2602	0.389	0.5197	-0.0261	0.342	0.0357	-0.0921	0.3858	0.0565	0.3379	23.7563	-37.9254	-3.9329
10	5.2417	-2.0397	1.0113	5.448	-1.7281	5.219	0.2769	0.3485	-0.2143	-0.5622	0.3161	-0.7725	-0.244	-0.3186	-0.4577	0.3744	0.0308	-0.1049	0.3933	0.0598	0.444	15.029	-28.6413	-7.4525
11	5.6896	1.1309	1.9894	4.704	4.6563	5.2019	0.2195	-0.3281	-0.7781	0.1988	-0.3601	1.1985	0.4531	-0.3983	0.1485	0.4236	0.0276	-0.0871	0.4416	0.138	0.5454	6.8254	-27.9243	-4.7644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:16)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 17:67)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 68:93)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 94:114)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 115:159)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 160:192)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 193:216)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 217:233)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 234:247)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 248:271)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 272:288)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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