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万見
- PDB-3tf2: Crystal structure of the cap free human translation initiation fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tf2
タイトルCrystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E
要素Eukaryotic translation initiation factor 4E
キーワードTRANSLATION / eIF4E / mRNA export / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding ...eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / stem cell population maintenance / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / mTORC1-mediated signalling / negative regulation of neuron differentiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / behavioral fear response / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / ISG15 antiviral mechanism / G1/S transition of mitotic cell cycle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Siddiqui, N. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Borden, K.L.B. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the allosteric effects of 4EBP1 on the eukaryotic translation initiation factor eIF4E.
著者: Siddiqui, N. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Volpon, L. / Wernimont, A.K. / Osborne, M.J. / Park, H.W. / Borden, K.L.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,52118
ポリマ－100,5214
非ポリマー014
水3,045169
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1307
ポリマ－25,1301
非ポリマー06
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1305
ポリマ－25,1301
非ポリマー04
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1304
ポリマ－25,1301
非ポリマー03
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1302
ポリマ－25,1301
非ポリマー01
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.236, 56.739, 100.310
Angle α, β, γ (deg.)103.610, 91.360, 110.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF-4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein


分子量: 25130.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P06730
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 14 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 44808 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.1 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1420.37421900.909197
2.14-2.1820.30422770.79197.2
2.18-2.2220.29221690.85197.3
2.22-2.261.80.24621943.059195.1
2.26-2.311.90.28622141.016196.4
2.31-2.3720.18422280.874197.5
2.37-2.4220.18922210.877197.6
2.42-2.4920.14522650.934197.9
2.49-2.5620.13222490.949198
2.56-2.6520.10922500.957197.7
2.65-2.7420.09522370.991198
2.74-2.851.90.07622621.079198.2
2.85-2.981.90.06122371.039198.3
2.98-3.141.90.05122550.983198.4
3.14-3.331.90.0422751.077198.3
3.33-3.591.90.03322691.174198.6
3.59-3.951.90.03222351.518198.3
3.95-4.521.90.02722351.364198.5
4.52-5.71.90.02223060.919198.9
5.7-401.90.02222400.899198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: modified coordinates of pdb entry 1IPB

1ipb


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.248 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.26 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED. Significant difference density is observed around gaps in protein chains C (residues 119-122) and D (residues 118- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED. Significant difference density is observed around gaps in protein chains C (residues 119-122) and D (residues 118-125) but is not interpretable in terms of peptide geometry. The program COOT and the MOLPROBITY server were also used in the course of model refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 1342 3.004 %THINSHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.2154 ---
obs0.217 44671 97.716 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 83.87 Å2 / Biso mean: 29.854 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.601 Å2-0.339 Å20.47 Å2
2---2.209 Å20.84 Å2
3---1.792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5581 0 14 169 5764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0215808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9257910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86239373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8585709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30323.763287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04415935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2831539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.53499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1531.51425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06525617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72232309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5934.52283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.1540.343610.2573138329697.057
2.154-2.2130.295570.2583166331597.225
2.213-2.2770.5281390.4012884321893.94
2.277-2.3460.336240.2342979307797.595
2.346-2.4230.3261580.2482771300497.503
2.423-2.5070.3571110.2422724290197.725
2.507-2.6010.283470.2452739284298.03
2.601-2.7070.2711400.2342499269897.813
2.707-2.82600.222576262398.208
2.826-2.9630.2521060.2112314246198.334
2.963-3.1210.2631030.2262203234598.337
3.121-3.3080.248140.2082204225798.272
3.308-3.5340.222970.1971966209598.473
3.534-3.8120.221700.1941849195198.36
3.812-4.1690.173530.171698178298.26
4.169-4.650.205520.1541571164198.903
4.65-5.3480.229430.1711390145098.828
5.348-6.4990.29250.2161198123698.948
6.499-8.9830.232310.22691194999.262
8.983-300.244110.21554957497.561
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7748-0.49430.55432.0235-0.29225.6614-0.14270.03110.03210.07260.04710.1301-0.5432-0.32350.09560.09990.0689-0.03230.0618-0.01510.073426.1465-26.76910.4988
21.69690.5092-0.87041.9495-0.19065.5917-0.1830.0267-0.1368-0.02830.03380.07620.47-0.36910.14920.0752-0.05760.04150.0571-0.01830.097728.6393-41.0687-27.1996
31.70810.1293-1.0593.1382-0.17785.29990.08250.10610.1806-0.1620.0240.2536-0.37120.0008-0.10650.0803-0.0480.00550.05880.00590.11639.9701-15.6656-37.454
41.596-0.11111.00964.2405-0.19625.25020.1423-0.1373-0.23710.16170.04560.1820.42690.026-0.18780.08820.0462-0.020.07070.00830.098638.0048-52.372620.5936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 217
2X-RAY DIFFRACTION1A218 - 267
3X-RAY DIFFRACTION2B35 - 217
4X-RAY DIFFRACTION2B218 - 261
5X-RAY DIFFRACTION3C33 - 217
6X-RAY DIFFRACTION3C218 - 258
7X-RAY DIFFRACTION4D35 - 217
8X-RAY DIFFRACTION4D218 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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