PDB-3ti2: 1.90 Angstrom resolution crystal structure of N-terminal domain 3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ti2

タイトル

1.90 Angstrom resolution crystal structure of N-terminal domain 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase from Vibrio cholerae

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / EPSP SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.90 Angstrom resolution crystal structure of N-terminal domain 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase from Vibrio cholerae
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ti2.cif.gz	362.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ti2.ent.gz	297 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ti2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ti2_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ti2_full_validation.pdf.gz	459 KB	表示
XML形式データ	3ti2_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	3ti2_validation.cif.gz	60.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3ti2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3ti2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nvsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w3e-1 4j0l-d 3w3e-2 4dwx-2 5cj2-3 3cql-2 5inm-3 5inn-5 5jd0-1 4bal-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90626

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

98.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.758, 40.072, 133.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS 分子量: 24542.020 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: aroA, VC_1732 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9KRB0, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHOR STATES THAT CRYSTALLIZATION WAS SETUP WITH N-TERMINAL EXPRESSION TAG ...AUTHOR STATES THAT CRYSTALLIZATION WAS SETUP WITH N-TERMINAL EXPRESSION TAG (MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSNA) PLUS THE FULL LENGTH PROTEIN (UNP Q9KRB0 RESIDUES 1-243) BUT ONLY OBSERVED THE N-TERMINAL DOMAIN IN THE CRYSTAL STRUCTURE. BASED ON AN ANALYSIS OF THE CRYSTAL LATTICE, IT IS CLEAR THAT IT ISN'T A MATTER OF THE C-TERMINAL DOMAIN BEING DISORDERED BUT RATHER THE DOMAIN IS NOT PRESENT IN THE CRYSTAL, PRESUMABLY CONTAMINANT PROTEASE CLEAVED IT OFF. AUTHOR ALSO THINKS THAT EXPRESSION TAG AND THE FIRST 15 N-TERMINAL RESIDUES HAVE BEEN CLEAVED OFF. SEQRES RECORD PRESENTED HERE CONTAINS UNP Q9KRB0 RESIDUES 16-243.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 4.0 mGr/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3) Crystallization: Classics II (Qiagen) condition D10 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 20% (w/v) PEG 5000 MME, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 4.0 mGr/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3) Crystallization: Classics II (Qiagen) condition D10 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 20% (w/v) PEG 5000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.1 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 4.0 mGr/mL, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl (pH 8.3) Crystallization: Classics II (Qiagen) condition D10 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 20% (w/v) PEG 5000 MME, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日 / 詳細: BERYLLIUM LENS
放射	モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 65572 / Num. obs: 65572 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3198 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NVS

3nvs

解像度: 1.9→29.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.994 / SU ML: 0.089
Isotropic thermal model: thermal factors individually refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19557	3330	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15107	-	-	-
all	0.1534	62231	-	-
obs	0.1534	62231	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.036 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0.54 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6847	0	37	676	7560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	7188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.943	1.984	9793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.994	5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.279	25.016	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.516	15	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.049	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5410

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	228	-
R_work	0.225	4118	-
obs	-	4118	95.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7223	0.2803	-0.173	1.3892	0.1714	0.725	-0.0162	-0.0006	-0.0305	0.0498	-0.006	0.0353	0.0226	-0.0207	0.0223	0.0272	-0.0059	0.0005	0.0053	-0.0035	0.028	18.0125	0.3124	19.2272
2	0.5828	0.1199	-0.2174	0.3476	-0.3376	1.0348	-0.0406	0.0544	-0.011	-0.071	-0.0012	-0.0376	0.0391	-0.0107	0.0418	0.029	0.0043	0.0082	0.0096	-0.0065	0.0383	25.8595	1.1621	5.0782
3	0.8316	0.12	0.078	0.9398	0.2074	0.7986	0.0361	-0.0602	-0.0247	0.063	-0.0075	0.021	0.041	0.0058	-0.0287	0.0287	0.0012	-0.0102	0.0164	0.0121	0.0239	64.7817	9.0724	65.9258
4	0.6779	-0.1934	0.3931	0.1436	-0.1672	1.1017	0.0155	0.04	0.0061	-0.0478	-0.0017	0.0367	0.0454	-0.0316	-0.0139	0.0359	0.003	-0.0151	0.0146	-0.0055	0.0475	58.8073	9.5439	50.7422
5	1.0084	0.1578	-0.3743	0.984	0.0955	1.3783	-0.0539	0.0856	-0.0228	-0.0446	-0.0021	-0.1011	0.0559	-0.0546	0.056	0.0274	-0.005	0.0155	0.0249	-0.011	0.0223	37.0076	18.754	40.1005
6	1.3195	-0.3827	-1.0483	0.4205	0.3151	1.9193	0.0025	0.2289	-0.056	0.0283	-0.1114	0.0548	0.0175	-0.3497	0.1089	0.0094	-0.0137	0.0036	0.1111	-0.0413	0.0207	22.1318	19.826	46.4791
7	0.9732	0.0659	0.1841	1.2789	-0.2656	0.6141	-0.0153	0.0035	0.023	0.001	-0.0051	-0.0826	0.0283	0.0212	0.0204	0.0221	0.0198	0.011	0.0218	0.0041	0.0272	19.9168	10.5794	-18.5174
8	1.7143	-0.2751	-0.0731	0.2902	-0.0057	0.3053	0.0407	0.0864	0.048	-0.074	-0.0197	0.0722	0.0071	-0.0773	-0.0211	0.0424	0.0168	-0.0111	0.0333	0.0078	0.0345	5.0714	11.0608	-25.4488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	18 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	120 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	16 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	120 - 243
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	17 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	120 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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