PDB-3tha: Tryptophan synthase subunit alpha from Campylobacter jejuni.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tha

タイトル

Tryptophan synthase subunit alpha from Campylobacter jejuni.

要素

Tryptophan synthase alpha chain

キーワード

LYASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / tryptophan synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Tryptophan synthase subunit alpha from Campylobacter jejuni.
著者: Osipiuk, J. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tha.cif.gz	204.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tha.ent.gz	173.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tha_validation.pdf.gz	435 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tha_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	3tha_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	3tha_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3tha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3tha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wd6-6 2dec-d 1xdk-2 6fxs-1 3qxb-2 4j2f-1 6ghf-d 2xj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp90540

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase alpha chain

56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.969, 91.969, 120.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	Tryptophan synthase alpha chain 分子量: 28462.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: subsp. jejuni NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0349, trpA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PIF1, tryptophan synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Tryptophan synthase alpha chain

分子量: 28462.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: subsp. jejuni NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0349, trpA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PIF1, tryptophan synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.09 HEPES buffer, 1.26 M sodium citrate, 10% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月10日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.37→42.9 Å / Num. all: 24306 / Num. obs: 24306 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 74.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.525 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.37-2.41	9.4	0.865	27.1	1204	1.016	100
2.41-2.45	10	0.706		1179	1.009	100
2.45-2.5	10.9	0.585		1200	1.017	100
2.5-2.55	11.1	0.484		1229	1.017	100
2.55-2.61	11.1	0.418		1191	1.006	100
2.61-2.67	11	0.341		1191	1.002	100
2.67-2.74	11	0.297		1207	1.012	100
2.74-2.81	11	0.221		1199	1.023	100
2.81-2.89	10.9	0.168		1203	1.048	100
2.89-2.99	10.8	0.135		1208	1.087	100
2.99-3.09	10.7	0.097		1213	1.111	100
3.09-3.22	10.5	0.077		1207	1.147	100
3.22-3.36	10.5	0.062		1207	1.272	100
3.36-3.54	10.5	0.052		1237	1.391	100
3.54-3.76	10.3	0.043		1213	1.542	100
3.76-4.05	10.2	0.042		1231	1.852	100
4.05-4.46	10	0.045		1222	2.571	100
4.46-5.1	9.7	0.05		1257	3.412	100
5.1-6.43	9.5	0.048		1247	3.536	99.9
6.43-50	8.6	0.035		1261	3.098	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.37→42.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 23.484 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2628	1231	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2161	-	-	-
all	0.2185	24190	-	-
obs	0.2185	24190	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.42 Å² / B_iso mean: 65.9834 Å² / B_iso min: 35.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	-0.31 Å²	0 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→42.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3921	0	0	29	3950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.981	5404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.68	5	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.097	25.06	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.443	15	775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.244	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.779	1.5	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.458	2	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.355	3	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.795	4.5	1374

LS精密化シェル

解像度: 2.371→2.432 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	85	-
R_work	0.311	1679	-
all	-	1764	-
obs	-	1764	99.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5077	0.5508	-0.3849	2.6153	-1.4983	3.3147	-0.0372	0.2863	0.4425	-0.1653	0.0138	0.1953	-0.1085	-0.1956	0.0234	0.0351	0.0248	-0.0151	0.1573	-0.0046	0.0981	1.6849	47.3906	54.0739
2	4.1106	-0.5827	0.8678	0.8386	0.145	1.9028	-0.0851	0.5414	0.0933	-0.1555	0.0207	-0.0451	0.0535	0.2067	0.0644	0.2445	-0.0444	-0.1529	0.146	0.0463	0.2351	-1.8045	22.7474	41.2144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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