PDB-3tfa: Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120 un...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tfa

タイトル

Crystal structure of an H-NOX protein from Nostoc sp. PCC 7120 under 6 atm of xenon

要素

Alr2278 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Heme-based sensor domain / gas binding

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2711 Å

データ登録者

Winter, M.B. / Herzik Jr., M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Tunnels modulate ligand flux in a heme nitric oxide/oxygen binding (H-NOX) domain.
著者: Winter, M.B. / Herzik, M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2011年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tfa.cif.gz	223.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tfa.ent.gz	186.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tfa_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tfa_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3tfa_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	3tfa_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tfa	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tf0C 3tf1C 3tf8C 3tf9C 3tfdC 3tfeC 3tffC 3tfgC 2o09 2o0c 2o0g C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o09-2 2o0c-2 3tf9-1 3tfd-2 3tf9-2 4iae-2 2o09-1 3tfg-1 3tfe-2 3tfd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alr2278 protein

B: Alr2278 protein

ヘテロ分子

44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alr2278 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alr2278 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.937, 123.937, 123.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Alr2278 protein 分子量: 21213.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YUQ7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8 M DL-malic acid (pH 7.0) with and without 100 mM BIS-TRIS propane (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.4 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月30日
放射	モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→50 Å / Num. all: 55405 / Num. obs: 55405 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.27→2.31 Å / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2711→43.818 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1902	2824	5.1 %	Random
R_work	0.1626	-	-	-
obs	0.164	55405	97.6 %	-
all	-	55405	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.647 Å² / k_sol: 0.42 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2711→43.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2882	0	92	107	3081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3069
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.267	4183
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.482	1095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	538

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2711-2.3103	0.3066	120	0.2308	2496	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3103-2.3523	0.2508	166	0.2074	2523	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3523-2.3975	0.2401	132	0.1949	2553	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3975-2.4465	0.2275	107	0.1944	2561	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4465-2.4996	0.2048	115	0.2017	2611	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4996-2.5578	0.2563	143	0.1951	2600	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5578-2.6217	0.2156	131	0.2069	2623	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6217-2.6926	0.2811	163	0.2035	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6926-2.7718	0.2606	124	0.1979	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7718-2.8613	0.1934	146	0.1877	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8613-2.9635	0.1958	129	0.1912	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9635-3.0822	0.1946	137	0.173	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0822-3.2224	0.1778	143	0.1736	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2224-3.3922	0.2077	159	0.1632	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3922-3.6047	0.1616	173	0.1575	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6047-3.8828	0.1854	129	0.1458	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8828-4.2733	0.1558	142	0.1276	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2733-4.8909	0.1599	166	0.1232	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8909-6.1593	0.1753	156	0.1539	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1593-43.8265	0.1873	143	0.1604	2644	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5258	-0.685	0.2107	0.3664	-0.1576	0.4075	0.0627	0.0206	-0.8246	0.2506	-0.2668	-0.0194	0.0121	0.2212	0.0016	0.2932	-0.0396	-0.105	0.3447	0.0881	0.4747	17.628	11.9479	77.6457
2	0.9605	-0.4213	0.5468	0.2181	-0.3726	0.9342	0.4306	-0.5353	-0.1994	0.7552	-0.3595	-0.1234	-0.2396	-0.1128	-0.0459	0.4459	-0.1449	-0.1286	0.3845	0.1214	0.4159	10.736	11.9815	85.9038
3	1.8139	0.0666	0.8663	1.101	-0.5259	0.6827	0.4028	-0.2268	-0.065	0.5053	-0.3537	-0.449	-0.4266	0.3752	0.0903	0.4183	-0.1301	-0.1281	0.4278	0.0867	0.4166	19.4246	21.6438	78.9674
4	1.2254	1.4264	0.9078	2.2933	0.8667	0.9797	0.3302	0.4631	-0.5262	0.2059	-0.0939	-0.5945	-0.0056	0.3873	-0.0779	0.2918	-0.028	-0.0015	0.3692	-0.0043	0.4365	12.9373	16.3857	67.7923
5	0.9388	-0.3045	0.5853	0.7482	-0.0204	0.3617	0.0332	0.3889	-0.0001	0.0486	-0.1672	-0.6037	-0.0861	0.3964	0.0731	0.2867	-0.0426	-0.047	0.3784	0.0341	0.3882	-1.2228	15.6225	60.5646
6	1.172	-0.5916	0.9301	0.6595	-0.2569	0.8787	0.0261	-0.4019	0.0914	-0.2683	0.1564	-0.2147	0.3351	-0.3218	-0.0726	0.3367	-0.0611	0.0048	0.4168	0.0273	0.4186	-5.4	18.1806	69.6851
7	0.5819	0.0841	-0.8071	0.6489	-0.2913	1.213	-0.0841	0.2559	0.2774	0.0604	0.1443	0.3133	0.026	-0.4556	-0.0892	0.3053	0.0026	0.0203	0.3933	0.0747	0.4037	-1.3224	25.916	67.6425
8	0.8043	0.0425	-0.5233	0.93	0.556	1.2145	0.227	0.0669	0.4061	0.189	0.0579	0.0757	0.1288	-0.2441	-0.1005	0.2674	0.0112	0.0282	0.305	0.0404	0.3524	4.2068	30.1949	64.7771
9	0.8388	-0.2976	0.5457	0.3894	-0.4635	0.6687	-0.1211	0.5382	0.123	-0.0659	-0.2571	-0.1579	0.013	0.2175	0.139	0.2597	-0.0309	0.0136	0.3903	0.0088	0.3585	10.0005	20.8795	61.8061
10	1.309	-0.0508	-0.1856	0.3621	0.16	0.4955	-0.0239	0.3747	0.2909	-0.1485	0.1446	-0.1689	-0.0419	0.0776	-0.1049	0.3755	-0.0796	0.0936	0.4108	0.0236	0.4518	10.1262	25.6204	55.4299
11	1.4842	-0.752	-0.4137	0.6704	-0.4948	1.8659	-0.3216	0.1786	0.7596	-0.0461	0.3206	-0.058	-0.6542	0.0505	-0.0631	0.3164	-0.0578	0.0272	0.3272	0.0307	0.4805	7.7593	34.4695	63.1322
12	0.5961	-0.3035	0.0055	1.3101	0.3422	0.268	-0.2708	0.3922	0.6987	0.1175	0.0961	0.6925	-0.1367	-0.0298	-0.2373	0.2851	0.0308	-0.0939	0.2602	0.1863	0.7649	-19.5406	47.1304	74.8904
13	0.5775	0.4116	-0.3718	0.7841	-0.2426	0.3089	-0.2972	1.1851	1.048	-0.2192	0.1131	0.2713	-0.1401	0.328	-0.2156	0.3919	-0.0943	-0.1197	0.5144	0.3351	0.767	-14.5503	44.6998	69.9774
14	0.553	0.0152	0.195	0.4309	-0.1319	0.9964	-0.1013	-0.0739	0.5375	0.1491	0.1397	-0.0212	-0.2384	-0.0909	0.0145	0.3006	-0.0249	0.0053	0.2565	-0.0114	0.4764	-16.2352	38.8353	85.7745
15	0.4479	0.1978	0.0869	1.7628	0.4131	1.149	0.2118	-0.1531	-0.0907	-0.256	0.1121	-0.5216	0.0494	-0.2428	-0.1568	0.3435	-0.03	-0.0557	0.2646	-0.0194	0.3482	-10.4609	27.1525	89.4378
16	0.9018	0.3485	0.4326	1.4873	0.6963	1.2127	0.2855	0.2056	-0.5119	0.299	0.0312	-0.2207	0.2352	-0.0401	-0.1143	0.3594	0.018	-0.049	0.3377	-0.0765	0.4368	-4.1771	29.3928	84.9955
17	1.1697	0.3532	0.2221	0.8266	0.4189	0.731	0.0782	-0.0445	0.1644	0.222	-0.0524	0.0253	-0.0285	0.0363	-0.0401	0.3646	-0.0793	0.0075	0.2501	-0.0603	0.3661	-4.2113	38.7745	90.962
18	1.302	-0.3731	0.7753	1.6702	0.5112	1.0641	0.1546	0.2346	-0.0762	0.1972	-0.0708	-0.3729	0.1571	0.3731	-0.0841	0.2965	-0.0632	-0.0443	0.3466	-0.0632	0.3403	2.9972	39.0749	89.67

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:28)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 29:44)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 45:62)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 63:80)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 81:100)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 101:111)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 112:126)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 127:141)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 142:155)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 156:166)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 167:182)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 1:28)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 29:62)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 63:90)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 91:111)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 112:126)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 127:166)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 167:183)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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