PDB-3tm9: Y29A mutant of Vitreoscilla stercoraria hemoglobin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tm9

タイトル

Y29A mutant of Vitreoscilla stercoraria hemoglobin

要素

Bacterial hemoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / globin 8-helix fold / oxygen storage

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vitreoscilla stercoraria (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallographic structure determination of B10 mutants of Vitreoscilla hemoglobin: role of Tyr29 (B10) in the structure of the ligand-binding site.
著者: Ratakonda, S. / Anand, A. / Dikshit, K. / Stark, B.C. / Howard, A.J.

履歴

登録	2011年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tm9.cif.gz	105 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tm9.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tm9_validation.pdf.gz	853.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tm9_full_validation.pdf.gz	856.2 KB	表示
XML形式データ	3tm9_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	3tm9_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tldC 3tm3C 2vhb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tur-3 5bmu-2 2efw-2 6ghd-1 3coi-d 2g36-d 1d0k-d 3c3w-d 2vzk-2 4fdt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterial hemoglobin

ヘテロ分子

17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterial hemoglobin

ヘテロ分子

A: Bacterial hemoglobin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.194, 46.426, 62.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 128.840, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Bacterial hemoglobin / Soluble cytochrome O 分子量: 15698.171 Da / 分子数: 1 / 変異: Y29A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Tyr29Ala mutant gene was cloned into the SmaI site of pBluescript 11KS+ under control of the native vgb gene promoter. 由来: (組換発現) Vitreoscilla stercoraria (バクテリア) 遺伝子: vhb / プラスミド: PDH88 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: P04252
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 27 mg/mL protein in 1.3M (NH4)2SO4, 0.05M NaH2P2O7, 3% ethylene glycol. Not streak-seeded, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
詳細: Si(111) monochromator with sagittally bent second crystal

放射

モノクロメーター: Si111 - sagittal second crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→32.5 Å / Num. obs: 20497 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.13 Å² / R_merge(I) obs: 0.0707 / R_sym value: 0.0707 / Net I/σ(I): 11.002

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.864	1.67	0.4537	1.69	0.4537	1	47.8
1.864-1.939	2.19	0.3794	2.09	0.3794	1	61.9
3.878-32.5	3.58	0.0312	29.44	0.0312	1	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
X-GEN		データ削減
X-GEN		データスケーリング
SERGUI		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→31.123 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	1984	9.76 %
R_work	0.1723	18349	-
obs	0.1756	20333	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.3 Å² / B_iso mean: 25.1251 Å² / B_iso min: 9.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→31.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1103	0	91	114	1308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	1270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.481	1719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	197
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.956	469

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7198-1.7628	0.3249	143	0.2542	1260	1403	97
1.7628-1.8105	0.2831	135	0.2356	1322	1457	98
1.8105-1.8638	0.2486	138	0.2341	1279	1417	98
1.8638-1.9239	0.2619	138	0.2036	1262	1400	99
1.9239-1.9927	0.201	148	0.1917	1304	1452	99
1.9927-2.0724	0.2194	135	0.175	1298	1433	99
2.0724-2.1667	0.2113	144	0.1614	1332	1476	100
2.1667-2.2809	0.1767	142	0.1457	1300	1442	100
2.2809-2.4238	0.1712	141	0.1431	1319	1460	100
2.4238-2.6108	0.1831	137	0.1485	1325	1462	100
2.6108-2.8734	0.183	149	0.1495	1318	1467	100
2.8734-3.2888	0.2087	144	0.1725	1328	1472	100
3.2888-4.142	0.1879	139	0.1631	1330	1469	100
4.142-31.1278	0.2137	151	0.1826	1372	1523	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0543	-0.0899	0.003	0.2546	-0.1608	0.1981	0.0079	-0.0838	-0.0543	-0.0269	-0.1534	-0.0289	0.1471	0.0728	-0.0559	0.1371	0.0005	0.021	0.1879	-0.0068	0.1341	-7.5154	-28.3837	12.7403
2	0.2129	-0.1089	0.1525	0.2187	-0.0337	0.1151	-0.0846	-0.2026	-0.0836	0.1629	0.2179	0.0136	-0.2163	-0.5511	0.0181	0.1599	0.0617	0.0075	0.1735	0.0022	0.1091	-24.1881	-15.2668	12.3319
3	0.0431	-0.0453	0.0042	0.0394	0.006	0.0199	-0.0356	-0.2038	-0.0921	0.0048	0.2281	0.084	-0.1046	-0.0599	0.0019	0.1824	0.0245	0.0226	0.144	-0.0136	0.199	-25.5589	-6.171	4.2055
4	0.0129	-0.0024	-0.0097	0.0011	-0.0104	0.0216	0.1152	-0.1441	0.1142	-0.3128	-0.059	0.3634	0.0154	-0.1694	-0.0005	0.2007	0.0452	-0.09	0.2053	0.0072	0.2638	-31.5663	-15.913	3.3862
5	0.0287	0.0207	-0.0228	0.0195	-0.0045	0.01	0.0885	-0.1098	-0.0913	-0.1634	0.003	0.0163	-0.0398	0.006	0.0002	0.1317	0.0036	0.0221	0.1339	0.0079	0.1294	-14.9758	-24.9461	4.8935
6	0.3234	0.2051	-0.2089	0.5791	-0.048	0.3835	-0.2132	0.2804	-0.1323	-0.1753	0.4414	-0.1935	-0.1384	-0.3063	0.1135	0.1043	0.1367	-0.0224	0.0383	0.1053	0.1606	-13.019	-19.4831	-5.4278
7	0.2068	-0.0477	-0.0482	0.1386	0.0591	0.2325	-0.0614	-0.2447	0.0842	0.063	-0.0051	-0.1625	-0.2578	-0.242	-0.0099	0.1616	0.0327	-0.005	0.0968	0.0094	0.1018	-15.28	-15.361	13.9878
8	0.1599	-0.0982	-0.0331	0.1256	0.0637	0.0543	0.0324	-0.0234	0.0113	-0.0015	-0.1332	-0.0922	-0.186	0.2351	-0.0098	0.1231	-0.0078	0.0017	0.1327	0.0374	0.1465	-8.0095	-14.453	1.6259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 36)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 37 through 43)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 44 through 56)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 57 through 67)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 68 through 90)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 91 through 115)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 116 through 146)	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)