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- PDB-3tn8: CDK9/cyclin T in complex with CAN508 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tn8
タイトルCDK9/cyclin T in complex with CAN508
要素
  • Cyclin-T1
  • Cyclin-dependent kinase 9
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / cyclin dependent kinase / Kinase / cyclin / phosphotransfer / CDK-cyclin complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription elongation factor activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / host-mediated activation of viral transcription / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of protein localization to chromatin / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to cytokine stimulus / replication fork processing / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cyclin-dependent kinase / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / regulation of DNA repair / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / molecular condensate scaffold activity / transcription coactivator binding / PML body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / protein kinase activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily ...: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F18 / PHOSPHATE ION / Cyclin-T1 / Cyclin-dependent kinase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body refinement / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Baumli, S. / Hole, A.J. / Endicott, J.E.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: The CDK9 C-helix Exhibits Conformational Plasticity That May Explain the Selectivity of CAN508.
著者: Baumli, S. / Hole, A.J. / Noble, M.E. / Endicott, J.A.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8618
ポリマ－68,1742
非ポリマー6876
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.420, 173.420, 97.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 9 / C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / ...C-2K / Cell division cycle 2-like protein kinase 4 / Cell division protein kinase 9 / Serine/threonine-protein kinase PITALRE


分子量: 38054.082 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC2L4, CDK9 / プラスミド: pVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P50750, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-T1 / CycT1 / Cyclin-T


分子量: 30119.426 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-259 / Mutation: Q77R, E96G, F241L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1 / プラスミド: pVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O60563

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非ポリマー , 4種, 14分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-F18 / 4-[(E)-(3,5-DIAMINO-1H-PYRAZOL-4-YL)DIAZENYL]PHENOL / CAN508


分子量: 218.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N6O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.4 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12% PEG 1K, 50 mM sodium/potassium phosphate, 4 mM TCEP, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月14日
放射モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→43.355 Å / Num. all: 23081 / Num. obs: 23081 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.95-3.113.70.5891.21255733940.589100
3.11-3.33.70.3182.41185231960.318100
3.3-3.533.70.1724.21115730060.172100
3.53-3.813.70.1116.51023127720.111100
3.81-4.173.70.0749951925840.074100
4.17-4.663.70.05910.8850523170.059100
4.66-5.393.60.0639.9743920570.063100
5.39-6.63.50.0856.9613817400.08599.8
6.6-9.333.40.04214449113040.04298.3
9.33-81.9233.70.0321.126537110.0396.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: rigid body refinement
開始モデル: 3BLH

3blh


解像度: 2.95→37.068 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8502 / SU ML: 0.77 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2206 1161 5.03 %copied from 3BLH
Rwork0.1763 ---
obs0.1786 23077 99.81 %-
all-23121 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.643 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 214.67 Å2 / Biso mean: 95.0724 Å2 / Biso min: 45.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6357 Å20 Å20 Å2
2---0.6357 Å2-0 Å2
3---1.2714 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→37.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4536 0 43 8 4587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8426343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6521745
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.08420.3581400.314127542894100
3.0842-3.24680.31791560.253927292885100
3.2468-3.450.26751240.216927682892100
3.45-3.71620.26111600.199227332893100
3.7162-4.08970.20861470.16827472894100
4.0897-4.68050.17771360.139627402876100
4.6805-5.89320.19941520.154927402892100
5.8932-37.07140.20361460.1652705285198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59070.3860.11340.90950.36931.48970.06440.2563-0.4534-0.1373-0.03920.05190.39480.3606-0.06580.54910.0832-0.03330.7747-0.01720.717347.3265-11.3935-21.0041
22.298-0.86130.63442.5647-0.09142.70770.2716-0.1046-0.49810.7135-0.22580.40180.73030.0425-0.04320.9223-0.1457-0.05790.66560.06880.826148.0936-20.33425.631
33.2692-0.6763-0.23241.90.32241.9790.0438-0.14390.28370.12150.008-0.2126-0.15270.0314-0.02270.346-0.0343-0.10850.4677-0.02560.344321.35843.958-20.9055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:105)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 106:330)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 1:259)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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