PDB-3tfz: Crystal structure of Zhui aromatase/cyclase from Streptomcyes sp....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tfz

タイトル

Crystal structure of Zhui aromatase/cyclase from Streptomcyes sp. R1128

要素

Cyclase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / HELIX-GRIP / BET V1-LIKE SUPERFAMILY / AROMATIC POLYKETIDE CYCLASE/DEHYDRASE

機能・相同性

Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / Cyclase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. R1128 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Ames, B.D. / Lee, M.Y. / Moody, C. / Zhang, W. / Tang, Y. / Wong, S.K. / Tsai, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of ZhuI Aromatase/Cyclase from the R1128 Polyketide Pathway.
著者: Ames, B.D. / Lee, M.Y. / Moody, C. / Zhang, W. / Tang, Y. / Tsai, S.C.

履歴

登録	2011年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tfz.cif.gz	401.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tfz.ent.gz	332 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tfz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2i1s-d 1ii5-1 4xb0-d 4jhi-1 1y1a-d 6f6d-d 3mc1-3 1tq8-2 5f64-1 4gxd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclase

B: Cyclase

C: Cyclase

D: Cyclase

E: Cyclase

F: Cyclase

ヘテロ分子

115 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Cyclase

B: Cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Cyclase

D: Cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Cyclase

F: Cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.016, 135.731, 175.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyclase / R1128 POLYKETIDE AROMATASE/CYCLASE ZHUI 分子量: 18799.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. R1128 (バクテリア) 遺伝子: zhuI / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F6D3
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸分子量: 221.317 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.1M NAH2PO4/0.7M K2PO4, 0.1M CAPS PH 10.5, 0.2M LI2SO4, 0.1M NACITRATE, 0.1M GUANIDINE HCL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL7-1	1	0.97607
シンクロトロン	ALS	8.2.2	2		0.97903, 0.97923, 0.96104

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2008年3月8日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2009年4月15日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SIDE SCATTERING I-BEAM BENT SINGLE CRYSTAL, SI(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	KOHZU MONOCHROMATOR, DOUBLE CRYSTAL, SI(111)	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97607	1
2	0.97903	1
3	0.97923	1
4	0.96104	1

反射

解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 48090 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

解像度: 2.39→2.49 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.466 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.39→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 15.596 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	2430	5.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	45669	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7675	0	102	168	7945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.021	7909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.518	1.958	10769
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.325	5	981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.67	23.085	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.101	15	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.685	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.21	0.2	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	5001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.204	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.254	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.116	1.5	4910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.948	2	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.452	3	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.254	4.5	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	170	-
R_work	0.22	2979	-
obs	-	-	90.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4567	0.4632	-0.2484	1.5946	-0.4551	3.0637	0.076	0.2071	0.1918	-0.1396	-0.0535	0.1042	-0.0542	0.054	-0.0225	-0.0592	0.0208	-0.0155	-0.0751	-0.0615	-0.0372	-10.7327	-4.5033	4.2446
2	4.5672	0.4317	0.3216	3.1266	0.5003	5.6836	0.0194	0.4748	0.3663	-0.2735	0.057	0.2834	-0.0647	-0.2071	-0.0764	0.0179	0.0248	-0.0164	0.0027	0.0596	0.0565	-18.2209	2.1111	-0.4539
3	5.6911	1.4474	2.6499	1.8483	0.9121	2.8004	0.0173	0.1962	0.0156	-0.0602	0.024	0.2484	0.0739	-0.0298	-0.0413	-0.016	0.0113	0.0027	-0.0853	-0.0196	-0.0236	-23.2834	-10.1965	3.1229
4	11.2765	3.7803	-1.7954	4.4724	-1.302	2.6606	-0.1618	0.3469	-0.0322	-0.1828	0.0519	-0.3427	-0.0331	0.3486	0.11	0.0047	0.0286	-0.029	0.0549	-0.0229	-0.0443	0.7749	-6.0383	0.2859
5	3.8139	-1.6396	-0.457	2.5862	0.1535	3.7399	-0.1581	-0.4729	-0.5453	0.189	0.2059	0.0903	0.5707	0.2138	-0.0477	0.0828	0.0122	-0.0001	0.0385	0.0002	0.0548	-8.2958	-23.1426	26.4587
6	4.7778	0.0547	-0.9154	6.0458	2.0737	4.3924	-0.1304	-0.176	-0.2781	-0.2062	0.187	-0.1331	0.5143	0.2219	-0.0566	0.0935	0.0551	-0.0432	0.1402	0.0514	-0.0329	-2.4527	-24.5676	24.431
7	1.5759	-2.5394	-1.3095	9.0516	4.0802	2.3903	-0.1742	-0.0659	-0.3134	0.2166	0.1753	0.0793	0.2052	0.1436	-0.0011	0.029	0.0224	-0.0057	0.0178	-0.0207	-0.0171	-6.0226	-27.1051	13.9508
8	5.3033	-1.0376	-2.4661	6.9623	3.8539	7.8137	-0.0342	-0.5279	-0.0265	0.6094	0.0484	0.4936	0.1723	-0.2106	-0.0142	0.0682	-0.0008	0.018	0.0341	0.0338	0.0669	-19.9792	-17.6174	26.9443
9	5.4799	-0.3216	-0.0559	2.9125	0.6574	5.689	-0.038	0.3918	0.3623	-0.2818	-0.0831	0.4694	-0.2137	-0.9132	0.1211	0.0767	0.0916	-0.0251	0.2098	-0.1394	0.2327	-29.8435	13.7167	21.4772
10	9.6043	0.4875	-3.9615	5.6792	3.0383	11.1843	0.3607	-0.4416	2.0233	-1.4337	-0.2693	1.5131	-2.4049	-0.8567	-0.0915	0.5427	0.3901	-0.2206	0.4998	-0.1618	0.6983	-32.6873	24.2401	14.3296
11	5.3321	0.3554	0.0956	4.4214	1.9453	2.3947	0.0423	0.1485	0.4321	-0.5081	-0.059	0.252	-0.071	-0.1418	0.0167	-0.0172	0.056	0.021	0.085	-0.1478	0.146	-23.7063	11.9382	19.2977
12	3.1374	0.7166	0.3598	5.9219	-0.9192	4.8082	-0.0617	0.2156	0.6843	-0.1085	-0.1748	0.1011	-0.9808	-0.3975	0.2366	0.2474	0.1498	-0.0773	0.1373	-0.1342	0.3359	-24.5549	24.5274	21.4017
13	5.7372	-1.2603	0.3188	2.1506	0.7162	6.7417	-0.16	-1.1824	0.4366	0.2977	0.3592	-0.2236	-0.3275	0.8693	-0.1992	0.1307	-0.0654	0.0163	0.3879	-0.2252	0.1355	-4.0307	13.076	40.0078
14	13.2597	7.9747	9.2944	83.0042	-8.5597	18.3566	0.3276	1.0804	1.4534	-2.0985	0.2604	-0.1012	0.489	-1.0974	-0.5881	0.6341	0.1312	0.1466	0.7617	0.1766	0.5375	-1.0658	24.8432	47.0805
15	7.8066	-3.0355	3.0819	3.0563	-4.1115	5.7405	-0.5553	-1.2984	0.9869	0.9984	0.3834	-0.2001	-0.5227	-0.0889	0.1718	0.2902	0.0137	-0.0609	0.5397	-0.2421	0.1989	-9.8284	13.4568	47.2395
16	3.2301	-0.068	-0.0418	3.6285	0.8465	3.316	-0.095	-0.6786	0.9057	0.2979	0.213	-0.1184	-0.7099	0.3239	-0.118	0.2282	-0.0196	-0.0656	0.256	-0.2493	0.3366	-10.3262	20.4465	38.0961
17	77.3241	-41.7125	-60.2175	32.6209	42.4984	56.8056	-0.7737	-1.3747	1.2218	1.0835	1.1129	1.8878	0.6213	-0.0368	-0.3392	0.3644	-0.05	0.0068	0.374	0.1876	0.3371	-12.2818	14.4666	-8.6603
18	3.4232	-0.409	1.5092	1.858	-1.9255	4.8283	-0.0481	0.1393	-0.0528	0.1226	-0.0903	-0.2237	-0.3286	0.4375	0.1384	-0.0167	-0.0222	-0.0019	0.1595	0.0297	0.0265	8.8237	5.7842	-15.3515
19	4.2123	-0.4534	0.4988	2.4114	-1.9792	3.4148	0.152	0.0583	-0.0546	0.0717	-0.0764	-0.0348	0.1331	0.0578	-0.0756	-0.0708	-0.0256	-0.0128	0.0989	0.0297	-0.0191	-0.9511	5.1203	-17.4597
20	5.8301	-1.9509	-3.7716	4.9364	3.8839	13.8988	0.0554	-0.4646	0.8448	0.5901	0.1947	-0.1828	-0.8009	0.5077	-0.25	0.2288	-0.0882	-0.0563	0.1667	-0.003	0.1419	2.4739	16.6552	-12.9735
21	3.2467	-1.0093	1.7024	1.8264	-0.7207	5.2557	-0.0348	0.0977	0.128	-0.0087	-0.0296	0.0775	-0.4017	-0.7117	0.0644	0.0039	0.0456	0.053	0.3844	0.0353	-0.047	-18.98	13.1545	-33.3686
22	3.9495	-0.3858	2.1454	5.9312	-2.0778	5.2242	-0.22	0.0447	0.3024	0.3981	0.0589	0.2072	-0.5464	-0.4981	0.1611	0.0639	0.0617	0.0114	0.5113	0.0534	-0.0273	-19.6193	16.2952	-40.916
23	3.1044	-1.3413	1.4962	4.2951	-1.8469	7.0233	-0.132	0.2395	0.4284	-0.0655	-0.0667	-0.1103	-1.0174	-0.1592	0.1987	0.0432	0.0093	-0.0213	0.3263	0.0365	-0.0188	-11.2735	19.3723	-36.323
24	4.2981	5.6086	-0.7331	12.8211	-3.8021	6.3148	-0.133	-0.1803	0.4047	0.689	0.1637	0.1035	-1.1573	-0.4666	-0.0307	0.1748	0.1531	-0.0203	0.3714	-0.0075	0.0761	-16.1104	21.2426	-27.7969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	142 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	56 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	82 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	141 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	0 - 46
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	47 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	63 - 104
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	105 - 163
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	0 - 48
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	49 - 63
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	64 - 90
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	91 - 163
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	-2 - 3
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	4 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	67 - 113
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	114 - 162
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	0 - 41
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	42 - 73
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	74 - 124
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	125 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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