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- PDB-3thz: Human MutSbeta complexed with an IDL of 6 bases (Loop6) and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3thz
タイトルHuman MutSbeta complexed with an IDL of 6 bases (Loop6) and ADP
要素
  • DNA Loop6 minus strand
  • DNA Loop6 plus strand
  • DNA mismatch repair protein Msh2DNAミスマッチ修復
  • DNA mismatch repair protein Msh3DNAミスマッチ修復
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ABC family ATPase / mismatch recognition / mismatched unpaired IDL DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / maintenance of DNA repeat elements / B cell mediated immunity ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / maintenance of DNA repeat elements / B cell mediated immunity / positive regulation of helicase activity / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / mitotic recombination / クラススイッチ / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / 酸化的リン酸化 / postreplication repair / response to UV-B / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / response to X-ray / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNAミスマッチ修復 / protein localization to chromatin / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / male gonad development / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA修復 / chromatin binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV ...DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh3 / DNA mismatch repair protein Msh2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Yang, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of mismatch repair revealed by human MutS bound to unpaired DNA loops
著者: Gupta, S. / Gellert, M. / Yang, W.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: software / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein Msh3
D: DNA Loop6 minus strand
E: DNA Loop6 plus strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,4835
ポリマ－225,0564
非ポリマー4271
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14330 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area82270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.680, 154.630, 161.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2 / DNAミスマッチ修復 / hMSH2 / MutS protein homolog 2


分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh3 / DNAミスマッチ修復 / hMSH3 / Divergent upstream protein / DUP / Mismatch repair protein 1 / MRP1


分子量: 104289.664 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 219- 1134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUC1, DUG, MSH3 / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: GenBank: 119616268, UniProt: P20585*PLUS
#3: DNA鎖 DNA Loop6 minus strand


分子量: 7329.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#4: DNA鎖 DNA Loop6 plus strand


分子量: 8574.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 20-25% PEG3350 (w/v) and 0.1M MES pH 6.5-7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月3日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. all: 17782 / Num. obs: 17033 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 4.3→4.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
CNS精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.3→49.18 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 999 5.92 %
Rwork0.239 --
obs0.241 16879 89.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 239.6 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--84.0966 Å20 Å2-0 Å2
2--108.0683 Å20 Å2
3----23.9718 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→49.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13636 962 27 0 14625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01315664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99420584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6135687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.259-4.48340.42721360.3761823X-RAY DIFFRACTION74
4.4834-4.76410.33141330.30512079X-RAY DIFFRACTION84
4.7641-5.13160.30531350.25472241X-RAY DIFFRACTION90
5.1316-5.64730.3051310.26922343X-RAY DIFFRACTION93
5.6473-6.46290.32361400.30992405X-RAY DIFFRACTION95
6.4629-8.13660.3061680.23082450X-RAY DIFFRACTION97
8.1366-49.17980.23031560.18692539X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19411.9964-1.01554.6991-2.21983.671-0.0273-0.70320.0425-0.8018-0.0769-0.01040.82341.7626-0.01982.30010.44960.01362.3923-0.18612.179217.8814-3.7735-49.7262
24.5147-3.36691.43062.09961.4583.6693-0.0512-1.28070.15460.3824-0.1018-1.0111-0.35971.61420.11032.2330.2219-0.07962.4331-0.15551.86879.5974-6.2176-23.836
33.64880.90370.03893.4184-0.1812.8177-0.2858-0.9629-0.24520.09870.39060.08090.7261-0.1813-0.08842.22230.2832-0.21272.97060.02662.1463-0.4514-14.5719-24.0728
40.48330.4463.01950.386-0.82071.22390.853-0.9153-0.7818-1.3889-3.1873-0.6767-0.61272.9562-0.23322.58-0.1525-0.29973.39110.81682.778421.1687-11.8178-11.1113
51.1822-1.4195-0.33543.1409-3.2889-0.48530.4497-0.92940.2113-0.2623-0.775-0.4572-1.27131.20180.23482.36120.1708-0.21913.5182-0.37871.838215.5034-9.2591-17.693
60.72143.12941.20140.73641.4403-0.7629-0.21-1.2611.69760.33470.17530.4977-0.70010.6262-0.02552.58240.07910.07252.6464-0.68583.0392-3.174511.7427-15.3015
70.3113-0.1172-0.3237-0.6857-2.351.1202-0.1059-2.2712.02250.55020.5628-0.6418-0.16213.30790.09562.9299-0.3139-0.27723.4336-0.89413.134115.497720.1911-13.8693
80.51550.04930.51390.2750.85510.79552.2762-2.79523.58032.22191.5802-1.3998-1.17182.58780.46853.1838-0.630.17584.1545-1.27674.688728.743224.6341-18.5647
90.2161-0.58430.27870.8235-0.46710.2901-1.454-2.4254-0.4027-0.3102-2.9168-1.0784-2.0711.34840.30713.6534-0.4947-0.43022.72070.49054.482245.18827.2238-22.6373
100.0591-0.17810.7062-1.180.1691-0.1720.048-0.2958-0.10350.4316-2.3541-0.96430.5183-0.0974-0.08583.07250.03340.11844.5647-0.41914.089453.984736.2889-50.0096
111.48280.98690.15560.5421-0.93531.3625-1.0748-0.44940.64820.2944-1.58950.0559-0.1221-1.9343-0.10483.07940.40540.03982.589-0.1994.212748.360822.9239-33.4115
121.42271.1349-1.27240.275-0.7624-0.4420.2124-0.79710.10910.53610.1234-0.568-0.901-0.04380.02012.840.0345-0.0193.3276-0.58132.7401-1.972914.2651-13.1159
130.86520.1234-0.17450.56190.46940.405-0.0367-2.3072-0.79351.88482.7474-0.8354-0.41720.04910.05393.7198-0.2301-0.32432.13950.39092.8819-21.224719.8622-29.1272
143.21452.8393-0.39935.48640.2642.2481-0.0082-1.48250.93360.19090.2501-0.1164-0.5952-0.59980.04542.24110.50330.09732.8889-0.64662.1331-20.67680.8764-17.0719
150.5229-0.1107-0.12381.0845-0.2320.5072-0.5938-2.21092.3081-1.59623.91251.19391.0334-1.71710.1782.00440.4371-0.66513.09970.1892.835-32.2797-12.2359-27.6634
161.16473.21952.42125.44241.58571.25930.4721-0.64290.7608-0.06260.46471.7808-0.5680.2902-0.08732.29430.65140.33912.7807-0.22832.6452-34.08640.9004-19.5378
172.05751.4361-0.21851.32661.31820.55090.52910.22210.6340.3676-0.33540.3522-1.4533-0.1060.04162.42990.22930.03022.4896-0.34012.8921-48.09980.0992-31.1886
182.23251.6234-0.3393.19491.20080.9740.3583-1.7994-0.5096-2.8161-3.15472.90161.14861.42370.14832.53040.05790.10483.82720.85193.4291-67.2553-18.7217-25.3995
19-0.02690.3701-0.05444.74690.89030.2016-2.9656-0.81111.9658-1.84020.00011.88872.59870.37960.0412.19460.3482-0.3523.5191-0.12976.0227-79.4045-20.6097-29.9489
200.8272-0.73460.26761.23251.96741.0603-0.8846-1.65621.06220.2053-0.5367-0.6884-1.20780.3068-0.27662.52490.9487-0.2093.3599-0.30543.7794-66.1909-5.1552-27.8215
212.17410.99142.29341.25011.47591.83320.3961-0.86690.6564-0.4513-0.4052-1.1793-1.57310.2386-0.04592.8991-0.18190.2712.2766-0.42592.719312.513625.1433-52.8053
22-0.39492.76951.548-0.3592-0.38092.2309-0.0384-0.06611.457-0.86771.11121.0928-0.9141.09530.00972.7476-0.00220.46232.5947-0.54312.876811.674426.0532-65.6964
23-0.193-1.0920.3182-0.03270.5732-0.46231.18323.30530.31341.0284-0.0177-0.07672.43032.0793-0.0123.57960.3374-0.24672.0156-0.59953.00693.15012.1607-63.7696
240.45672.2781-0.2620.27983.3256-0.44542.2457-0.63720.1748-1.8378-1.7014-0.0108-2.241-0.00680.02332.99570.32710.19981.91960.16152.2743-21.135115.337-61.9133
251.1613-0.6467-1.41320.0436-0.76762.50271.0055-1.3471.28190.57130.45140.9594-0.2104-0.3780.08752.60310.4860.2651.8854-0.04842.4133-17.282213.223-51.8908
260.87360.4047-0.25583.3525-0.98861.5709-0.19530.51341.62270.79410.33570.9145-0.6109-1.17240.05172.83320.35040.30111.68990.352.7829-16.294124.8833-68.5205
272.51253.6697-3.34483.4988-1.3348-0.4305-0.05090.34250.3338-0.0998-0.115-0.168-0.39560.0128-0.02142.45730.14850.07911.6039-0.17872.1305-14.3791-1.3335-61.1931
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精密化 TLSグループ
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40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 1071:1129)
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42X-RAY DIFFRACTION42(chain D and resid 8:11)
43X-RAY DIFFRACTION43(chain D and resid 12:15)
44X-RAY DIFFRACTION44(chain D and resid 16:19)
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47X-RAY DIFFRACTION47(chain D and resid 32:35)
48X-RAY DIFFRACTION48(chain D and resid 36:40)
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52X-RAY DIFFRACTION52Chain D and resi 51:53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る