PDB-3tm0: Crystal Structure of 3',5"-Aminoglycoside Phosphotransferase Type...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tm0

タイトル

Crystal Structure of 3',5"-Aminoglycoside Phosphotransferase Type IIIa AMPPNP Butirosin A Complex

要素

Aminoglycoside 3'-phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / protein kinase / phosphorylation / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of APH(3')-IIIa-mediated resistance to N1-substituted aminoglycoside antibiotics.
著者: Fong, D.H. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2011年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年10月19日	ID: 3H8P
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tm0.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tm0.ent.gz	58.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tm0_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tm0_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3tm0_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	3tm0_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tm0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1l8tS 1j7i 1j7l 1j7u 2b0q 3tl7 PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i7z-d 2cnf-d 1nwe-d 2nta-d 1t63-d 2bsj-d 6cvp-2 1l8t-d 7l0h-d 7l0c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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Hsp90 (Hsp90)
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類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside 3'-phosphotransferase

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.112, 80.112, 110.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Aminoglycoside 3'-phosphotransferase / 3' / 5"-aminoglycoside phosphotransferase type IIIa / APH(3')III / Kanamycin kinase / type III / ...3' / 5"-aminoglycoside phosphotransferase type IIIa / APH(3')III / Kanamycin kinase / type III / Neomycin-kanamycin phosphotransferase type III 分子量: 30880.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: aph(3')-iiia, aphA / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A3Y5, kanamycin kinase
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-B31 / (2S)-4-amino-N-[(1R,2S,3R,4R,5S)-5-amino-4-[(2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-2-hydroxy-3-(beta-D-xylofuranosyloxy)cyclohexyl]-2-hydroxybutanamide / Butirosin A / ブチロシンA 分子量: 555.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₁N₅O₁₂ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 40% PEG600, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M magnesium chloride, 3% D(+)-sucrose, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月4日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 19062 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 42.03
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 10.3 / Num. unique all: 1066 / % possible all: 50.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
AMoRE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L8T

1l8t

解像度: 2.1→39.571 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	1923	10.1 %	RANDOM
R_work	0.1792	-	-	-
obs	0.1837	19035	87.78 %	-
all	-	21685	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.882 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0686 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0686 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1372 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.571 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2170	0	71	176	2417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	3115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.967	858
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	335
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1524	0.2434	75	0.1967	664	X-RAY DIFFRACTION	49
2.1524-2.2106	0.2339	84	0.1867	768	X-RAY DIFFRACTION	56
2.2106-2.2756	0.2333	87	0.1836	858	X-RAY DIFFRACTION	63
2.2756-2.349	0.2577	110	0.1946	986	X-RAY DIFFRACTION	72
2.349-2.433	0.2824	133	0.1863	1216	X-RAY DIFFRACTION	89
2.433-2.5304	0.2618	137	0.2003	1374	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5304-2.6455	0.2468	162	0.2064	1351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6455-2.785	0.2807	157	0.1987	1379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.785-2.9594	0.2448	160	0.1906	1362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.1878	0.239	152	0.1923	1402	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1878-3.5084	0.2251	162	0.1841	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5084-4.0157	0.1973	169	0.1602	1402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0157-5.0577	0.1994	151	0.142	1436	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0577-39.5779	0.2004	184	0.1925	1519	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3307	-0.3469	1.0371	0.0904	-0.2701	0.8065	0.024	-0.705	0.6237	0.7274	-0.0135	-0.1994	-0.3104	-0.7754	0.0176	0.3556	-0.0102	-0.0309	0.2984	-0.0714	0.2912	40.7679	58.4907	28.5536
2	1.2658	0.1884	0.1469	0.1009	0.1728	0.3411	-0.0151	-0.1599	0.4117	-0.7821	0.0831	0.0928	-0.9974	-0.7861	0.1453	0.5204	0.1956	-0.0547	0.3287	0.0285	0.2367	41.4362	62.7083	17.3249
3	2.1604	-0.201	-3.1062	0.3441	-0.1467	5.0491	-0.0029	0.5614	-0.7987	0.1476	-0.5099	-0.5562	1.1812	0.7673	-0.2799	0.4488	0.0332	-0.252	0.5278	-0.0854	0.6361	42.1573	45.7377	12.4015
4	0.3376	0.1676	0.0505	0.0853	0.0225	0.009	0.0885	0.0282	0.0401	-0.0975	0.2127	0.7814	0.6456	-0.2652	0.0528	0.3493	0.0034	-0.0104	0.1672	-0.0245	0.2085	44.7283	44.5517	19.3471
5	0.6841	0.0948	0.0113	0.8788	0.6596	0.5017	-0.0093	-0.0968	0.0795	0.1637	0.0041	0.163	-0.1701	-0.117	0.0007	0.172	0.0036	-0.0043	0.1759	0.0026	0.1721	47.6751	51.5045	19.6999
6	0.4297	0.201	-0.0062	1.5689	-0.2457	0.0156	-0.0915	0.0287	-0.0834	0.1202	0.023	-0.0939	-0.0373	-0.0688	-0.0002	0.1855	0.0119	-0.0288	0.1259	-0.0178	0.1686	55.7119	52.5807	21.9993
7	0.146	0.036	0.0867	0.0385	0.086	0.1977	-0.1004	0.483	-0.2247	-0.9572	-0.1286	-0.0784	0.2978	0.3944	-0.0003	0.4967	0.0127	-0.0492	0.2684	0.0407	0.2345	54.0897	43.6369	0.513
8	1.4972	0.6215	0.1744	4.0506	-0.0113	0.7965	0.8546	0.1491	-0.4876	-0.1305	0.5293	1.362	1.0746	-0.7346	0.1602	1.1517	-0.0255	-0.3185	0.4943	0.1036	0.4875	57.9731	35.305	-4.8528
9	0.3988	-0.1638	0.1695	0.8118	-0.1566	0.1604	0.129	0.1268	0.1895	-0.3055	-0.2998	-0.7028	0.2848	0.2502	-0.003	0.2878	0.0159	0.051	0.2407	0.0605	0.2511	68.7042	42.4488	12.8962
10	0.2202	-0.1513	-0.1522	0.1819	0.0913	0.1924	0.0094	-0.1428	-0.0507	0.1653	0.1363	-0.0649	0.0218	0.0438	0.0047	0.1703	0.0045	-0.0266	0.187	0.0819	0.2252	55.3548	33.4007	30.2522
11	0.1588	0.0241	0.1027	0.1647	0.2959	0.5457	0.1584	0.3429	-0.1524	0.6867	-0.3856	0.2674	0.0351	-0.1454	0.0137	0.5295	0.0168	-0.0369	0.6371	-0.0725	0.5035	46.7017	20.9358	19.908
12	0.632	-0.4644	-0.4836	0.3937	0.4831	0.7264	0.0254	-0.0915	0.5092	-0.0246	0.3995	0.0123	0.3892	-0.0524	0.2192	0.1884	0.0322	-0.1489	0.1422	0.2085	0.3512	61.3513	24.2285	27.4105
13	0.2929	0.1094	0.1131	0.3876	-0.2307	0.2436	0.0939	0.2618	-0.1394	-0.3816	-0.1275	-0.174	0.0566	0.0359	0.0001	0.3474	0.0258	-0.0025	0.1772	0.0025	0.1727	60.8807	42.8518	11.1738
14	0.314	0.0603	0.1733	0.1874	-0.1482	0.2651	0.0589	0.159	-0.0704	-0.3073	-0.0709	-0.1671	0.1599	-0.0886	-0.0001	0.2596	0.0152	0.0008	0.1264	0.0153	0.1635	63.1632	38.6773	14.5244
15	0.0983	0.0708	0.0089	0.0578	0.0211	0.0178	0.0045	0.4611	-0.3379	-0.6751	-0.2078	0.2895	0.1244	-0.5158	0.0008	0.717	0.0947	-0.0141	0.3662	-0.0563	0.3049	59.6264	27.2751	2.0574
16	0.7003	0.4038	0.1776	0.2177	0.0782	0.3883	0.1692	0.2199	-0.2375	-0.2966	-0.0043	-0.1039	0.0188	-0.1039	0.0002	0.3193	0.0763	0.0532	0.1309	0.0137	0.269	68.1191	27.0644	11.0264
17	0.1351	0.0719	-0.01	0.0496	0.0276	0.0813	0.3049	-0.0058	-0.3712	-0.2859	-0.0768	0.2355	0.0415	0.5259	0.0024	0.2717	-0.0343	-0.0709	0.158	0.0146	0.2506	54.3374	30.2044	21.5167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2:10)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 11:19)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'A' and resid 20:25)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'A' and resid 26:32)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'A' and resid 33:54)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'A' and resid 55:94)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'A' and resid 95:103)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'A' and resid 104:110)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'A' and resid 111:132)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'A' and resid 133:153)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'A' and resid 154:166)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'A' and resid 167:183)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain 'A' and resid 184:200)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain 'A' and resid 201:226)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain 'A' and resid 227:238)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain 'A' and resid 239:259)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain 'A' and resid 260:264)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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