PDB-3tja: Crystal structure of Helicobacter pylori UreE in the apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tja

タイトル

Crystal structure of Helicobacter pylori UreE in the apo form

要素

Urease accessory protein ureE

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-containing complex assembly / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Banaszak, K. / Bellucci, M. / Zambelli, B. / Rypniewski, W.R. / Ciurli, S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic and X-ray absorption spectroscopic characterization of Helicobacter pylori UreE bound to Ni2+ and Zn2+ reveals a role for the disordered C-terminal arm in metal trafficking.
著者: Banaszak, K. / Martin-Diaconescu, V. / Bellucci, M. / Zambelli, B. / Rypniewski, W. / Maroney, M.J. / Ciurli, S.

履歴

登録	2011年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tja.cif.gz	251.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tja.ent.gz	204.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tja.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tja_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tja_full_validation.pdf.gz	479.4 KB	表示
XML形式データ	3tja_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	3tja_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tja	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tj8SC 3tj9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3la0-1 3l9z-1 1ear-1 3la0-2 3tj9-1 1gmv-d 1eb0-1 1zxt-d 5ag9-d 5ag8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Urease accessory protein ureE

B: Urease accessory protein ureE

C: Urease accessory protein ureE

D: Urease accessory protein ureE

ヘテロ分子

78.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Urease accessory protein ureE

B: Urease accessory protein ureE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Urease accessory protein ureE

D: Urease accessory protein ureE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.999, 70.468, 123.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Urease accessory protein ureE 分子量: 19437.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureE, HP_0070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09064
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	TYR 22 IS AGREES WITH THE SEQUENCE IN GB ABM16833.1

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5M ammonium sulfate, 1.0M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月23日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 41018 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1957 / R_sym value: 0.593 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TJ8

3tj8

解像度: 2→19.701 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 11.476 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26695	2045	5 %	RANDOM
R_work	0.20767	-	-	-
obs	0.21066	38745	98.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.701 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4723	0	21	100	4844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.947	1.984	6515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.91	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.729	24.346	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.643	15	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.03	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.135	1.5	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.93	2	4793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.307	3	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.262	4.5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	136	-
R_work	0.248	2538	-
obs	-	-	88.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6829	3.7668	-2.6779	3.1315	-1.6347	4.7551	-0.1687	-0.0659	-0.0286	-0.0304	-0.032	0.0734	0.5285	0.014	0.2007	0.1671	0.0289	0.0698	0.1717	0.1308	0.2679	-15.399	-0.4999	3.9104
2	3.5896	-1.2533	-0.4992	4.7222	-0.0304	2.4924	-0.0028	-0.168	-0.246	0.0991	0.0444	0.018	0.3041	0.077	-0.0416	0.0598	-0.0111	-0.0171	0.1028	0.047	0.1085	-11.3214	5.9967	-0.3723
3	2.1828	1.4056	1.6285	3.4598	1.5194	2.3291	-0.0122	0.223	0.0256	-0.0957	-0.0919	-0.0459	-0.1401	0.0547	0.1042	0.1007	0.0053	-0.0572	0.0729	0	0.0692	-27.9465	13.7959	-23.1234
4	3.1118	-0.5721	1.107	6.6743	0.4202	3.1702	0.0647	0.012	0.1824	0.0727	-0.229	-0.0721	-0.108	-0.1738	0.1643	0.1144	-0.0025	-0.0747	0.0868	-0.02	0.072	-26.8291	16.6769	-20.4277
5	3.6785	2.1902	2.7614	4.7399	-0.6211	7.5623	0.2703	-0.0879	-0.4415	0.2478	-0.2272	-0.1652	0.5743	-0.1213	-0.0432	0.1117	-0.0185	-0.0447	0.1401	0.0322	0.1744	-22.8813	11.5375	-13.1194
6	2.071	-1.3479	-0.8103	2.4908	-0.1189	2.9218	0.1356	-0.025	0.2924	0.0152	-0.0433	-0.0178	-0.008	-0.1771	-0.0923	0.1686	-0.0285	-0.0095	0.1858	-0.0618	0.1589	-43.6353	11.2655	-52.3774
7	3.8161	-1.1507	-2.0297	4.1126	-0.2101	5.6584	0.3008	0.1796	0.4818	-0.0757	-0.0265	-0.2691	-0.2743	-0.1474	-0.2743	0.1019	-0.0138	-0.0067	0.1266	-0.0292	0.1375	-39.7428	11.1516	-55.1141
8	0.3547	0.8264	0.6336	5.3764	2.2207	5.9875	0.0159	-0.0923	-0.0491	0.1172	-0.1511	0.102	0.3072	-0.3606	0.1352	0.1045	-0.0341	-0.0458	0.1072	-0.0161	0.0874	-34.8516	1.7269	-29.3559
9	16.9073	-0.7325	-8.2971	4.2054	3.3452	17.2861	-0.1256	-0.3438	-0.8473	0.8316	-0.1624	-0.7552	1.2701	0.615	0.288	0.3656	0.014	-0.1416	0.126	0.0364	0.2751	-30.486	-7.1811	-28.5218
10	2.7239	-1.4403	3.9148	18.0799	3.27	8.0117	-0.2678	0.0638	0.1162	-0.265	0.1126	0.0532	-0.7774	-0.1176	0.1552	0.1926	0.0384	-0.0078	0.1634	-0.0166	0.0563	-36.9155	4.4652	-37.7809
11	3.6978	0.3257	1.7427	1.6732	0.6494	2.2617	-0.1689	0.0699	0.1977	-0.423	-0.0585	0.1823	-0.1056	0.0015	0.2274	0.1364	-0.0136	-0.0126	0.1391	0.0359	0.1465	-13.7004	32.3997	-11.6439
12	3.3306	1.2486	-0.2943	3.054	-0.0849	2.1236	0.0311	-0.1371	0.221	0.0317	-0.019	-0.1072	-0.2393	0.1439	-0.0121	0.0343	-0.0141	-0.0093	0.1189	0.0104	0.0984	-9.6495	29.8329	-2.7287
13	2.4461	-0.8437	-1.2989	2.8563	-0.077	2.4173	-0.0473	-0.074	0.0624	0.0195	-0.0582	-0.0239	0.0139	0.1016	0.1055	0.075	-0.0224	0.0013	0.1224	0.002	0.0537	-28.623	22.6664	15.0328
14	22.7011	-0.7136	-0.4733	6.2477	0.9362	7.2112	-0.2801	-0.8613	-0.5013	0.8315	0.1667	-0.1839	0.1788	0.0877	0.1134	0.1788	0.0461	0.0356	0.1243	0.0708	0.0956	-25.7963	14.4705	20.1692
15	4.7118	-3.8071	-3.9364	12.8517	1.533	5.855	0.2735	-0.1587	0.3975	-0.0053	-0.0352	-0.1495	-0.3716	0.2101	-0.2383	0.0263	-0.0213	0.0244	0.1675	0.0526	0.155	-22.2102	24.4648	7.2614
16	3.1271	0.1346	0.4159	4.0178	-0.1228	4.1739	-0.0306	0.1385	-0.2233	-0.0645	-0.0667	0.3986	0.0266	-0.2731	0.0974	0.1042	0.0253	0.0198	0.152	-0.0808	0.16	-41.9317	23.6948	46.9325
17	16.9289	-14.1254	-3.5392	16.2818	3.1602	4.9081	-0.0621	-0.0296	-0.5416	0.4125	-0.1723	0.5418	0.1807	0.0108	0.2344	0.087	-0.0436	0.0127	0.1242	-0.0312	0.1416	-39.4319	25.54	53.9336
18	3.5144	1.8658	-0.6582	8.9073	-1.1107	4.9034	0.1903	-0.1277	-0.089	-0.0301	-0.043	0.4227	-0.1041	-0.3861	-0.1472	0.0545	0.0166	-0.0101	0.1871	-0.0746	0.0906	-43.486	24.1982	45.8992
19	0.2466	-1.0417	-0.4088	6.0555	1.0754	6.3996	0.0295	0.0148	0.1742	0.1249	0.1627	-0.3818	-0.8514	0.1062	-0.1922	0.2381	-0.0358	0.0417	0.1692	0.0209	0.2262	-33.1808	36.1475	23.6463
20	1.4657	1.6993	-1.6453	12.9279	-1.6242	8.4468	-0.3343	0.2723	0.0486	0.321	0.3693	-0.378	0.0562	-0.0485	-0.035	0.1909	-0.0206	-0.037	0.1967	-0.0298	0.0881	-37.2271	30.9649	32.248

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	105 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	134 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	31 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	78 - 118
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	119 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	134 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 23
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	24 - 78
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	79 - 118
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	119 - 133
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	134 - 148
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 36
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	37 - 51
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	52 - 79
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	80 - 133
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	134 - 150

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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