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- PDB-3tj5: human vinculin head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tj5
タイトルhuman vinculin head domain (Vh1, residues 1-258) in complex with the vinculin binding site of the surface cell antigen 4 (sca4-VBS-N; residues 412-434) from Rickettsia rickettsii
要素
  • Antigenic heat-stable 120 kDa protein
  • Vinculin
キーワードprotein binding/toxin / cytoskeleton / epidemic typhus / sca4 / spotted fever / ALPHA-HELIX BUNDLE DOMAIN / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / CELL ADHESION / CYTOSOL / FOCAL ADHESION / protein binding-toxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding ...regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / fascia adherens / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / brush border / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of cell migration / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / morphogenesis of an epithelium / cell projection / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / platelet aggregation / specific granule lumen / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cell-cell junction / Platelet degranulation / extracellular vesicle / actin binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rickettsia surface antigen, 120kDa / 120 KDa Rickettsia surface antigen / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily ...Rickettsia surface antigen, 120kDa / 120 KDa Rickettsia surface antigen / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Antigenic heat-stable 120 kDa protein / Vinculin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rickettsia rickettsii str. Iowa (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Park, H. / Lee, J.H. / Gouin, E. / Cossart, P. / Izard, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The rickettsia surface cell antigen 4 applies mimicry to bind to and activate vinculin.
著者: Park, H. / Lee, J.H. / Gouin, E. / Cossart, P. / Izard, T.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22013年5月1日Group: Other
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Antigenic heat-stable 120 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4693
ポリマ－31,3772
非ポリマー921
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.404, 76.343, 114.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 28565.021 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18206
#2: タンパク質・ペプチド Antigenic heat-stable 120 kDa protein


分子量: 2812.165 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 412-434 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia rickettsii str. Iowa (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
株: Iowa / 遺伝子: RrIowa_0797, sca4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0BXR4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.55 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 14% PEG 20,000, 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL11-111
2
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2010年7月10日
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SIDE SCATTERING BENT CUBE-ROOT I -BEAM SINGLE CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGREESx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→114.55 Å / Num. obs: 33356 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 39.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.2精密化
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1rkc

1rkc


解像度: 1.99→23.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1681 5.05 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.195 33271 --
all-33356 --
原子変位パラメータBiso mean: 52.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.8495 Å20 Å20 Å2
2---2.4525 Å20 Å2
3---13.302 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→23.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2176 0 6 316 2498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012304HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.993108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 129 4.74 %
Rwork0.2349 2590 -
all0.2361 2719 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2470.6613-0.70791.3834-2.45393.8457-0.14030.0558-0.0488-0.2660.1263-0.0730.4492-0.17120.014-0.012300.0504-0.1003-0.0088-0.1004-25.0953-6.477918.7588
23.2336-0.9468-0.27891.5875-2.08914.6145-0.00380.17850.30930.024-0.0081-0.229-0.39090.06350.01190.0311-0.052-0.0424-0.03380.0108-0.0302-21.8824-7.214840.4398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|255 }A2 - 255
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|408 - B|434 }B408 - 434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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