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- PDB-3tk8: Structure of a 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-suc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tk8
タイトルStructure of a 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Burkholderia pseudomallei
要素2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins ...Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase; Chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of a 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Burkholderia pseudomallei
著者: Clifton, M.C. / Gardberg, A. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2011年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
B: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
C: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,13727
ポリマ－102,4193
非ポリマー1,71724
水12,629701
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.257, 117.796, 123.574
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase


分子量: 34139.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: dapD, BURPS1710b_2594 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3JR17, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris, pH 5.5-8.5, 2 M ammonium sulfate, cryoprotection 20% ethylene glycol, protein 40 mg/mL, TargetDB ID: BupsA.00002.a.A2 PS00457, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
PH範囲: 5.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 90085 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.832.70.33138130.91177.1
1.83-1.872.70.30341580.958183.3
1.87-1.912.80.28242841.028185
1.91-1.952.80.23942871.072186.2
1.95-1.992.90.2143771.08187.6
1.99-2.042.90.1744811.044189.7
2.04-2.13.10.15846941.033193.2
2.1-2.163.40.14247921.08195.6
2.16-2.233.60.12448511.04196.5
2.23-2.313.70.11748831.095197.2
2.31-2.43.90.1149401.027197.9
2.4-2.514.10.10349751198.6
2.51-2.644.40.09750070.99199.1
2.64-2.814.90.0950631.019199.7
2.81-3.035.70.0850411.021199.6
3.03-3.335.70.06750630.956199.6
3.33-3.815.40.05551111.015199.5
3.81-4.85.10.04649831.014196.5
4.8-505.50.04252820.995197.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.11 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.88 Å
Translation2.5 Å38.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2242 / WRfactor Rwork: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8653 / SU B: 3.903 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1181 / SU Rfree: 0.1128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 4516 5 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.19 89710 93.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200.48 Å2 / Biso mean: 24.2672 Å2 / Biso min: 10.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5698 0 98 701 6497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.9618199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80939492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1835808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32623.826230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1915904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6431535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021207
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 266 -
Rwork0.265 5061 -
all-5327 -
obs--78.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8953-0.32260.68450.9980.02021.5118-0.05280.04640.0478-0.00990.01830.08-0.1465-0.18460.03450.04030.026-0.00110.06110.02740.1054-0.191682.4685-2.0876
20.4485-0.04330.1410.72650.11141.40410.00420.00810.0342-0.0122-0.0023-0.0028-0.0446-0.0081-0.00190.0557-0.007-0.00370.04550.01120.100315.411872.01821.6837
30.00420.0156-0.04211.4931-1.72333.15670.001-0.01090.01510.18640.10370.0237-0.215-0.105-0.10470.10280.00350.00310.0742-0.01620.083515.842570.048428.135
41.20940.8246-0.52713.4776-1.66632.9262-0.0526-0.0126-0.0873-0.0753-0.1313-0.3741-0.0820.66180.18390.0216-0.01850.02970.20350.01670.149846.164563.4769-2.7471
50.521-0.14470.1940.6826-0.30991.4616-0.00010.0426-0.0611-0.0701-0.0252-0.10850.19970.180.02530.0680.03760.02540.0476-0.00080.101529.313953.946-0.1926
61.0465-0.6364-1.3720.73560.91533.53180.0502-0.1268-0.01640.07520.0129-0.13620.07520.3283-0.06310.07870.0079-0.03190.05970.02980.079728.70454.735425.732
72.5955-1.2873-0.20822.8088-0.1211.11130.2263-0.0532-0.2979-0.3322-0.09580.15180.4874-0.1422-0.13050.356-0.1159-0.09380.06270.00860.15926.190132.1061-2.1977
80.62550.11730.00270.6467-0.23391.34770.05450.0061-0.0829-0.1239-0.00640.10350.2155-0.1771-0.04820.105-0.0501-0.02610.0423-0.00490.09188.065851.855-2.5522
90.6310.51930.93660.44840.69933.37810.0666-0.0079-0.03750.06390.02830.01220.355-0.2524-0.09490.1263-0.0480.02670.09090.06070.10637.619249.948422.7257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3A239 - 295
4X-RAY DIFFRACTION4B40 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5B109 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6B226 - 295
7X-RAY DIFFRACTION7C39 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8C108 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9C206 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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